seq1 = pF1KE5202.tfa, 615 bp
seq2 = pF1KE5202/gi568815594f_153250063.tfa (gi568815594f:153250063_153514854), 264792 bp

>pF1KE5202 615
>gi568815594f:153250063_153514854 (Chr4)

1-69  (100000-100067)   98% ->
70-127  (105592-105649)   100% ->
128-276  (108412-108560)   100% ->
277-351  (144200-144274)   100% ->
352-466  (147157-147271)   100% ->
467-511  (158909-158953)   100% ->
512-615  (164689-164792)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAAAGAAAAAAGGACTGAGTGCAGAAGAAAAGAGAACTCGCATGAT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GTCAAAGAAAAAAGGACTGAGTGCAGAAGAAAAGAGAACTCGCATGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAATATTTTCTGAAACA         AAAGATGTATTTCAATTAAAAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100049 GGAAATATTTTCTGAAACAGTA...CAGAAAGATGTATTTCAATTAAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTTGGAGAAGATTGCTCCCAAAGAGAAAGGCATTA         CTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105614 ACTTGGAGAAGATTGCTCCCAAAGAGAAAGGCATTAGTA...TAGCTGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATGTCAGTAAAAGAAGTCCTTCAAAGCTTAGTTGATGATGGTATGGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108417 ATGTCAGTAAAAGAAGTCCTTCAAAGCTTAGTTGATGATGGTATGGTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTGTGAGAGGATCGGAACTTCTAATTATTATTGGGCTTTTCCAAGTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108467 CTGTGAGAGGATCGGAACTTCTAATTATTATTGGGCTTTTCCAAGTAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCTTCATGCAAGGAAACATAAGTTGGAGGTTCTGGAATCTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108517 CTCTTCATGCAAGGAAACATAAGTTGGAGGTTCTGGAATCTCAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    277    TTGTCTGAGGGAAGTCAAAAGCATGCAAGCCTACAGAAAAGCATTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144197 TAGTTGTCTGAGGGAAGTCAAAAGCATGCAAGCCTACAGAAAAGCATTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAAGCTAAAATTGGCCGATGTGAAACG         GAAGAGCGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 144247 GAAAGCTAAAATTGGCCGATGTGAAACGGTA...CAGGAAGAGCGAACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGCTAGCAAAAGAGCTTTCTTCACTTCGAGACCAAAGGGAACAGCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147170 GGCTAGCAAAAGAGCTTTCTTCACTTCGAGACCAAAGGGAACAGCTAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCAGAAGTAGAAAAATACAAAGACTGTGATCCGCAAGTTGTGGAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147220 GCAGAAGTAGAAAAATACAAAGACTGTGATCCGCAAGTTGTGGAAGAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AC         GCCAAGCAAATAAAGTAGCCAAAGAAGCTGCTAACAGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147270 ACGTA...CAGGCCAAGCAAATAAAGTAGCCAAAGAAGCTGCTAACAGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGACTG         ATAACATATTCGCAATAAAATCTTGGGCCAAAAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158948 GGACTGGTA...TAGATAACATATTCGCAATAAAATCTTGGGCCAAAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AAATTTGGGTTTGAAGAAAATAAAATTGATAGAACTTTTGGAATTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164724 AAATTTGGGTTTGAAGAAAATAAAATTGATAGAACTTTTGGAATTCCAGA

    650     .    :    .
    597 AGACTTTGACTACATAGAC
        |||||||||||||||||||
 164774 AGACTTTGACTACATAGAC