seq1 = pF1KE5176.tfa, 345 bp
seq2 = pF1KE5176/gi568815591f_66027704.tfa (gi568815591f:66027704_66252354), 224651 bp

>pF1KE5176 345
>gi568815591f:66027704_66252354 (Chr7)

6-45  (99999-100037)   97% ->
46-140  (106577-106671)   100% ->
141-198  (117740-117797)   100% ->
199-345  (124505-124651)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      6 AGTGAAGGATGCCAATTCTGCGCTTCTCAGTAACTACGAG         A
        ||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
  99999 AG GAAGGATGCCAATTCTGCGCTTCTCAGTAACTACGAGGTA...CAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47 CGTTAAAATACATATCAAAAACACCATGCAGGCACCAGAGTCCTGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106578 CGTTAAAATACATATCAAAAACACCATGCAGGCACCAGAGTCCTGAAATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97 GTCAGAGAATTTCTCACAGCATTGAAAAGCCACAAGTTGACCAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106628 GTCAGAGAATTTCTCACAGCATTGAAAAGCCACAAGTTGACCAAGTA...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141    AGCTGAGAAGCTCCAGCTGCTGAACCACCGGCCTGTGACTGCTGTGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117737 CAGAGCTGAGAAGCTCCAGCTGCTGAACCACCGGCCTGTGACTGCTGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188 AGATCCAGCTG         ATGGTGGAAGAGAGTGAAGAGCGGCTCACG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 117787 AGATCCAGCTGGTG...CAGATGGTGGAAGAGAGTGAAGAGCGGCTCACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    229 GAGGAGCAGATTGAAGCTCTTCTCCACACCGTCACCAGCATTCTGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124535 GAGGAGCAGATTGAAGCTCTTCTCCACACCGTCACCAGCATTCTGCCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    279 AGAGCCAGAGGCTGAGCAGAAGAAGAATACAAACAGCAATGTGGCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124585 AGAGCCAGAGGCTGAGCAGAAGAAGAATACAAACAGCAATGTGGCAATGG

    350     .    :    .
    329 ACGAAGAGGACCCAGCA
        |||||||||||||||||
 124635 ACGAAGAGGACCCAGCA