seq1 = pF1KE4524.tfa, 1698 bp
seq2 = pF1KE4524/gi568815582r_55703052.tfa (gi568815582r:55703052_55928972), 225921 bp

>pF1KE4524 1698
>gi568815582r:55703052_55928972 (Chr16)

(complement)

1-52  (95918-95969)   90% ->
53-257  (100002-100206)   100% ->
258-402  (102678-102822)   100% ->
403-536  (105290-105423)   100% ->
537-690  (107452-107605)   100% ->
691-798  (108494-108601)   99% ->
799-903  (109334-109438)   100% ->
904-942  (112011-112049)   100% ->
943-1083  (115930-116070)   100% ->
1084-1164  (117966-118046)   100% ->
1165-1312  (118309-118456)   100% ->
1313-1444  (122509-122640)   100% ->
1445-1517  (125372-125444)   100% ->
1518-1698  (125741-125921)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCTCCCTG CTCTTGTCCTGGCCACTCTCGCTGCTTCCGCGGCTT
        |||||||||| ||-||-|| |||||||||||||| |||||||||||||||
  95918 ATGTGGCTCCGTGCCT TTATCCTGGCCACTCTCTCTGCTTCCGCGGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 GGG         GGCATCCGTCCTCGCCACCTGTGGTGGACACCGTGCAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  95967 GGGGTG...CAGGGCATCCGTCCTCGCCACCTGTGGTGGACACCGTGCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91 GGCAAAGTGCTGGGGAAGTTCGTCAGCTTAGAAGGATTTGCACAGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100040 GGCAAAGTGCTGGGGAAGTTCGTCAGCTTAGAAGGATTTGCACAGCCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 GGCCATTTTCCTGGGAATCCCTTTTGCCAAGCCGCCTCTTGGACCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100090 GGCCATTTTCCTGGGAATCCCTTTTGCCAAGCCGCCTCTTGGACCCCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 GGTTTACTCCACCGCAGCCTGCAGAACCATGGAGCTTTGTGAAGAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100140 GGTTTACTCCACCGCAGCCTGCAGAACCATGGAGCTTTGTGAAGAATGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 ACCTCGTACCCTCCTAT         GTGCACCCAAGATCCCAAGGCGGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100190 ACCTCGTACCCTCCTATGTA...CAGGTGCACCCAAGATCCCAAGGCGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 GCAGTTACTCTCAGAGCTATTTACAAACCGAAAGGAGAACATTCCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102702 GCAGTTACTCTCAGAGCTATTTACAAACCGAAAGGAGAACATTCCTCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 AGCTTTCTGAAGACTGTCTTTACCTCAATATTTACACTCCTGCTGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102752 AGCTTTCTGAAGACTGTCTTTACCTCAATATTTACACTCCTGCTGACTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382 ACCAAGAAAAACAGGCTGCCG         GTGATGGTGTGGATCCACGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102802 ACCAAGAAAAACAGGCTGCCGGTA...CAGGTGATGGTGTGGATCCACGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423 AGGGGGGCTGATGGTGGGTGCGGCATCAACCTATGATGGGCTGGCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105310 AGGGGGGCTGATGGTGGGTGCGGCATCAACCTATGATGGGCTGGCCCTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 CTGCCCATGAAAACGTGGTGGTGGTGACCATTCAATATCGCCTGGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105360 CTGCCCATGAAAACGTGGTGGTGGTGACCATTCAATATCGCCTGGGCATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523 TGGGGATTCTTCAG         CACAGGGGATGAACACAGCCGGGGGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105410 TGGGGATTCTTCAGGTA...CAGCACAGGGGATGAACACAGCCGGGGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564 CTGGGGTCACCTGGACCAGGTGGCTGCCCTGCGCTGGGTCCAGGACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107479 CTGGGGTCACCTGGACCAGGTGGCTGCCCTGCGCTGGGTCCAGGACAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614 TTGCCAGCTTTGGAGGGAACCCAGGCTCTGTGACCATCTTTGGAGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107529 TTGCCAGCTTTGGAGGGAACCCAGGCTCTGTGACCATCTTTGGAGAGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    664 GCGGGAGGAGAAAGTGTCTCTGTTCTT         GTTTTGTCTCCATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 107579 GCGGGAGGAGAAAGTGTCTCTGTTCTTGTG...CAGGTTTTGTCTCCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705 GGCCAAGAATCTCTTCCACCGGGCCATTTCTGAGAGTGGCGTGGCCCTCA
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108508 GGCCAAGAACCTCTTCCACCGGGCCATTTCTGAGAGTGGCGTGGCCCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 CTTCTGTTCTGGTGAAGAAAGGTGATGTCAAGCCCTTGGCTGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108558 CTTCTGTTCTGGTGAAGAAAGGTGATGTCAAGCCCTTGGCTGAGGTA...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    799    CAAATTGCTATCACTGCTGGGTGCAAAACCACCACCTCTGCTGTCAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109331 CAGCAAATTGCTATCACTGCTGGGTGCAAAACCACCACCTCTGCTGTCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846 GGTTCACTGCCTGCGACAGAAGACGGAAGAGGAGCTCTTGGAGACGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109381 GGTTCACTGCCTGCGACAGAAGACGGAAGAGGAGCTCTTGGAGACGACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 TGAAAATG         AAATTCTTATCTCTGGACTTACAGGGAGACCCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 109431 TGAAAATGGTA...CAGAAATTCTTATCTCTGGACTTACAGGGAGACCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937 AGAGAG         AGTCAACCCCTTCTGGGCACTGTGATTGATGGGAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112044 AGAGAGGTA...CAGAGTCAACCCCTTCTGGGCACTGTGATTGATGGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    978 GCTGCTGCTGAAAACACCTGAAGAGCTTCAAGCTGAAAGGAATTTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115965 GCTGCTGCTGAAAACACCTGAAGAGCTTCAAGCTGAAAGGAATTTCCACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1028 CTGTCCCCTACATGGTCGGAATTAACAAGCAGGAGTTTGGCTGGTTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116015 CTGTCCCCTACATGGTCGGAATTAACAAGCAGGAGTTTGGCTGGTTGATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1078 CCAATG         TTGATGAGCTATCCACTCTCCGAAGGGCAACTGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116065 CCAATGGTG...CAGTTGATGAGCTATCCACTCTCCGAAGGGCAACTGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1119 CCAGAAGACAGCCATGTCACTCCTGTGGAAGTCCTATCCCCTTGTT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 118001 CCAGAAGACAGCCATGTCACTCCTGTGGAAGTCCTATCCCCTTGTTGTA.

