seq1 = pF1KE5190.tfa, 396 bp
seq2 = pF1KE5190/gi568815596f_203090780.tfa (gi568815596f:203090780_203291274), 200495 bp

>pF1KE5190 396
>gi568815596f:203090780_203291274 (Chr2)

1-111  (100001-100110)   99% ->
112-396  (100211-100495)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCCGAAGTTCGACCCCAACGAGATCAAAGTCGTATACCTGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCCGAAGTTCGACCCCAACGAGATCAAAGTCGTATACCTGAGGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCGGAGGTGAAGTCGGTGCCACTTCTGCCCTGGCCCCCAAGATCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCGGAGGTGAAGTCGGTGCCACTTCTGCCCTGGCCCCCAAGATCGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTGGGTCTG         ATTGAGGTGGTGCCTTCTGCCTCTGCCCTG
        ||||||||||->>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTGGGTCT GTC...CAGATTGAGGTGGTGCCTTCTGCCTCTGCCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCATCAAAGCCCTCAAGGAACCACCAAGAGACAGAAAGAAACAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100241 ATCATCAAAGCCCTCAAGGAACCACCAAGAGACAGAAAGAAACAGAAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATTAAACACAGTGGGAATATCACTTTTGATGAGATTGTCAACATTGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
 100291 CATTAAACACAGTGGGAATATCACTTTTGATGAGATCGTCAACATTGTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GACAGATGCGGCACCGATCCTTAGCCAGAGAACTCTCTGGAACCATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100341 GACAGATGCGGCACCGATCCTTAGCCAGAGAACTCTCTGGAACCATTAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGATCCTGGGGACTGCCCAGTCAGTGGGCTGTAATGTTGATGGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100391 GAGATCCTGGGGACTGCCCAGTCTGTGGGCTGTAATGTTGATGGCCGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCCTCATGACATCATCGATGACATCAACAGTGGTGCTGTGGAATGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100441 TCCTCATGACATCATCGATGACATCAACAGTGGTGCTGTGGAATGCCCAG

    400     .
    392 CCAGT
        |||||
 100491 CCAGT