seq1 = pF1KE4501.tfa, 1581 bp
seq2 = pF1KE4501/gi568815575f_43556342.tfa (gi568815575f:43556342_43844510), 288169 bp

>pF1KE4501 1581
>gi568815575f:43556342_43844510 (ChrX)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-168  (127172-127266)   100% ->
169-306  (136950-137087)   100% ->
307-411  (155531-155635)   100% ->
412-503  (156364-156455)   100% ->
504-645  (171832-171973)   100% ->
646-795  (174900-175049)   100% ->
796-955  (175353-175512)   100% ->
956-1052  (176358-176454)   100% ->
1053-1106  (179886-179939)   100% ->
1107-1164  (184340-184397)   100% ->
1165-1262  (185609-185706)   100% ->
1263-1374  (187453-187564)   100% ->
1375-1437  (187768-187830)   100% ->
1438-1581  (188026-188169)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAATCAAGAGAAGGCGAGTATCGCGGGCCACATGTTCGACGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAATCAAGAGAAGGCGAGTATCGCGGGCCACATGTTCGACGTAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGATCGGAGGTGGCATTTCAG         GACTATCTGCTGCCAAAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 CGTGATCGGAGGTGGCATTTCAGGTC...TAGGACTATCTGCTGCCAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTTGACTGAATATGGCGTTAGTGTTTTGGTTTTAGAAGCTCGGGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127190 TCTTGACTGAATATGGCGTTAGTGTTTTGGTTTTAGAAGCTCGGGACAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTGGAGGAAGAACATATACTATAAGG         AATGAGCATGTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 127240 GTTGGAGGAAGAACATATACTATAAGGGTA...CAGAATGAGCATGTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTACGTAGATGTTGGTGGAGCTTATGTGGGACCAACCCAAAACAGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136964 TTACGTAGATGTTGGTGGAGCTTATGTGGGACCAACCCAAAACAGAATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TACGCTTGTCTAAGGAGCTGGGCATAGAGACTTACAAAGTGAATGTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137014 TACGCTTGTCTAAGGAGCTGGGCATAGAGACTTACAAAGTGAATGTCAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGCGTCTCGTTCAATATGTCAAG         GGGAAAACATATCCATT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 137064 GAGCGTCTCGTTCAATATGTCAAGGTA...TAGGGGAAAACATATCCATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCGGGGCGCCTTTCCACCAGTATGGAATCCCATTGCATATTTGGATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155548 TCGGGGCGCCTTTCCACCAGTATGGAATCCCATTGCATATTTGGATTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATAATCTGTGGAGGACAATAGATAACATGGGGAAGGAG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 155598 ATAATCTGTGGAGGACAATAGATAACATGGGGAAGGAGGTA...CAGATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCAACTGATGCACCCTGGGAGGCTCAACATGCTGACAAATGGGACAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156367 CCAACTGATGCACCCTGGGAGGCTCAACATGCTGACAAATGGGACAAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GACCATGAAAGAGCTCATTGACAAAATCTGCTGGACAAA         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 156417 GACCATGAAAGAGCTCATTGACAAAATCTGCTGGACAAAGTA...CAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTGCTAGGCGGTTTGCTTATCTTTTTGTGAATATCAATGTGACCTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171834 CTGCTAGGCGGTTTGCTTATCTTTTTGTGAATATCAATGTGACCTCTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCTCACGAAGTGTCTGCCCTGTGGTTCTTGTGGTATGTGAAGCAGTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171884 CCTCACGAAGTGTCTGCCCTGTGGTTCTTGTGGTATGTGAAGCAGTGCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGGCACCACTCGGATATTCTCTGTCACCAATGGTGGCCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 171934 GGGCACCACTCGGATATTCTCTGTCACCAATGGTGGCCAGGTA...TAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AACGGAAGTTTGTAGGTGGATCTGGTCAAGTGAGCGAACGGATAATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174901 AACGGAAGTTTGTAGGTGGATCTGGTCAAGTGAGCGAACGGATAATGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTCCTCGGAGACCAAGTGAAGCTGAACCATCCTGTCACTCACGTTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174951 