seq1 = pF1KE5245.tfa, 561 bp
seq2 = pF1KE5245/gi568815595r_93960951.tfa (gi568815595r:93960951_94161511), 200561 bp

>pF1KE5245 561
>gi568815595r:93960951_94161511 (Chr3)

(complement)

1-561  (100001-100561)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTCTTTTGCTAAACTGCATCGTCGCTGTGTCCCAAAACATGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTCTTTTGCTAAACTGCATCGTCGCTGTGTCCCAAAACATGGGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCAAGAACGGGGACCTGCCCAGGCCGCCGCTCAGGAATGAATTCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCAAGAACGGGGACCTGCCCAGGCCGCCGCTCAGGAATGAATTCAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATTTCCAGAGAATGACCACAACTTCTTCAGTAGAGGGTAAACAGAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATTTCCAGAGAATGACCACAACTTCTTCAGTAGAGGGTAAACAGAATCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGATTATGGGTAGGAAGACCTGGTTCTCCATTCCTGAGAAGAATCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGATTATGGGTAGGAAGACCTGGTTCTCCATTCCTGAGAAGAATCGACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTAAAGGATAGAATTAATTTAGTTCTCAGCAGAGAACTAAAGGAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100201 TTTAAAGGATAGAATTAATTTAGTTCTCAGCAGAGAACTCAAGGAACCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CACAAGGAGCTCATTTTCTTGCCAGAAGTTTGGATGATGCCTTAAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CACAAGGAGCTCATTTTCTTGCCAGAAGTTTGGATGATGCCTTAAAACTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACTGAACGACCAGAATTAGCAAATAAAGTAGACATGATTTGGATAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACTGAACGACCAGAATTAGCAAATAAAGTAGACATGATTTGGATAGTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGCAGTTCTGTTTATAAGGAAGCCATGAATCACCTAGGCCATCTTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGCAGTTCTGTTTATAAGGAAGCCATGAATCACCTAGGCCATCTTAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TATTTGTGACAAGGATCATGCAGGACTTTGAAAGTGACACGTTTTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TATTTGTGACAAGGATCATGCAGGACTTTGAAAGTGACACGTTTTTTTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAAATTGACTTGGAGAAATATAAACTTCTGCCTGAATACCCAGGTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAAATTGACTTGGAGAAATATAAACTTCTGCCTGAATACCCAGGTGTTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTCTGATGTCCAGGAGGGGAAACACATCAAGTACAAATTTGAAGTATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTCTGATGTCCAGGAGGGGAAACACATCAAGTACAAATTTGAAGTATGTG

    550     .    :
    551 AGAAGGATGAT
        |||||||||||
 100551 AGAAGGATGAT