seq1 = pF1KE5244.tfa, 708 bp
seq2 = pF1KE5244/gi568815589r_136894684.tfa (gi568815589r:136894684_137095759), 201076 bp

>pF1KE5244 708
>gi568815589r:136894684_137095759 (Chr9)

(complement)

1-33  (99217-99249)   96% ->
34-143  (100003-100112)   100% ->
144-269  (100193-100318)   100% ->
270-376  (100468-100574)   100% ->
377-552  (100655-100830)   100% ->
553-708  (100921-101076)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGAGACCAAGCTCCAGCTGTTTGTCAAG         GCGAGTGA
        |||| ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  99217 ATGGCGGAGACCAAGCTCCAGCTGTTTGTCAAGGTG...CAGGCGAGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGACGGGGAGAGCGTGGGTCACTGCCCCTCCTGCCAGCGGCTCTTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 GGACGGGGAGAGCGTGGGTCACTGCCCCTCCTGCCAGCGGCTCTTCATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCTGCTCCTCAAGGGCGTACCTTTCACCCTCACCACGGTGGACACGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 TCCTGCTCCTCAAGGGCGTACCTTTCACCCTCACCACGGTGGACACGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AG         GTCCCCGGACGTGCTGAAGGACTTCGCCCCCGGCTCGCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100111 AGGTG...CAGGTCCCCGGACGTGCTGAAGGACTTCGCCCCCGGCTCGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTGCCCATCCTGCTCTATGACAGCGACGCCAAGACAGACACGCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100232 GCTGCCCATCCTGCTCTATGACAGCGACGCCAAGACAGACACGCTGCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCGAGGACTTTCTGGAGGAGACGCTGGGGCCGCCCGA         CTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100282 TCGAGGACTTTCTGGAGGAGACGCTGGGGCCGCCCGAGTG...CAGCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCCAGCCTGGCGCCTCGTTACAGGGAGTCCAACACCGCCGGCAACGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100472 CCCAGCCTGGCGCCTCGTTACAGGGAGTCCAACACCGCCGGCAACGACGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTTCCACAAGTTCTCCGCGTTCATCAAGAACCCGGTGCCCGCGCAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100522 TTTCCACAAGTTCTCCGCGTTCATCAAGAACCCGGTGCCCGCGCAGGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAG         CCCTGTACCAGCAGCTGCTGCGCGCCCTCGCCAGGCTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100572 AAGGTG...TAGCCCTGTACCAGCAGCTGCTGCGCGCCCTCGCCAGGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACAGCTACCTGCGCGCGCCCCTGGAGCACGAGCTGGCGGGGGAGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100693 GACAGCTACCTGCGCGCGCCCCTGGAGCACGAGCTGGCGGGGGAGCCGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTGCGCGAGTCCCGCCGCCGCTTCCTGGACGGCGACAGGCTCACGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100743 GCTGCGCGAGTCCCGCCGCCGCTTCCTGGACGGCGACAGGCTCACGCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCGACTGCAGCCTCCTGCCCAAGCTGCACATCGTCGAC         ACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100793 CCGACTGCAGCCTCCTGCCCAAGCTGCACATCGTCGACGTG...CAGACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGTGCGCGCACTTCCGCCAGGCGCCCATCCCCGCGGAGCTGCGCGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100924 GTGTGCGCGCACTTCCGCCAGGCGCCCATCCCCGCGGAGCTGCGCGGCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACGCCGCTACCTGGACAGCGCGATGCAGGAGAAAGAGTTCAAATACACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100974 ACGCCGCTACCTGGACAGCGCGATGCAGGAGAAAGAGTTCAAATACACGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTCCGCACAGCGCCGAGATCCTGGCGGCCTACCGGCCCGCCGTGCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101024 GTCCGCACAGCGCCGAGATCCTGGCGGCCTACCGGCCCGCCGTGCACCCC

    750 
    706 CGC
        |||
 101074 CGC