CTCCTCGGAGACCAAGTGAAGCTGAACCATCCTGTCACTCACGTTGACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTCAAGTGACAACATCATCATAGAGACGCTGAACCATGAACATTATGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 175001 GTCAAGTGACAACATCATCATAGAGACGCTGAACCATGAACATTATGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796         TGCAAATACGTAATTAATGCGATCCCTCCGACCTTGACTGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175051 TA...TAGTGCAAATACGTAATTAATGCGATCCCTCCGACCTTGACTGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGATTCACTTCAGACCAGAGCTTCCAGCAGAGAGAAACCAGTTAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175395 AAGATTCACTTCAGACCAGAGCTTCCAGCAGAGAGAAACCAGTTAATTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCGGCTTCCAATGGGAGCTGTCATTAAGTGCATGATGTATTACAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175445 GCGGCTTCCAATGGGAGCTGTCATTAAGTGCATGATGTATTACAAGGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCTTCTGGAAGAAGAAGG         ATTACTGTGGCTGCATGATCATT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 175495 CCTTCTGGAAGAAGAAGGGTA...AAGATTACTGTGGCTGCATGATCATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAAGATGAAGATGCTCCAATTTCAATAACCTTGGATGACACCAAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176381 GAAGATGAAGATGCTCCAATTTCAATAACCTTGGATGACACCAAGCCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGGGTCACTGCCTGCCATCATGGG         CTTCATTCTTGCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 176431 TGGGTCACTGCCTGCCATCATGGGGTA...CAGCTTCATTCTTGCCCGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGCTGATCGACTTGCTAAGCTACATAAGGAAATAAG         GAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 179903 AAGCTGATCGACTTGCTAAGCTACATAAGGAAATAAGGTA...TAGGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AAGAAAATCTGTGAGCTCTATGCCAAAGTGCTGGGATCCCAAGAAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184344 AAGAAAATCTGTGAGCTCTATGCCAAAGTGCTGGGATCCCAAGAAGCTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 ACAT         CCAGTGCATTATGAAGAGAAGAACTGGTGTGAGGAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184394 ACATGTA...CAGCCAGTGCATTATGAAGAGAAGAACTGGTGTGAGGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AGTACTCTGGGGGCTGCTACACGGCCTACTTCCCTCCTGGGATCATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185646 AGTACTCTGGGGGCTGCTACACGGCCTACTTCCCTCCTGGGATCATGACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CAATATGGAAG         GGTGATTCGTCAACCCGTGGGCAGGATTTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 185696 CAATATGGAAGGTA...AAGGGTGATTCGTCAACCCGTGGGCAGGATTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CTTTGCGGGCACAGAGACTGCCACAAAGTGGAGCGGCTACATGGAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187483 CTTTGCGGGCACAGAGACTGCCACAAAGTGGAGCGGCTACATGGAAGGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CAGTTGAGGCTGGAGAACGAGCAGCTAGGGAG         GTCTTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 187533 CAGTTGAGGCTGGAGAACGAGCAGCTAGGGAGGTA...CAGGTCTTAAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GGTCTCGGGAAGGTGACCGAGAAAGATATCTGGGTACAAGAACCTGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187777 GGTCTCGGGAAGGTGACCGAGAAAGATATCTGGGTACAAGAACCTGAATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 AAAG         GACGTTCCAGCGGTAGAAATCACCCACACCTTCTGGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187827 AAAGGTA...TAGGACGTTCCAGCGGTAGAAATCACCCACACCTTCTGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 AAAGGAACCTGCCCTCTGTTTCTGGCCTGCTGAAGATCATTGGATTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188063 AAAGGAACCTGCCCTCTGTTTCTGGCCTGCTGAAGATCATTGGATTTTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 ACATCAGTAACTGCCCTGGGGTTTGTGCTGTACAAATACAAGCTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188113 ACATCAGTAACTGCCCTGGGGTTTGTGCTGTACAAATACAAGCTCCTGCC

   1700     .
   1575 ACGGTCT
        |||||||
 188163 ACGGTCT