seq1 = pF1KE4523.tfa, 1689 bp
seq2 = pF1KE4523/gi568815587r_6514549.tfa (gi568815587r:6514549_6719268), 204720 bp

>pF1KE4523 1689
>gi568815587r:6514549_6719268 (Chr11)

(complement)

1-17  (99869-99885)   100% ->
18-89  (100002-100073)   100% ->
90-229  (100354-100493)   100% ->
230-380  (101493-101643)   100% ->
381-508  (101841-101968)   100% ->
509-687  (102116-102294)   100% ->
688-886  (102410-102608)   100% ->
887-1075  (102766-102954)   100% ->
1076-1145  (103195-103264)   98% ->
1146-1266  (103707-103827)   100% ->
1267-1425  (103940-104098)   100% ->
1426-1551  (104278-104403)   100% ->
1552-1689  (104583-104720)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGACTCCAAGCCTG         CCTCCTAGGGCTCTTTGCCCTCAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  99869 ATGGGACTCCAAGCCTGGTG...CAGCCTCCTAGGGCTCTTTGCCCTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCTCTCTGGCAAATGCAGTTACAGCCCGGAGCCCGACCAGCGGAGGAC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100026 CCTCTCTGGCAAATGCAGTTACAGCCCGGAGCCCGACCAGCGGAGGACGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     90        GCTGCCCCCAGGCTGGGTGTCCCTGGGCCGTGCGGACCCTGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100076 G...CAGGCTGCCCCCAGGCTGGGTGTCCCTGGGCCGTGCGGACCCTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAAGAGCTGAGTCTCACCTTTGCCCTGAGACAGCAGAATGTGGAAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100397 GAAGAGCTGAGTCTCACCTTTGCCCTGAGACAGCAGAATGTGGAAAGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTCGGAGCTGGTGCAGGCTGTGTCGGATCCCAGCTCTCCTCAATACG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100447 CTCGGAGCTGGTGCAGGCTGTGTCGGATCCCAGCTCTCCTCAATACGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    230       GAAAATACCTGACCCTAGAGAATGTGGCTGATCTGGTGAGGCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100497 ...CAGGAAAATACCTGACCCTAGAGAATGTGGCTGATCTGGTGAGGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCCCCACTGACCCTCCACACGGTGCAAAAATGGCTCTTGGCAGCCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101537 TCCCCACTGACCCTCCACACGGTGCAAAAATGGCTCTTGGCAGCCGGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCAGAAGTGCCATTCTGTGATCACACAGGACTTTCTGACTTGCTGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101587 CCAGAAGTGCCATTCTGTGATCACACAGGACTTTCTGACTTGCTGGCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCATCCG         ACAAGCAGAGCTGCTGCTCCCTGGGGCTGAGTTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101637 GCATCCGGTG...CAGACAAGCAGAGCTGCTGCTCCCTGGGGCTGAGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CATCACTATGTGGGAGGACCTACGGAAACCCATGTTGTAAGGTCCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101875 CATCACTATGTGGGAGGACCTACGGAAACCCATGTTGTAAGGTCCCCACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCCCTACCAGCTTCCACAGGCCTTGGCCCCCCATGTGGACTTTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101925 TCCCTACCAGCTTCCACAGGCCTTGGCCCCCCATGTGGACTTTGGTA...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    509    TGGGGGGACTGCACCGTTTTCCCCCAACATCATCCCTGAGGCAACGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102113 CAGTGGGGGGACTGCACCGTTTTCCCCCAACATCATCCCTGAGGCAACGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCTGAGCCGCAGGTGACAGGGACTGTAGGCCTGCATCTGGGGGTAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102163 CCTGAGCCGCAGGTGACAGGGACTGTAGGCCTGCATCTGGGGGTAACCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTCTGTGATCCGTAAGCGATACAACTTGACCTCACAAGACGTGGGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102213 CTCTGTGATCCGTAAGCGATACAACTTGACCTCACAAGACGTGGGCTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCACCAGCAATAACAGCCAAGCCTGTGCCCAG         TTCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102263 GCACCAGCAATAACAGCCAAGCCTGTGCCCAGGTG...TAGTTCCTGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGTATTTCCATGACTCAGACCTGGCTCAGTTCATGCGCCTCTTCGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102419 CAGTATTTCCATGACTCAGACCTGGCTCAGTTCATGCGCCTCTTCGGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAACTTTGCACATCAGGCATCAGTAGCCCGTGTGGTTGGACAACAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102469 