seq1 = pF1KE5080.tfa, 963 bp
seq2 = pF1KE5080/gi568815592f_29206690.tfa (gi568815592f:29206690_29407652), 200963 bp

>pF1KE5080 963
>gi568815592f:29206690_29407652 (Chr6)

1-963  (100001-100963)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCAATTTGACTTCAATGAGTGGATTCCTTCTTATGGGGTTTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCAATTTGACTTCAATGAGTGGATTCCTTCTTATGGGGTTTTCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGCGTAAGCTTCAGATTTTACATGCATTGGTATTTCTGGTGACATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGCGTAAGCTTCAGATTTTACATGCATTGGTATTTCTGGTGACATACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGGCCTTGACAGGCAACCTCCTCATTATCACCATCATTACCGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGGCCTTGACAGGCAACCTCCTCATTATCACCATCATTACCGTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGTCGTCTCCATTCCCCCATGTATTACTTTTTAAAGCACCTCTCTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGTCGTCTCCATTCCCCCATGTATTACTTTTTAAAGCACCTCTCTCTTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACCTCTGCTTCATCTCTGTCACAGTCCCCCAGTCCATTGCAAATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGACCTCTGCTTCATCTCTGTCACAGTCCCCCAGTCCATTGCAAATTCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTATGGGCAACGGTTACATTTCTCTTGTTCAGTGCATTCTTCAGGTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTATGGGCAACGGTTACATTTCTCTTGTTCAGTGCATTCTTCAGGTTTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTTCATAGCTCTGGCCTCATCAGAAGTGGCCATTCTCACAGTGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCTTCATAGCTCTGGCCTCATCAGAAGTGGCCATTCTCACAGTGATGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTATGACAGGTACGCAGCAATCTGTCAACCACTTCATTATGAGACTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTATGACAGGTACGCAGCAATCTGTCAACCACTTCATTATGAGACTATTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGATCCCCGTGCCTGTAGGCATGCAGTGATAGCTGTGTGGATTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGATCCCCGTGCCTGTAGGCATGCAGTGATAGCTGTGTGGATTGCTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCCTCTCTGGGCTCATGCATGCTGCCATTAACTTCTCCATACCTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCCTCTCTGGGCTCATGCATGCTGCCATTAACTTCTCCATACCTCTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGGGAAGAGAGTCATTCACCAATTCTTCTGTGATGTTCCTCAGATGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGGGAAGAGAGTCATTCACCAATTCTTCTGTGATGTTCCTCAGATGCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AACTAGCCTGTTCTTATGAATTCATTAATGAGATTGCACTGGCTGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AACTAGCCTGTTCTTATGAATTCATTAATGAGATTGCACTGGCTGCATTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACAACGTCTGCAGCATTTATCTGTTTGATCTCCATTGTGCTCTCCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACAACGTCTGCAGCATTTATCTGTTTGATCTCCATTGTGCTCTCCTACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCGCATCTTCTCTACAGTGCTGAGAATCCCATCAGCTGAGGGCCGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCGCATCTTCTCTACAGTGCTGAGAATCCCATCAGCTGAGGGCCGGACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGTCTTCTCCACCTGCCTACCACACCTATTTGTAGCCACCTTCTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGTCTTCTCCACCTGCCTACCACACCTATTTGTAGCCACCTTCTTTCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCAGCTGCAGGCTTTGAGTTTCTCAGACTGCCTTCTGATTCCTCATCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCAGCTGCAGGCTTTGAGTTTCTCAGACTGCCTTCTGATTCCTCATCGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGTGGACCTTGTATTCTCCGTATTCTATACTGTGATACCTCCAACACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGTGGACCTTGTATTCTCCGTATTCTATACTGTGATACCTCCAACACTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATCCAGTCATTTATAGCTTACGGAATGATTCCATGAAGGCAGCACTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATCCAGTCATTTATAGCTTACGGAATGATTCCATGAAGGCAGCACTGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAGATGCTGTCAAAGGAAGAGCTTCCTCAGAGAAAAATGTGCTTAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAGATGCTGTCAAAGGAAGAGCTTCCTCAGAGAAAAATGTGCTTAAAAGC

    950     .    :
    951 CATGTTCAAACTC
        |||||| ||||||
 100951 CATGTTTAAACTC