seq1 = pF1KE4568.tfa, 2163 bp
seq2 = pF1KE4568/gi568815595f_184035386.tfa (gi568815595f:184035386_184244940), 209555 bp

>pF1KE4568 2163
>gi568815595f:184035386_184244940 (Chr3)

1-195  (100001-100195)   100% ->
196-320  (101227-101351)   100% ->
321-506  (102235-102420)   100% ->
507-684  (102513-102690)   100% ->
685-765  (102781-102861)   100% ->
766-843  (104695-104772)   100% ->
844-1156  (105033-105345)   100% ->
1157-1302  (106540-106685)   100% ->
1303-1444  (106852-106993)   100% ->
1445-1546  (107117-107218)   100% ->
1547-1654  (107394-107501)   100% ->
1655-1745  (107667-107757)   100% ->
1746-1869  (108057-108180)   99% ->
1870-1995  (108714-108839)   100% ->
1996-2106  (109212-109322)   100% ->
2107-2163  (109499-109555)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCCCTGTAGTGGCGCCGCCTGGTGTGGTGGTTAGTCGGGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCCCTGTAGTGGCGCCGCCTGGTGTGGTGGTTAGTCGGGCTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGCGCAGCGGCGCGGGGCCGGGAGGCAGCGGTGGCGGGGGAGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGCGCAGCGGCGCGGGGCCGGGAGGCAGCGGTGGCGGGGGAGCCAGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGCGGAGGAGGAACCGCCGCCGCCCCTACAAGCAGTTCTGGTGGCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGCGGAGGAGGAACCGCCGCCGCCCCTACAAGCAGTTCTGGTGGCCGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCTTCGATCGCCGCTTCTTCCCCATCTCCAAGGACCAGCCTCGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100151 AGCTTCGATCGCCGCTTCTTCCCCATCTCCAAGGACCAGCCTCGGGTG..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196     GTCCTCTTGCCCCTGGCCAATGTGGCATTAATTGACTACACTCTGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 .CAGGTCCTCTTGCCCCTGGCCAATGTGGCATTAATTGACTACACTCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AATTCCTGACTGCCACAGGTGTACAGGAAACATTTGTCTTTTGTTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101273 AATTCCTGACTGCCACAGGTGTACAGGAAACATTTGTCTTTTGTTGCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAGCTGCTCAAATCAAAGAACATTTACT         GAAGTCAAAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101323 AAAGCTGCTCAAATCAAAGAACATTTACTGTA...TAGGAAGTCAAAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTGCCGCCCTACATCTCTCAATGTGGTTCGAATAATTACATCAGAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102247 GTGCCGCCCTACATCTCTCAATGTGGTTCGAATAATTACATCAGAGCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATCGATCACTGGGAGATGTCCTCCGTGATGTTGATGCCAAGGCTTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102297 ATCGATCACTGGGAGATGTCCTCCGTGATGTTGATGCCAAGGCTTTGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGCTCTGACTTTCTTCTGGTGTATGGGGATGTCATCTCAAACATCAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102347 CGCTCTGACTTTCTTCTGGTGTATGGGGATGTCATCTCAAACATCAATAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACCAGAGCCCTTGAGGAACACAG         GTTGAGACGGAAGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102397 CACCAGAGCCCTTGAGGAACACAGGTC...TAGGTTGAGACGGAAGCTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAAAAAATGTTTCTGTGATGACGATGATCTTCAAGGAGTCATCCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102530 AAAAAAATGTTTCTGTGATGACGATGATCTTCAAGGAGTCATCCCCCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACCCAACTCGTTGCCACGAAGACAATGTGGTAGTGGCTGTGGATAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102580 CACCCAACTCGTTGCCACGAAGACAATGTGGTAGTGGCTGTGGATAGTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CACAAACAGGGTTCTCCATTTTCAGAAGACCCAGGGTCTCCGGCGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102630 CACAAACAGGGTTCTCCATTTTCAGAAGACCCAGGGTCTCCGGCGTTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CATTTCCTCTG         AGCCTGTTTCAGGGCAGTAGTGATGGAGTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102680 CATTTCCTCTGGTG...CAGAGCCTGTTTCAGGGCAGTAGTGATGGAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAGGTTCGATATGATTTACTGGATTGTCATATCAGCATCTGTTCTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102811 GAGGTTCGATATGATTTACTGGATTGTCATATCAGCATCTGTTCTCCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 G         GTGGCACAACTCTTTACAGACAACTTTGACTACCAAACTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102861 GGTG...CAGGTGGCACAACTCTTTACAGACAACTTTGACTACCAAACTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GAGATGACTTTGTGCGAGGTCTCTTAGTGAATGAGGAG         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104735 GAGATGACTTTGTGCGAGGTCTCTTAGTGAATGAGGAGGTG...CAGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTAGGGAACCAGATCCACATGCACGTAACAGCTAAGGAATATGGTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105036 CTAGGGAACCAGATCCACATGCACGTAACAGCTAAGGAATATGGTGCCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGTCTCCAACCTACACATGTACTCAGCTGTCTGTGCTGACGTCATCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105086 TGTCTCCAACCTACACATGTACTCAGCTGTCTGTGCTGACGTCATCCGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GATGGGTCTACCCTCTCACCCCAGAGGCGAACTTCACTGACAGCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105136 GATGGGTCTACCCTCTCACCCCAGAGGCGAACTTCACTGACAGCACCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAGAGCTGCACTCATTCCCGGCACAACATCTACCGAGGGCCTGAGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105186 CAGAGCTGCACTCATTCCCGGCACAACATCTACCGAGGGCCTGAGGTCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCTGGGCCATGGCAGCATCCTAGAGGAAAATGTGCTCCTGGGCTCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105236 CCTGGGCCATGGCAGCATCCTAGAGGAAAATGTGCTCCTGGGCTCTGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTGTCATTGGCAGCAATTGCTTTATCACCAACAGTGTCATTGGCCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105286 CTGTCATTGGCAGCAATTGCTTTATCACCAACAGTGTCATTGGCCCCGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TGCCACATTG         GTGATAACGTGGTGCTGGACCAGACCTACCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 105336 TGCCACATTGGTG...CAGGTGATAACGTGGTGCTGGACCAGACCTACCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GTGGCAGGGTGTTCGAGTGGCGGCTGGAGCACAGATCCATCAGTCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106571 GTGGCAGGGTGTTCGAGTGGCGGCTGGAGCACAGATCCATCAGTCTCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TTTGTGACAATGCTGAGGTCAAGGAACGAGTGACACTGAAACCACGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106621 TTTGTGACAATGCTGAGGTCAAGGAACGAGTGACACTGAAACCACGCTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GTCCTCACTTCCCAG         GTGGTCGTGGGCCCAAATATCACGCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106671 GTCCTCACTTCCCAGGTG...TAGGTGGTCGTGGGCCCAAATATCACGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GCCTGAGGGCTCGGTGATCTCTTTGCACCCTCCAGATGCAGAGGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106878 GCCTGAGGGCTCGGTGATCTCTTTGCACCCTCCAGATGCAGAGGAAGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AAGATGATGGCGAGTTCAGTGATGATTCTGGGGCTGACCAAGAAAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106928 AAGATGATGGCGAGTTCAGTGATGATTCTGGGGCTGACCAAGAAAAGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AAAGTGAAGATGAAAG         GTTACAATCCAGCAGAAGTAGGAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106978 AAAGTGAAGATGAAAGGTG...CAGGTTACAATCCAGCAGAAGTAGGAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TGCTGGCAAGGGCTACCTCTGGAAAGCTGCAGGCATGAACATGGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107142 TGCTGGCAAGGGCTACCTCTGGAAAGCTGCAGGCATGAACATGGAGGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AGGAGGAACTGCAGCAGAATCTGTGGG         GACTCAAGATCAAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 107192 AGGAGGAACTGCAGCAGAATCTGTGGGGTG...CAGGACTCAAGATCAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ATGGAAGAAGAGAGTGAAAGTGAAAGTGAGCAAAGTATGGATTCTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107408 ATGGAAGAAGAGAGTGAAAGTGAAAGTGAGCAAAGTATGGATTCTGAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GCCGGACAGCCGGGGAGGCTCCCCTCAGATGGATGACATCAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107458 GCCGGACAGCCGGGGAGGCTCCCCTCAGATGGATGACATCAAAGGTG...