CAACTTTGCACATCAGGCATCAGTAGCCCGTGTGGTTGGACAACAGGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGGGCCGGGCCGGGATTGAGGCCAGTCTAGATGTGCAGTACCTGATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102519 GGGGCCGGGCCGGGATTGAGGCCAGTCTAGATGTGCAGTACCTGATGAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTGGTGCCAACATCTCCACCTGGGTCTACAGTAGCCCTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102569 GCTGGTGCCAACATCTCCACCTGGGTCTACAGTAGCCCTGGTA...CAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCGGCATGAGGGACAGGAGCCCTTCCTGCAGTGGCTCATGCTGCTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102767 CCGGCATGAGGGACAGGAGCCCTTCCTGCAGTGGCTCATGCTGCTCAGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGAGTCAGCCCTGCCACATGTGCATACTGTGAGCTATGGAGATGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102817 ATGAGTCAGCCCTGCCACATGTGCATACTGTGAGCTATGGAGATGATGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GACTCCCTCAGCAGCGCCTACATCCAGCGGGTCAACACTGAGCTCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102867 GACTCCCTCAGCAGCGCCTACATCCAGCGGGTCAACACTGAGCTCATGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGCTGCCGCTCGGGGTCTCACCCTGCTCTTCGCCTCAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102917 GGCTGCCGCTCGGGGTCTCACCCTGCTCTTCGCCTCAGGTG...CAGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACAGTGGGGCCGGGTGTTGGTCTGTCTCTGGAAGACACGAGTTCCGCCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 103198 ACAGTGGGGCCGGGTGTTGGTCTGTCTCTGGAAGACACCAGTTCCGCCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACCTTCCCTGCCTCCAG         CCCCTATGTCACCACAGTGGGAGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103248 ACCTTCCCTGCCTCCAGGTA...CAGCCCCTATGTCACCACAGTGGGAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CACATCCTTCCAGGAACCTTTCCTCATCACAAATGAAATTGTTGACTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103731 CACATCCTTCCAGGAACCTTTCCTCATCACAAATGAAATTGTTGACTATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCAGTGGTGGTGGCTTCAGCAATGTGTTCCCACGGCCTTCATACCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103781 TCAGTGGTGGTGGCTTCAGCAATGTGTTCCCACGGCCTTCATACCAGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1267       GAGGAAGCTGTAACGAAGTTCCTGAGCTCTAGCCCCCACCTGCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103831 ...CAGGAGGAAGCTGTAACGAAGTTCCTGAGCTCTAGCCCCCACCTGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ACCATCCAGTTACTTCAATGCCAGTGGCCGTGCCTACCCAGATGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103984 ACCATCCAGTTACTTCAATGCCAGTGGCCGTGCCTACCCAGATGTGGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CACTTTCTGATGGCTACTGGGTGGTCAGCAACAGAGTGCCCATTCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104034 CACTTTCTGATGGCTACTGGGTGGTCAGCAACAGAGTGCCCATTCCATGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GTGTCCGGAACCTCG         GCCTCTACTCCAGTGTTTGGGGGGAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104084 GTGTCCGGAACCTCGGTG...TAGGCCTCTACTCCAGTGTTTGGGGGGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CCTATCCTTGATCAATGAGCACAGGATCCTTAGTGGCCGCCCCCCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104304 CCTATCCTTGATCAATGAGCACAGGATCCTTAGTGGCCGCCCCCCTCTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GCTTTCTCAACCCAAGGCTCTACCAGCAGCATGGGGCAGGACTCTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104354 GCTTTCTCAACCCAAGGCTCTACCAGCAGCATGGGGCAGGACTCTTTGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552          GTAACCCGTGGCTGCCATGAGTCCTGTCTGGATGAAGAGGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104404 GTA...TAGGTAACCCGTGGCTGCCATGAGTCCTGTCTGGATGAAGAGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AGAGGGCCAGGGTTTCTGCTCTGGTCCTGGCTGGGATCCTGTAACAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104624 AGAGGGCCAGGGTTTCTGCTCTGGTCCTGGCTGGGATCCTGTAACAGGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1643 GGGGAACACCCAACTTCCCAGCTTTGCTGAAGACTCTACTCAACCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104674 GGGGAACACCCAACTTCCCAGCTTTGCTGAAGACTCTACTCAACCCC