seq1 = pF1KE5121.tfa, 369 bp
seq2 = pF1KE5121/gi568815589r_124757921.tfa (gi568815589r:124757921_124961556), 203636 bp

>pF1KE5121 369
>gi568815589r:124757921_124961556 (Chr9)

(complement)

1-140  (100000-100138)   99% ->
141-222  (101293-101374)   100% ->
223-369  (103490-103636)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAAGATCAAGGCTCGAGATCTTCGCGGGAAGAAGAAGGAGGAGCT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGCCAAGATCAAGGCTCGAGATCTTCGCGGGAAGAAGAAGGAGGAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGAAACAGCTGGACGACCTGAAGGTGGAGCTGTCCCAGCTGCGCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GCTGAAACAGCTGGACGACCTGAAGGTGGAGCTGTCCCAGCTGCGCGTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAAGTGACAGGCGGTGCGGCCTCCAAGCTCTCTAAGAT         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100099 CCAAAGTGACAGGCGGTGCGGCCTCCAAGCTCTCTAAGATGTA...TAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGAGTCGTCCGGAAATCCATTGCCCGTGTTCTCACAGTTATTAACCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101294 CGAGTCGTCCGGAAATCCATTGCCCGTGTTCTCACAGTTATTAACCAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAGAAAGAAAACCTCAGGAAATTCTACAAG         GGCAAGAAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101344 TCAGAAAGAAAACCTCAGGAAATTCTACAAGGTG...CAGGGCAAGAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAAGCCCCTGGACCTGCGGCCTAAGAAGACACGTGCCATGCGCCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103500 ACAAGCCCCTGGACCTGCGGCCTAAGAAGACACGTGCCATGCGCCGCCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCAACAAGCACGAGGAGAACCTGAAGACCAAGAAGCAGCAGCGGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103550 CTCAACAAGCACGAGGAGAACCTGAAGACCAAGAAGCAGCAGCGGAAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .
    333 GCGGCTGTACCCGCTGCGGAAGTACGCGGTCAAGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103600 GCGGCTGTACCCGCTGCGGAAGTACGCGGTCAAGGCC