seq1 = pF1KE4547.tfa, 1929 bp
seq2 = pF1KE4547/gi568815597f_161526588.tfa (gi568815597f:161526588_161708214), 181627 bp

>pF1KE4547 1929
>gi568815597f:161526588_161708214 (Chr1)

1-1929  (79704-81627)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGCCCCACGGGAGCTCGCGGTGGGCATCGACCTGGGCACCACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  79704 ATGCAGGCCCCACGGGAGCTCGCGGTGGGCATCGACCTGGGCACCACCTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCGTGCGTGGGCGTGTTTCAGCAGGGCCGCGTGGAGATCCTGGCCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  79754 CTCGTGCGTGGGCGTGTTTCAGCAGGGCCGCGTGGAGATCCTGGCCAACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCAGGGCAACCGCACCACGCCCAGCTACGTGGCCTTCACCGACACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  79804 ACCAGGGCAACCGCACCACGCCCAGCTACGTGGCCTTCACCGACACCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGCTGGTCGGGGACGCGGCCAAGAGCCAGGCGGCCCTGAACCCCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  79854 CGGCTGGTCGGGGACGCGGCCAAGAGCCAGGCGGCCCTGAACCCCCACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCGTGTTCGATGCCAAGCGGCTGATCGGGCGCAAGTTCGCGGACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  79904 CACCGTGTTCGATGCCAAGCGGCTGATCGGGCGCAAGTTCGCGGACACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGTGCAGTCGGACATGAAGCACTGGCCCTTCCGGGTGGTGAGCGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
  79954 CGGTGCAGTCGGACATGAAGCACTGGCCCTTCCAGGTGGTGAGCGAGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCAAGCCCAAGGTGCGCGTATGCTACCGCGGGGAGGACAAGACGTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  80004 GGCAAGCCCAAGGTGCGCGTATGCTACCGCGGGGAGGACAAGACGTTCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCCCGAGGAGATCTCGTCCATGGTGCTGAGCAAGATGAAGGAGACGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  80054 CCCCGAGGAGATCTCGTCCATGGTGCTGAGCAAGATGAAGGAGACGGCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGCGTACCTGGGCCAGCCCGTGAAGCACGCAGTGATCACCGTGCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
  80104 AGGCGTACCTGGGCCAGCCCGTGAAGCACGCAGTGATCACCGTGCCCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TATTTCAATGACTCGCAGCGCCAGGCCACCAAGGACGCGGGGGCCATCGC
        ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  80154 TATTTCAGTAACTCGCAGCGCCAGGCCACCAAGGACGCGGGGGCCATCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGGGCTCAACGTGTTGCGGATCATCAATGAGCCCACGGCAGCTGCCATCG
        ||||||||| ||| ||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||
  80204 GGGGCTCAAGGTGCTGCCGATCATCAATGAGGCCACGGCAGCAGCCATCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCTATGGGCTGGACCGGCGGGGCGCGGGAGAGCGCAACGTGCTCATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
  80254 CCTATGGGCTGGACCGGCGGGGCGCGGGAAAGCGCAACGTGCTCATTTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GACCTGGGTGGGGGCACCTTCGATGTGTCGGTTCTCTCCATTGACGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
  80304 GACCTGGGTGGGGGCACCTTCGATGTGTCGGTTCTCTCCATTGACGCCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTCTTTGAGGTGAAAGCCACTGCTGGAGATACCCACCTGGGAGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  80354 TGTCTTTGAGGTGAAAGCCACTGCTGGAGATACCCACCTGGGAGGAGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACTTCGACAACCGGCTCGTGAACCACTTCATGGAAGAATTCCGGCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  80404 ACTTCGACAACCGGCTCGTGAACCACTTCATGGAAGAATTCCGGCGGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CATGGGAAGGACCTGAGCGGGAACAAGCGTGCCCTGCGCAGGCTGCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  80454 CATGGGAAGGACCTGAGCGGGAACAAGCGTGCCCTGCGCAGGCTGCGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGCCTGTGAGCGCGCCAAGCGCACCCTGTCCTCCAGCACCCAGGCCACCC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
  80504 AGCCTGTGAGCGCGCCAAGCGCACCCCGTCCTCCAGCACCCAGGCCACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGAGATAGACTCCCTGTTCGAGGGCGTGGACTTCTACACGTCCATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
  80554 TGGAGATAGACTCCCTGTTCGAGGGCGTGGACTTCTACAAGTCCATCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CGTGCCCGCTTTGAGGAACTGTGCTCAGACCTCTTCCGCAGCACCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  80604 CGTGCCCGCTTTGAGGAACTGTGCTCAGACCTCTTCCGCAGCACCCTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCCGGTGGAGAAGGCCCTGCGGGATGCCAAGCTGGACAAGGCCCAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  80654 GCCGGTGGAGAAGGCCCTGCGGGATGCCAAGCTGGACAAGGCCCAGATTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATGACGTCGTCCTGGTGGG GGGCTCCACTCGCATCCCCAAGGTGCAGAA
