seq1 = pF1KE5220.tfa, 678 bp
seq2 = pF1KE5220/gi568815597f_64104051.tfa (gi568815597f:64104051_64341733), 237683 bp

>pF1KE5220 678
>gi568815597f:64104051_64341733 (Chr1)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-148  (101589-101670)   100% ->
149-241  (102714-102806)   100% ->
242-339  (106692-106789)   100% ->
340-457  (110765-110882)   100% ->
458-506  (116809-116857)   100% ->
507-595  (128511-128599)   100% ->
596-678  (137602-137683)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACGGCAGAGCTTACCTCTTGCTGCACAGAGACTTCTGTGATCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACGGCAGAGCTTACCTCTTGCTGCACAGAGACTTCTGTGATCTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGAACAATTATAAG         GGTATCACTGCTAAGCCTGTAAGTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGAACAATTATAAGGTA...AAGGGTATCACTGCTAAGCCTGTAAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGATATGATGGAATGGGAAGTTGAAATTGAAGGTCTACAGAATTCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101614 AAGATATGATGGAATGGGAAGTTGAAATTGAAGGTCTACAGAATTCAGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGCAGG         GTTTAGTCTTCCAACTGACAATACATTTTACATC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101664 TGGCAGGGTT...TAGGTTTAGTCTTCCAACTGACAATACATTTTACATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAGTACAACTATGCTCCTCCAGTTGTGAAATTTATAACAATTCCGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102748 GGAGTACAACTATGCTCCTCCAGTTGTGAAATTTATAACAATTCCGTTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATCCAAATG         TAGACCCACACACTGGTCAGCCCTGTATAGAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102798 ATCCAAATGGTA...CAGTAGACCCACACACTGGTCAGCCCTGTATAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTTTGGACAACCCTGAGAAGTGGAATACAAACTATACATTGAGCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106724 TTTTTGGACAACCCTGAGAAGTGGAATACAAACTATACATTGAGCAGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTACTTGCCCTACAG         GTTATGCTTTCTAATCCAGTGCTAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106774 CTTACTTGCCCTACAGGTA...TAGGTTATGCTTTCTAATCCAGTGCTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGAATCCAGTGAATTTGGAAGCAGCCAGAATACTGGTTAAAGATGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110790 AGAATCCAGTGAATTTGGAAGCAGCCAGAATACTGGTTAAAGATGAATCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGTACAGAACAATTCTAAGACTTTTCAACAGGCCATTACAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 110840 CTGTACAGAACAATTCTAAGACTTTTCAACAGGCCATTACAAAGTA...T

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    458   TGAAAGATGACAGCCAGGAGTTACCTAAAGACCCACGTAAATGTATCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116807 AGTGAAAGATGACAGCCAGGAGTTACCTAAAGACCCACGTAAATGTATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 G         ACCAATTAAAACAACCTCATTTAGTGATTACTACCAGACA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116857 GGTA...CAGACCAATTAAAACAACCTCATTTAGTGATTACTACCAGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TGGTCCAGAATAGCTACATCAAAAGCCACAGAATACTACAGAACTCCAT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 128551 TGGTCCAGAATAGCTACATCAAAAGCCACAGAATACTACAGAACTCCATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    596         TGCTCAAAGTTCCAAATTTCATTGGACAGTATTACAAATGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128601 TA...CAGTGCTCAAAGTTCCAAATTTCATTGGACAGTATTACAAATGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGAAAATGGATCTACAGCATCAGAAAGAATGGAATTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-
 137644 AGAAAATGGATCTACAGCATCAGAAAGAATGGAATTTAAA