seq1 = pF1KE4506.tfa, 1587 bp
seq2 = pF1KE4506/gi568815594f_68996521.tfa (gi568815594f:68996521_69212733), 216213 bp

>pF1KE4506 1587
>gi568815594f:68996521_69212733 (Chr4)

1-721  (100001-100721)   100% ->
722-870  (102020-102168)   100% ->
871-1002  (106287-106418)   100% ->
1003-1090  (110655-110742)   100% ->
1091-1310  (111583-111802)   100% ->
1311-1587  (115937-116213)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGTGAAATGGACTTCAGTAATTTTGCTAATACAACTGAGCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGTGAAATGGACTTCAGTAATTTTGCTAATACAACTGAGCTTTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTTAGCTCTGGGAATTGTGGAAAGGTGCTGGTGTGGGCAGCAGAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTTAGCTCTGGGAATTGTGGAAAGGTGCTGGTGTGGGCAGCAGAATACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCATTGGATGAATATAAAGACAATCCTGGATGAGCTTATTCAGAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCATTGGATGAATATAAAGACAATCCTGGATGAGCTTATTCAGAGAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CATGAGGTGACTGTACTGGCATCTTCAGCTTCCATTCTTTTTGATCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CATGAGGTGACTGTACTGGCATCTTCAGCTTCCATTCTTTTTGATCCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACTCATCCGCTCTTAAAATTGAAATTTATCCCACATCTTTAACTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAACTCATCCGCTCTTAAAATTGAAATTTATCCCACATCTTTAACTAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGAGTTGGAGAATTTCATCATGCAACAGATTAAGAGATGGTCAGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGAGTTGGAGAATTTCATCATGCAACAGATTAAGAGATGGTCAGACCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCAAAAGATACATTTTGGTTATATTTTTCACAAGTACAGGAAATCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCAAAAGATACATTTTGGTTATATTTTTCACAAGTACAGGAAATCATGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AATATTTGGTGACATAACTAGAAAGTTCTGTAAAGATGTAGTTTCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AATATTTGGTGACATAACTAGAAAGTTCTGTAAAGATGTAGTTTCAAATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGAAATTTATGAAAAAAGTACAAGAGTCAAGATTTGACGTCATTTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGAAATTTATGAAAAAAGTACAAGAGTCAAGATTTGACGTCATTTTTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GATGCTATTTTTCCCTGTAGTGAGCTGCTGGCTGAGCTATTTAACATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GATGCTATTTTTCCCTGTAGTGAGCTGCTGGCTGAGCTATTTAACATACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTTGTGTACAGTCTCAGCTTCTCTCCTGGCTACACTTTTGAAAAGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTTGTGTACAGTCTCAGCTTCTCTCCTGGCTACACTTTTGAAAAGCATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTGGAGGATTTATTTTCCCTCCTTCCTACGTACCTGTTGTTATGTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTGGAGGATTTATTTTCCCTCCTTCCTACGTACCTGTTGTTATGTCAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTAACTGATCAAATGACTTTCATGGAGAGGGTAAAAAATATGATCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTAACTGATCAAATGACTTTCATGGAGAGGGTAAAAAATATGATCTATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCTTTACTTTGACTTTTGGTTCGAAATATTTGACATGAAGAAGTGGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCTTTACTTTGACTTTTGGTTCGAAATATTTGACATGAAGAAGTGGGATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGTTTTATAGTGAAGTTCTAG         GAAGACCCACTACATTATCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100701 AGTTTTATAGTGAAGTTCTAGGTA...CAGGAAGACCCACTACATTATCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAGACAATGGGGAAAGCTGACGTATGGCTTATTCGAAACTCCTGGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102040 GAGACAATGGGGAAAGCTGACGTATGGCTTATTCGAAACTCCTGGAATTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TCAGTTTCCATATCCACTCTTACCAAATGTTGATTTTGTTGGAGGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102090 TCAGTTTCCATATCCACTCTTACCAAATGTTGATTTTGTTGGAGGACTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ACTGCAAACCTGCCAAACCCCTGCCTAAG         GAAATGGAAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102140 ACTGCAAACCTGCCAAACCCCTGCCTAAGGTA...CAGGAAATGGAAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTTGTACAGAGCTCTGGAGAAAATGGTGTTGTGGTGTTTTCTCTGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106299 TTTGTACAGAGCTCTGGAGAAAATGGTGTTGTGGTGTTTTCTCTGGGGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AATGGTCAGTAACATGACAGAAGAAAGGGCCAACGTAATTGCATCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106349 AATGGTCAGTAACATGACAGAAGAAAGGGCCAACGTAATTGCATCAGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TGGCCCAGATCCCACAAAAG         GTTCTGTGGAGATTTGATGGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106399 TGGCCCAGATCCCACAAAAGGTA...CAGGTTCTGTGGAGATTTGATGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AATAAACCAGATACCTTAGGTCTCAATACTCGGCTCTACAAGTGGATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110676 AATAAACCAGATACCTTAGGTCTCAATACTCGGCTCTACAAGTGGATACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CCAGAATGACCTTCTAG         GTCATCCAAAGACCAGAGCTTTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 110726 CCAGAATGACCTTCTAGGTA...TAGGTCATCCAAAGACCAGAGCTTTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TAACTCATGGTGGAGCCAATGGCATCTACGAGGCAATCTACCATGGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111607 TAACTCATGGTGGAGCCAATGGCATCTACGAGGCAATCTACCATGGGATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CCTATGGTGGGGATTCCATTGTTTGCCGATCAACCTGATAACATTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111657 CCTATGGTGGGGATTCCATTGTTTGCCGATCAACCTGATAACATTGCTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CATGAAGGCCAGGGGAGCAGCTGTTAGAGTGGACTTCAACACAATGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111707 CATGAAGGCCAGGGGAGCAGCTGTTAGAGTGGACTTCAACACAATGTCGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GTACAGACTTGCTGAATGCATTGAAGAGAGTAATTAATGATCCTTC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 111757 GTACAGACTTGCTGAATGCATTGAAGAGAGTAATTAATGATCCTTCGTG.

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311      ATATAAAGAGAATGTTATGAAATTATCAAGAATTCAACATGATCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111807 ..CAGATATAAAGAGAATGTTATGAAATTATCAAGAATTCAACATGATCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 ACCAGTGAAGCCCCTGGATCGAGCAGTCTTCTGGATTGAATTTGTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115982 ACCAGTGAAGCCCCTGGATCGAGCAGTCTTCTGGATTGAATTTGTCATGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 GCCACAAAGGAGCTAAACACCTTCGGGTTGCAGCCCACGACCTCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116032 GCCACAAAGGAGCTAAACACCTTCGGGTTGCAGCCCACGACCTCACCTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 TTCCAGTACCACTCTTTGGATGTGATTGGGTTCCTGCTGGTCTGTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116082 TTCCAGTACCACTCTTTGGATGTGATTGGGTTCCTGCTGGTCTGTGTGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 AACTGTGATATTTATCGTCACAAAATGTTGTCTGTTTTGTTTCTGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116132 AACTGTGATATTTATCGTCACAAAATGTTGTCTGTTTTGTTTCTGGAAGT

   1600     .    :    .    :    .    :
   1556 TTGCTAGAAAAGCAAAGAAGGGAAAAAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 116182 TTGCTAGAAAAGCAAAGAAGGGAAAAAATGAT