seq1 = pF1KE5190.tfa, 396 bp
seq2 = pF1KE5190/gi568815578r_19723453.tfa (gi568815578r:19723453_19923943), 200491 bp

>pF1KE5190 396
>gi568815578r:19723453_19923943 (Chr20)

(complement)

1-111  (100001-100110)   97% ->
112-396  (100211-100495)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCCGAAGTTCGACCCCAACGAGATCAAAGTCGTATACCTGAGGTG
        |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCCGAAGTTCGACCCGAACGAGATCAAAGTCGTATACCTGAGGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCGGAGGTGAAGTCGGTGCCACTTCTGCCCTGGCCCCCAAGATCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCGGAGGTGAAGTCGGTGCCACTTCTGCCCTGGCCCCCAAGATCGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTGGGTCTG         ATTGAGGTGGTGCCTTCTGCCTCTGCCCTG
        ||||||||||->>>...>>>||||||||||||||||||||||||||| ||
 100101 CCCTGGGTCT GTC...CAGATTGAGGTGGTGCCTTCTGCCTCTGCCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCATCAAAGCCCTCAAGGAACCACCAAGAGACAGAAAGAAACAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100241 ATCATCAAAGCCCTCAAGGAACCACCAAGAGACAGAAAGAAACAGAAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATTAAACACAGTGGGAATATCACTTTTGATGAGATTGTCAACATTGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100291 CATTAAACACAGTGGGAATATCACTTTTGATGAGATCGTCAACATTGCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GACAGATGCGGCACCGATCCTTAGCCAGAGAACTCTCTGGAACCATTAAA
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100341 GACAGATGCGGCACCAATCCTTAGCCAGAGAACTCTCTGGAACCACTAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGATCCTGGGGACTGCCCAGTCAGTGGGCTGTAATGTTGATGGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100391 GAGATCCTGGGGACTGCCCAGTCTGTGGGCTGTAATGTTGATGGCCGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCCTCATGACATCATCGATGACATCAACAGTGGTGCTGTGGAATGCCCAG
         |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100441 CCCTCATGACATCATAGATGACATCAACAGTGGTGCTGTAGAATGCCCAG

    400     .
    392 CCAGT
        | |||
 100491 CTAGT