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1655    TGTTCCAGAATGAAGTTTTAGGAACACTACAGCGGGGCAAAGAGGAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107664 CAGTGTTCCAGAATGAAGTTTTAGGAACACTACAGCGGGGCAAAGAGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AACATTTCTTGTGACAATCTCGTCCTGGAAATCAACTCTCTCAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107714 AACATTTCTTGTGACAATCTCGTCCTGGAAATCAACTCTCTCAAGTA...

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1746    GTATGCCTATAACGTAAGTCTAAAGGAGGTGATGCAGGTACTGAGCC
        >>>||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 108054 CAGGTATGCCTATAACATAAGTCTAAAGGAGGTGATGCAGGTACTGAGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 ACGTGGTCCTGGAGTTCCCCCTGCAACAGATGGATTCCCCGCTTGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108104 ACGTGGTCCTGGAGTTCCCCCTGCAACAGATGGATTCCCCGCTTGACTCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AGCCGCTACTGTGCCCTGCTGCTTCCT         CTGCTAAAGGCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 108154 AGCCGCTACTGTGCCCTGCTGCTTCCTGTG...TAGCTGCTAAAGGCCTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GAGCCCTGTTTTTAGGAACTACATAAAGCGCGCAGCCGACCATTTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108728 GAGCCCTGTTTTTAGGAACTACATAAAGCGCGCAGCCGACCATTTGGAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CGTTAGCAGCCATTGAGGACTTCTTCCTAGAGCATGAAGCTCTTGGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108778 CGTTAGCAGCCATTGAGGACTTCTTCCTAGAGCATGAAGCTCTTGGTATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 TCCATGGCCAAG         GTACTGATGGCTTTCTACCAGCTGGAGAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 108828 TCCATGGCCAAGGTG...CAGGTACTGATGGCTTTCTACCAGCTGGAGAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 CCTGGCTGAGGAAACAATTCTGAGCTGGTTCAGCCAAAGAGATACAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109241 CCTGGCTGAGGAAACAATTCTGAGCTGGTTCAGCCAAAGAGATACAACTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 ACAAGGGCCAGCAGTTGCGCAAGAATCAACAG         CTGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 109291 ACAAGGGCCAGCAGTTGCGCAAGAATCAACAGGTG...CAGCTGCAGAGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2116 TTCATCCAGTGGCTAAAAGAGGCAGAAGAGGAGTCATCTGAAGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109508 TTCATCCAGTGGCTAAAAGAGGCAGAAGAGGAGTCATCTGAAGATGAC