        ||||| ||||||||| |||-||||||||||||||||||||||||||||||
  80704 ATGACTTCGTCCTGGGGGGAGGGCTCCACTCGCATCCCCAAGGTGCAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1050 GTTGCTGCAGGACTTCTTCAACGGCAAGGAGCTGAACAAGAGCATCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  80754 GTTGCTGCAGGACTTCTTCAACGGCAAGGAGCTGAACAAGAGCATCAACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1100 CTGATGAGGCTGTGGCCTATGGGGCTGCTGTGCAGGCGGCCGTGTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  80804 CTGATGAGGCTGTGGCCTATGGGGCTGCTGTGCAGGCGGCCGTGTTGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1150 GGGGACAAATGTGAGAAAGTGCAGGATCTCCTGCTGCTGGATGTGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  80854 GGGGACAAATGTGAGAAAGTGCAGGATCTCCTGCTGCTGGATGTGGCTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1200 CCTGTCTCTGGGGCTGGAGACAGCAGGTGGGGTGATGACCACGCTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  80904 CCTGTCTCTGGGGCTGGAGACAGCAGGTGGGGTGATGACCACGCTGATCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1250 AGAGGAACGCCACTATCCCCACCAAGCAGACCCAGACTTTCACCACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  80954 AGAGGAACGCCACTATCCCCACCAAGCAGACCCAGACTTTCACCACCTAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1300 TCGGACAACCAGCCTGGGGTCTTCATCCAGGTGTATGAGGGTGAGAGGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
  81004 TCGGACAACCAGCCTGGGGTCTTCATCCAGGTGTATGAGGTTGAGAGGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1350 CATGACCAAGGACAACAACCTGCTGGGGCGTTTTGAACTCAGTGGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
  81054 CATGACCAAGGACAACAACCTGCTGGGGCGTTTTGAACTCATTGGCATCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1400 CTCCTGCCCCACGTGGAGTCCCCCAGATAGAGGTGACCTTTGACATTGAT
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
  81104 CTCCTGCCCCACATGGAGTCCCCCAGATAGAGGTGACGTTTGACATTGAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1450 GCTAATGGCATCCTGAGCGTGACAGCCACTGACAGGAGCACAGGTAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  81154 GCTAATGGCATCCTGAGCGTGACAGCCACTGACAGGAGCACAGGTAAGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1500 TAACAAGATCACCATCACCAATGACAAGGGCCGGCTGAGCAAGGAGGAGG
        |||||||------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  81204 TAACAAG      ATCACCAATGACAAGGGCCGGCTGAGCAAGGAGGAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1550 TGGAGAGGATGGTTCATGAAGCCGAGCAGTACAAGGCTGAGGATGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||
  81248 TGGAGAGGATGGTTCATGAAGCCGAGCAGTACGGGGCTGAGGATGAGGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1600 CAGAGGGACAGAGTGGCTGCCAAAAACTCGCTGGAGGCCCATGTCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  81298 CAGAGGGACAGAGTGGCTGCCAAAAACTCGCTGGAGGCCCATGTCTTCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1650 TGTGAAAGGTTCTTTGCAAGAGGAAAGCCTTAGGGACAAGATTCCCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  81348 TGTGAAAGGTTCTTTGCAAGAGGAAAGCCTTAGGGACAAGATTCCCGAAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1700 AGGACAGGCGCAAAATGCAAGACAAGTGTCGGGAAGTCCTTGCCTGGCTG
        |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
  81398 AGGACAGGCGCAAAGTGCAAGACAAGTGTCAGGAAGTCCTTGCCTGGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1750 GAGCACAACCAGCTGGCAGAGAAGGAGGAGTATGAGCATCAGAAGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  81448 GAGCACAACCAGCTGGCAGAGAAGGAGGAGTATGAGCATCAGAAGAGGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1800 GCTGGAGCAAATCTGTCGCCCCATCTTCTCCAGGCTCTATGGGGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  81498 GCTGGAGCAAATCTGTCGCCCCATCTTCTCCAGGCTCTATGGGGGGCCTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1850 GTGTCCCTGGGGGCAGCAGTTGTGGCACTCAAGCCCGCCAGGGGGACCCC
        ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||
  81548 GTGTCCCTGGGGGCAGCAGTTGTAGCGCTCAAGCCCACCAGGGGGACCCC

   1900     .    :    .    :    .    :
   1900 AGCACCGGCCCCATCATTGAGGAGGTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||
  81598 AGCACCGGCCCCATCATTGAGGAGGTTGAT