seq1 = pF1KE5156.tfa, 339 bp
seq2 = pF1KE5156/gi568815596f_219361989.tfa (gi568815596f:219361989_219564609), 202621 bp

>pF1KE5156 339
>gi568815596f:219361989_219564609 (Chr2)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-158  (100310-100398)   100% ->
159-339  (102445-102625)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCCCAGTCCCAGCCAGAACCGCCGTTCTTCTGACACTGGCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCCCAGTCCCAGCCAGAACCGCCGTTCTTCTGACACTGGCTCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCACCCCCCACCTTCAAG         GTCTCACTTATGGACCAGTCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 GGCACCCCCCACCTTCAAGGTC...CAGGTCTCACTTATGGACCAGTCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAAGAGAAGGCCAAGATGTCATCATGAGCATCCGCGTGCAGGGGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100332 TAAGAGAAGGCCAAGATGTCATCATGAGCATCCGCGTGCAGGGGGAGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGCCTGTGGTCTCCTG         GCTGAGAAACCGCCAGCCCGTGCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100382 AAGCCTGTGGTCTCCTGGTG...CAGGCTGAGAAACCGCCAGCCCGTGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCCAGACCAGCGGCGCTTTGCGGAGGAGGCTGAGGGTGGGCTGTGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102469 CCCAGACCAGCGGCGCTTTGCGGAGGAGGCTGAGGGTGGGCTGTGCCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCGGATCCTGGCTGCAGAGCGTGGCGATGCTGGTTTCTACACTTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102519 TGCGGATCCTGGCTGCAGAGCGTGGCGATGCTGGTTTCTACACTTGCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCGGTCAATGAGTATGGTGCTCGGCAGTGCGAGGCCCGCTTGGAGGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102569 GCGGTCAATGAGTATGGTGCTCGGCAGTGCGAGGCCCGCTTGGAGGTCCG

    350     .
    333 AGGCGAG
        ||| |||
 102619 AGGTGAG