seq1 = pF1KE5173.tfa, 507 bp
seq2 = pF1KE5173/gi568815597f_161223612.tfa (gi568815597f:161223612_161462430), 238819 bp

>pF1KE5173 507
>gi568815597f:161223612_161462430 (Chr1)

1-20  (90795-90814)   100% ->
21-77  (100003-100059)   100% ->
78-179  (104785-104886)   100% ->
180-241  (116983-117044)   100% ->
242-405  (133066-133229)   100% ->
406-507  (138718-138819)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCGCTGTTGCTGAG         ACACGTTGGTCGTCATTGCCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
  90795 ATGGCTGCGCTGTTGCTGAGGTG...CAGACACGTTGGTCGTCATTGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCGAGCCCACTTTAGCCCTCAGCTCTGTATCAGAAA         TGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100024 CCGAGCCCACTTTAGCCCTCAGCTCTGTATCAGAAAGTA...TAGTGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 TTCCTTTGGGAACCACGGCCAAAGAAGAGATGGAGCGGTTCTGGAATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104790 TTCCTTTGGGAACCACGGCCAAAGAAGAGATGGAGCGGTTCTGGAATAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AATATAGGTTCAAACCGTCCTCTGTCTCCCCACATTACTATCTACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104840 AATATAGGTTCAAACCGTCCTCTGTCTCCCCACATTACTATCTACAGGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    180       TTGGTCTCTTCCCATGGCGATGTCCATCTGCCACCGTGGCACTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104890 ...CAGTTGGTCTCTTCCCATGGCGATGTCCATCTGCCACCGTGGCACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GTATTGCTTTGAGTGCAG         GGGTCTCTCTTTTTGGCATGTCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 117027 GTATTGCTTTGAGTGCAGGTA...CAGGGGTCTCTCTTTTTGGCATGTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GCCCTGTTACTCCCTGGGAACTTTGAGTCTTATTTGGAACTTGTGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133089 GCCCTGTTACTCCCTGGGAACTTTGAGTCTTATTTGGAACTTGTGAAGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CCTGTGTCTGGGGCCAGCACTGATCCACACAGCTAAGTTTGCACTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133139 CCTGTGTCTGGGGCCAGCACTGATCCACACAGCTAAGTTTGCACTTGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCCCTCTCATGTATCATACCTGGAATGGGATCCGACACTTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 133189 TCCCTCTCATGTATCATACCTGGAATGGGATCCGACACTTGGTA...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATGTGGGACCTAGGAAAAGGCCTGAAGATTCCCCAGCTATACCAGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138718 ATGTGGGACCTAGGAAAAGGCCTGAAGATTCCCCAGCTATACCAGTCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGTGGTTGTCCTGGTTCTTACTGTGTTGTCCTCTATGGGGCTGGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138768 AGTGGTTGTCCTGGTTCTTACTGTGTTGTCCTCTATGGGGCTGGCAGCCA

    550 
    506 TG
        ||
 138818 TG