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165      TGCATTGCTAAGGAACTGATTCCAGAAGCCACTGAGAAATACTTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118051 ..CAGTGCATTGCTAAGGAACTGATTCCAGAAGCCACTGAGAAATACTTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1210 GGAGGAACAGACGACACTGTCAAAAAGAAAGACCTGTTCCTGGACTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118354 GGAGGAACAGACGACACTGTCAAAAAGAAAGACCTGTTCCTGGACTTGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1260 AGCAGATGTGATGTTTGGTGTCCCATCTGTGATTGTGGCCCGGAACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118404 AGCAGATGTGATGTTTGGTGTCCCATCTGTGATTGTGGCCCGGAACCACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1310 GAG         ATGCTGGAGCACCCACCTACATGTATGAGTTTCAGTAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118454 GAGGTG...CAGATGCTGGAGCACCCACCTACATGTATGAGTTTCAGTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CGTCCAAGCTTCTCATCAGACATGAAACCCAAGACGGTGATAGGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122547 CGTCCAAGCTTCTCATCAGACATGAAACCCAAGACGGTGATAGGAGACCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CGGGGATGAGCTCTTCTCCGTCTTTGGGGCCCCATTTTTAAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 122597 CGGGGATGAGCTCTTCTCCGTCTTTGGGGCCCCATTTTTAAAAGGTA...

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1445    AGGGTGCCTCAGAAGAGGAGATCAGACTTAGCAAGATGGTGATGAAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125369 CAGAGGGTGCCTCAGAAGAGGAGATCAGACTTAGCAAGATGGTGATGAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 TTCTGGGCCAACTTTGCTCGCAATGG         AAACCCCAATGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 125419 TTCTGGGCCAACTTTGCTCGCAATGGGTG...CAGAAACCCCAATGGGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 AGGGCTGCCCCACTGGCCAGAGTACAACCAGAAGGAAGGGTATCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125756 AGGGCTGCCCCACTGGCCAGAGTACAACCAGAAGGAAGGGTATCTGCAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 TTGGTGCCAACACCCAGGCGGCCCAGAAGCTGAAGGACAAAGAAGTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125806 TTGGTGCCAACACCCAGGCGGCCCAGAAGCTGAAGGACAAAGAAGTAGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 TTCTGGACCAACCTCTTTGCCAAGAAGGCAGTGGAGAAGCCACCCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125856 TTCTGGACCAACCTCTTTGCCAAGAAGGCAGTGGAGAAGCCACCCCAGAC

   1800     .    :    .
   1683 AGAACACATAGAGCTG
        ||||||||||||||||
 125906 AGAACACATAGAGCTG