seq1 = pF1KE4552.tfa, 1986 bp
seq2 = pF1KE4552/gi568815577f_42125670.tfa (gi568815577f:42125670_42396389), 270720 bp

>pF1KE4552 1986
>gi568815577f:42125670_42396389 (Chr21)

1-30  (93606-93635)   100% ->
31-274  (100002-100245)   100% ->
275-392  (145401-145518)   100% ->
393-525  (147634-147766)   100% ->
526-576  (151226-151276)   100% ->
577-722  (156605-156750)   100% ->
723-846  (158891-159014)   100% ->
847-961  (160211-160325)   100% ->
962-1110  (162220-162368)   100% ->
1111-1212  (162542-162643)   100% ->
1213-1381  (164381-164549)   100% ->
1382-1482  (165423-165523)   100% ->
1483-1641  (165829-165987)   100% ->
1642-1760  (168873-168991)   100% ->
1761-1986  (170495-170720)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCTTTCTCGGTCGGCACCGCCATG         AATGCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  93606 ATGGCCGCTTTCTCGGTCGGCACCGCCATGGTG...TAGAATGCCAGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTACTCTGCAGAGATGACGGAGCCCAAGTCGGTGTGTGTCTCGGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 TTACTCTGCAGAGATGACGGAGCCCAAGTCGGTGTGTGTCTCGGTGGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGTGGTGTCCAGCAACATGGAGGCCACTGAGACGGACCTGCTGAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100063 AGGTGGTGTCCAGCAACATGGAGGCCACTGAGACGGACCTGCTGAATGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATCTGAAAAAAGTAGATAATAACCTCACGGAAGCCCAGCGCTTCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100113 CATCTGAAAAAAGTAGATAATAACCTCACGGAAGCCCAGCGCTTCTCCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTGCCTCGGAGGGCAGCTGTGAACATTGAATTCAGGGACCTTTCCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100163 CTTGCCTCGGAGGGCAGCTGTGAACATTGAATTCAGGGACCTTTCCTATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGGTTCCTGAAGGACCCTGGTGGAGGAAGAAAG         GATACAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100213 CGGTTCCTGAAGGACCCTGGTGGAGGAAGAAAGGTA...CAGGATACAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCCTCCTGAAAGGAATTTCCGGGAAGTTCAATAGTGGTGAGTTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145409 ACCCTCCTGAAAGGAATTTCCGGGAAGTTCAATAGTGGTGAGTTGGTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATTATGGGTCCTTCCGGGGCCGGGAAGTCCACGCTGATGAACATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145459 CATTATGGGTCCTTCCGGGGCCGGGAAGTCCACGCTGATGAACATCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGGATACAG         GGAGACGGGCATGAAGGGGGCCGTCCTCATC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 145509 CTGGATACAGGTG...CAGGGAGACGGGCATGAAGGGGGCCGTCCTCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACGGCCTGCCCCGGGACCTGCGCTGCTTCCGGAAGGTGTCCTGCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147665 AACGGCCTGCCCCGGGACCTGCGCTGCTTCCGGAAGGTGTCCTGCTACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATGCAGGATGACATGCTGCTGCCGCATCTCACTGTGCAGGAGGCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147715 CATGCAGGATGACATGCTGCTGCCGCATCTCACTGTGCAGGAGGCCATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TG         GTGTCGGCACATCTGAAGCTTCAGGAGAAGGATGAAGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147765 TGGTG...CAGGTGTCGGCACATCTGAAGCTTCAGGAGAAGGATGAAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGAAGGGAAATG         GTCAAGGAGATACTGACAGCGCTGGGCTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 151265 AGAAGGGAAATGGTA...CAGGTCAAGGAGATACTGACAGCGCTGGGCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTGTCTTGCGCCAACACGCGGACCGGGAGCCTGTCAGGTGGTCAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156634 GCTGTCTTGCGCCAACACGCGGACCGGGAGCCTGTCAGGTGGTCAGCGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGCGCCTGGCCATCGCGCTGGAGCTGGTGAACAACCCTCCAGTCATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156684 AGCGCCTGGCCATCGCGCTGGAGCTGGTGAACAACCCTCCAGTCATGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTCGATGAGCCCACCAG         CGGCCTGGACAGCGCCTCCTGCTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 156734 TTCGATGAGCCCACCAGGTA...CAGCGGCCTGGACAGCGCCTCCTGCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCAGGTGGTCTCGCTGATGAAAGGGCTCGCTCAAGGGGGTCGCTCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158915 CCAGGTGGTCTCGCTGATGAAAGGGCTCGCTCAAGGGGGTCGCTCCATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTTGCACCATCCACCAGCCCAGCGCCAAACTCTTCGAGCTGTTCGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158965 TTTGCACCATCCACCAGCCCAGCGCCAAACTCTTCGAGCTGTTCGACCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847          CTTTACGTCCTGAGTCAAGGACAATGTGTGTACCGGGGAAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159015 GTA...CAGCTTTACGTCCTGAGTCAAGGACAATGTGTGTACCGGGGAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGTCTGCAATCTTGTGCCATATTTGAGGGATTTGGGTCTGAACTGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160252 AGTCTGCAATCTTGTGCCATATTTGAGGGATTTGGGTCTGAACTGCCCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCTACCACAACCCAGCAGATTTTG         TCATGGAGGTTGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 160302 CCTACCACAACCCAGCAGATTTTGGTA...CAGTCATGGAGGTTGCATCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGCGAGTACGGTGATCAGAACAGTCGGCTGGTGAGAGCGGTTCGGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162237 GGCGAGTACGGTGATCAGAACAGTCGGCTGGTGAGAGCGGTTCGGGAGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CATGTGTGACTCAGACCACAAGAGAGACCTCGGGGGTGATGCCGAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162287 CATGTGTGACTCAGACCACAAGAGAGACCTCGGGGGTGATGCCGAGGTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACCCTTTTCTTTGGCACCGGCCCTCTGAAGAG         GACTCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 162337 ACCCTTTTCTTTGGCACCGGCCCTCTGAAGAGGTA...CAGGACTCCTCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TCCATGGAAGGCTGCCACAGCTTCTCTGCCAGCTGCCTCACGCAGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162551 TCCATGGAAGGCTGCCACAGCTTCTCTGCCAGCTGCCTCACGCAGTTCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CATCCTCTTCAAGAGGACCTTCCTCAGCATCATGAGGGACTCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 162601 CATCCTCTTCAAGAGGACCTTCCTCAGCATCATGAGGGACTCGGTA...C

