seq1 = pF1KE5174.tfa, 498 bp
seq2 = pF1KE5174/gi568815587f_65022347.tfa (gi568815587f:65022347_65225869), 203523 bp

>pF1KE5174 498
>gi568815587f:65022347_65225869 (Chr11)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-229  (102156-102306)   100% ->
230-354  (103142-103266)   100% ->
355-498  (103380-103523)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCTACCATGTTCCGGGCTACGCTGCGGGGATGGAGAACCGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCTACCATGTTCCGGGCTACGCTGCGGGGATGGAGAACCGGTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCGGGGCTGCGGGCTACGGCTGTTG         AGCCAGACCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 CCAGCGGGGCTGCGGGCTACGGCTGTTGGTG...CAGAGCCAGACCCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCCTCCAGATTACCCCAGGTTTGTGGAGTCTGTGGATGAATATCAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102169 GCCCTCCAGATTACCCCAGGTTTGTGGAGTCTGTGGATGAATATCAGTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGAGCGCCTGTTACCGGCTACCAGGATCCCAGATCCCCCAAAGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102219 GTGGAGCGCCTGTTACCGGCTACCAGGATCCCAGATCCCCCAAAGCATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACATTATCCTACCCCTAGTGGCTGGCAGCCTCCCAGAG         ACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102269 ACATTATCCTACCCCTAGTGGCTGGCAGCCTCCCAGAGGTG...CAGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCCACCCAACCTGCCTTACTTTGTACGACGCTCTCGGATGCACAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103145 CCCCACCCAACCTGCCTTACTTTGTACGACGCTCTCGGATGCACAACATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCGTCTACAAGGACATCACGCATGGCAACCGGCAGATGACTGTGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103195 CCCGTCTACAAGGACATCACGCATGGCAACCGGCAGATGACTGTGATCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAAGTGGAAGGGGACATCTGG         GCCCTGCAGAAAGACGTGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103245 GAAAGTGGAAGGGGACATCTGGGTA...CAGGCCCTGCAGAAAGACGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGATTTTCTGAGCCCGCTGCTGGGGAAGACACCTGTCACCCAGGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103399 AAGATTTTCTGAGCCCGCTGCTGGGGAAGACACCTGTCACCCAGGTCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGGTGACAGGTACCCTACGGATCAAGGGCTACTTTGACCAGGAGCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103449 GAGGTGACAGGTACCCTACGGATCAAGGGCTACTTTGACCAGGAGCTTAA

    500     .    :    .    :    .
    474 AGCCTGGCTCTTGGAGAAAGGCTTC
        |||||||||||||||||||||||||
 103499 AGCCTGGCTCTTGGAGAAAGGCTTC