seq1 = pF1KE4561.tfa, 2055 bp
seq2 = pF1KE4561/gi568815587f_3756271.tfa (gi568815587f:3756271_4191795), 435525 bp

>pF1KE4561 2055
>gi568815587f:3756271_4191795 (Chr11)

1-139  (100001-100139)   100% ->
140-270  (211282-211412)   100% ->
271-385  (267603-267717)   100% ->
386-497  (299256-299367)   100% ->
498-613  (303011-303126)   100% ->
614-791  (313756-313933)   100% ->
792-969  (318232-318409)   100% ->
970-1137  (325914-326081)   100% ->
1138-1238  (326612-326712)   100% ->
1239-1474  (326993-327228)   100% ->
1475-1541  (330207-330273)   100% ->
1542-2055  (335012-335525)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGTATGCGTCCGTCTTGCCCTGTGGCTCCTCTGGGGACTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGTATGCGTCCGTCTTGCCCTGTGGCTCCTCTGGGGACTCCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCACCAGGGCCAGAGCCTCAGCCATAGTCACAGTGAGAAGGCGACAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCACCAGGGCCAGAGCCTCAGCCATAGTCACAGTGAGAAGGCGACAGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGCTCGGGGGCCAACTCTGAGGAGTCCACTGCAGCAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100101 CCAGCTCGGGGGCCAACTCTGAGGAGTCCACTGCAGCAGGTA...CAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTTGCCGAATTGACAAGCCCCTGTGTCACAGTGAGGATGAGAAACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211284 TTTTGCCGAATTGACAAGCCCCTGTGTCACAGTGAGGATGAGAAACTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCGAGGCAGTCCGTAACATCCACAAACTGATGGACGATGATGCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211334 CTTCGAGGCAGTCCGTAACATCCACAAACTGATGGACGATGATGCCAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGATGTGGATGTGGAAGAAAGTGATGAG         TTCCTGAGGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 211384 GTGATGTGGATGTGGAAGAAAGTGATGAGGTG...CAGTTCCTGAGGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACCTCAATTACCATGACCCAACAGTGAAACACAGCACCTTCCATGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267615 GACCTCAATTACCATGACCCAACAGTGAAACACAGCACCTTCCATGGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGATAAGCTCATCAGCGTGGAGGACCTGTGGAAGGCATGGAAGTCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267665 GGATAAGCTCATCAGCGTGGAGGACCTGTGGAAGGCATGGAAGTCATCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAG         TATACAATTGGACCGTGGATGAGGTGGTACAGTGGCTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267715 AAGGTA...CAGTATACAATTGGACCGTGGATGAGGTGGTACAGTGGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCACATATGTGGAGCTGCCTCAGTATGAGGAGACCTTCCGGAAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299294 ATCACATATGTGGAGCTGCCTCAGTATGAGGAGACCTTCCGGAAGCTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTCAGTGGCCATGCCATGCCAAG         GCTGGCTGTCACCAACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 299344 GCTCAGTGGCCATGCCATGCCAAGGTC...CAGGCTGGCTGTCACCAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCACCATGACAGGGACTGTGCTGAAGATGACAGACCGGAGTCATCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303028 CCACCATGACAGGGACTGTGCTGAAGATGACAGACCGGAGTCATCGGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGCTGCAGCTGAAGGCTCTGGATACAGTGCTCTTTGGGCCTCCTCTCT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 303078 AAGCTGCAGCTGAAGGCTCTGGATACAGTGCTCTTTGGGCCTCCTCTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614         TGACTCGCCATAATCACCTCAAGGACTTCATGCTGGTGGTGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303128 TG...CAGTGACTCGCCATAATCACCTCAAGGACTTCATGCTGGTGGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTATCGTTATTGGTGTGGGCGGCTGCTGGTTTGCCTATATCCAGAACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 313798 CTATCGTTATTGGTGTGGGCGGCTGCTGGTTTGCCTATATCCAGAACCGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TACTCCAAGGAGCACATGAAGAAGATGATGAAGGACTTGGAGGGGTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 313848 TACTCCAAGGAGCACATGAAGAAGATGATGAAGGACTTGGAGGGGTTACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCGAGCTGAGCAGAGTCTGCATGACCTTCAGGAAAG         GCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 313898 CCGAGCTGAGCAGAGTCTGCATGACCTTCAGGAAAGGTA...CAGGCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACAAGGCCCAGGAGGAGCACCGCACAGTGGAGGTGGAGAAGGTCCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318237 ACAAGGCCCAGGAGGAGCACCGCACAGTGGAGGTGGAGAAGGTCCATCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAAAGAAGCTGCGCGATGAGATCAACCTTGCTAAGCAGGAAGCCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318287 GAAAAGAAGCTGCGCGATGAGATCAACCTTGCTAAGCAGGAAGCCCAGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCTGAAGGAGCTGCGGGAGGGTACTGAGAATGAGCGGAGCCGCCAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318337 GCTGAAGGAGCTGCGGGAGGGTACTGAGAATGAGCGGAGCCGCCAAAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATGCTGAGGAGGAGTTGGAGCAG         GTTCGGGAGGCCTTGAGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 318387 ATGCTGAGGAGGAGTTGGAGCAGGTA...TAGGTTCGGGAGGCCTTGAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAAGCAGAGAAGGAGCTAGAATCTCACAGCTCATGGTATGCTCCAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325932 AAAGCAGAGAAGGAGCTAGAATCTCACAGCTCATGGTATGCTCCAGAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCTTCAGAAGTGGCTGCAGCTGACACATGAGGTGGAGGTGCAATATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325982 CCTTCAGAAGTGGCTGCAGCTGACACATGAGGTGGAGGTGCAATATTACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACATCAAGAAGCAAAATGCTGAGAAGCAGCTGCTGGTGGCCAAGGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326032 ACATCAAGAAGCAAAATGCTGAGAAGCAGCTGCTGGTGGCCAAGGAGGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138          GCTGAGAAGATAAAAAAGAAGAGAAACACACTCTTTGGCAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326082 GTG...CAGGCTGAGAAGATAAAAAAGAAGAGAAACACACTCTTTGGCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTTCCACGTGGCCCACAGCTCTTCCCTGGATGATGTAGATCATAAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326653 CTTCCACGTGGCCCACAGCTCTTCCCTGGATGATGTAGATCATAAAATTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TAACAGCTAA         GCAAGCACTGAGCGAGGTGACAGCAGCATTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 326703 TAACAGCTAAGTA...CAGGCAAGCACTGAGCGAGGTGACAGCAGCATTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CGGGAGCGCCTGCACCGCTGGCAACAGATCGAGATCCTCTGTGGCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 327024 CGGGAGCGCCTGCACCGCTGGCAACAGATCGAGATCCTCTGTGGCTTCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GATTGTCAACAACCCTGGCATCCACTCACTGGTGGCTGCCCTCAACATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 327074 GATTGTCAACAACCCTGGCATCCACTCACTGGTGGCTGCCCTCAACATAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ACCCCAGCTGGATGGGCAGTACACGCCCCAACCCTGCTCACTTCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 327124 ACCCCAGCTGGATGGGCAGTACACGCCCCAACCCTGCTCACTTCATCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACTGACGACGTGGATGACATGGATGAGGAGATTGTGTCTCCCTTGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 327174 ACTGACGACGTGGATGACATGGATGAGGAGATTGTGTCTCCCTTGTCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GCAGT         CCCCTAGCCTGCAGAGCAGTGTTCGGCAGCGCCTGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 327224 GCAGTGTA...CAGCCCCTAGCCTGCAGAGCAGTGTTCGGCAGCGCCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CGGAGCCACAGCATGGCCTGGGATCTCAGAG         GGATTTGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 330243 CGGAGCCACAGCATGGCCTGGGATCTCAGAGGTT...CAGGGATTTGACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CATTCCGATTCGGAGTCCTCCCTCCACATGAGTGACCGCCAGCGTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335022 CATTCCGATTCGGAGTCCTCCCTCCACATGAGTGACCGCCAGCGTGTGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CCCCAAACCTCCTCAGATGAGCCGTGCTGCAGACGAGGCTCTCAATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335072 CCCCAAACCTCCTCAGATGAGCCGTGCTGCAGACGAGGCTCTCAATGCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TGACTTCCAATGGCAGCCACCGGCTGATCGAGGGGGTCCACCCAGGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335122 TGACTTCCAATGGCAGCCACCGGCTGATCGAGGGGGTCCACCCAGGGTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CTGGTGGAGAAACTGCCTGACAGCCCTGCCCTGGCCAAGAAGGCATTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335172 CTGGTGGAGAAACTGCCTGACAGCCCTGCCCTGGCCAAGAAGGCATTACT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GGCGCTGAACCATGGGCTGGACAAGGCCCACAGCCTGATGGAGCTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335222 GGCGCTGAACCATGGGCTGGACAAGGCCCACAGCCTGATGGAGCTGAGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CCTCAGCCCCACCTGGTGGCTCTCCACATTTGGATTCTTCCCGTTCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335272 CCTCAGCCCCACCTGGTGGCTCTCCACATTTGGATTCTTCCCGTTCTCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 AGCCCCAGCTCCCCAGACCCAGACACACCATCTCCAGTTGGGGACAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335322 AGCCCCAGCTCCCCAGACCCAGACACACCATCTCCAGTTGGGGACAGCCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 AGCCCTGCAAGCCAGCCGAAACACACGCATTCCCCACCTGGCTGGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335372 AGCCCTGCAAGCCAGCCGAAACACACGCATTCCCCACCTGGCTGGCAAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 AGGCTGTGGCTGAGGAGGATAATGGCTCTATTGGCGAGGAAACAGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335422 AGGCTGTGGCTGAGGAGGATAATGGCTCTATTGGCGAGGAAACAGACTCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 AGCCCAGGCCGGAAGAAGTTTCCCCTCAAAATCTTTAAGAAGCCTCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 335472 AGCCCAGGCCGGAAGAAGTTTCCCCTCAAAATCTTTAAGAAGCCTCTTAA

   2150 
   2052 GAAG
        ||||
 335522 GAAG