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1213   GTCCTGACACACCTGCGCATCACCTCGCACATTGGGATCGGCCTCCTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164379 AGGTCCTGACACACCTGCGCATCACCTCGCACATTGGGATCGGCCTCCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATTGGCCTGCTGTACTTGGGGATCGGGAACGAAGCCAAGAAGGTCTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164429 ATTGGCCTGCTGTACTTGGGGATCGGGAACGAAGCCAAGAAGGTCTTGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAACTCCGGCTTCCTCTTCTTCTCCATGCTGTTCCTCATGTTCGCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164479 CAACTCCGGCTTCCTCTTCTTCTCCATGCTGTTCCTCATGTTCGCGGCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCATGCCTACTGTTCTGACAT         TTCCCCTGGAGATGGGAGTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 164529 TCATGCCTACTGTTCTGACATGTG...TAGTTCCCCTGGAGATGGGAGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTTCTTCGGGAACACCTGAACTACTGGTACAGCCTGAAGGCCTACTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165443 TTTCTTCGGGAACACCTGAACTACTGGTACAGCCTGAAGGCCTACTACCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGCCAAGACCATGGCAGACGTGCCCTTTCAG         ATCATGTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 165493 GGCCAAGACCATGGCAGACGTGCCCTTTCAGGTG...CAGATCATGTTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CAGTGGCCTACTGCAGCATCGTGTACTGGATGACGTCGCAGCCGTCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165839 CAGTGGCCTACTGCAGCATCGTGTACTGGATGACGTCGCAGCCGTCCGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GCCGTGCGCTTTGTGCTGTTTGCCGCGCTGGGCACCATGACCTCCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165889 GCCGTGCGCTTTGTGCTGTTTGCCGCGCTGGGCACCATGACCTCCCTGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GGCACAGTCCCTGGGCCTGCTGATCGGAGCCGCCTCCACGTCCCTGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 165939 GGCACAGTCCCTGGGCCTGCTGATCGGAGCCGCCTCCACGTCCCTGCAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642         GTGGCCACTTTCGTGGGCCCAGTGACAGCCATCCCGGTGCTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165989 TG...CAGGTGGCCACTTTCGTGGGCCCAGTGACAGCCATCCCGGTGCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CTGTTCTCGGGGTTCTTCGTCAGCTTCGACACCATCCCCACGTACCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168915 CTGTTCTCGGGGTTCTTCGTCAGCTTCGACACCATCCCCACGTACCTACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GTGGATGTCCTACATCTCCTATGTCAG         GTATGGGTTCGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 168965 GTGGATGTCCTACATCTCCTATGTCAGGTA...TAGGTATGGGTTCGAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 GGGTCATCCTCTCCATCTATGGCTTAGACCGGGAAGATCTGCACTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170509 GGGTCATCCTCTCCATCTATGGCTTAGACCGGGAAGATCTGCACTGTGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 ATCGACGAGACGTGCCACTTCCAGAAGTCGGAGGCCATCCTGCGGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170559 ATCGACGAGACGTGCCACTTCCAGAAGTCGGAGGCCATCCTGCGGGAGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GGACGTGGAAAATGCCAAGCTGTACCTGGACTTCATCGTACTCGGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170609 GGACGTGGAAAATGCCAAGCTGTACCTGGACTTCATCGTACTCGGGATTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TCTTCATCTCCCTCCGCCTCATTGCCTATTTTGTCCTCAGGTACAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170659 TCTTCATCTCCCTCCGCCTCATTGCCTATTTTGTCCTCAGGTACAAAATC

   2100     .    :
   1975 CGGGCAGAGAGG
        ||||||||||||
 170709 CGGGCAGAGAGG