seq1 = pF1KE4485.tfa, 1503 bp
seq2 = pF1KE4485/gi568815596r_135807319.tfa (gi568815596r:135807319_136085468), 278150 bp

>pF1KE4485 1503
>gi568815596r:135807319_136085468 (Chr2)

(complement)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-124  (102015-102072)   100% ->
125-217  (106103-106195)   100% ->
218-320  (123971-124073)   100% ->
321-423  (141989-142091)   100% ->
424-504  (151479-151559)   100% ->
505-564  (152627-152686)   100% ->
565-676  (160971-161082)   100% ->
677-811  (162551-162685)   100% ->
812-959  (164869-165016)   100% ->
960-1106  (169097-169243)   100% ->
1107-1149  (170958-171000)   100% ->
1150-1230  (172903-172983)   100% ->
1231-1342  (173976-174087)   100% ->
1343-1414  (174259-174330)   100% ->
1415-1503  (178062-178150)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCAGCGCCAGCGCCAGCCGCAAGAGTCAGGAGAAGCCGCGGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCAGCGCCAGCGCCAGCCGCAAGAGTCAGGAGAAGCCGCGGGAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGGACGCGGCGGAA         GATTATGCTAAAGAGAGATATGGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGGACGCGGCGGAAGTG...TAGGATTATGCTAAAGAGAGATATGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TATCTTCAATGATACAATCACAAGAAAAACCAG         ATCGAGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102040 TATCTTCAATGATACAATCACAAGAAAAACCAGGTT...CAGATCGAGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTGGTTCGGGTTAGAGACTTGACAATACAAAAAGCTGATGAAGTTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106111 TTGGTTCGGGTTAGAGACTTGACAATACAAAAAGCTGATGAAGTTGTTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGTACGTGCAAGAGTTCATACAAGCAGAGCTAAAG         GGAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 106161 GGTACGTGCAAGAGTTCATACAAGCAGAGCTAAAGGTA...CAGGGAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGTGCTTCTTAGTCCTACGTCAGCAGCAGTTTAATGTCCAGGCTCTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123977 AGTGCTTCTTAGTCCTACGTCAGCAGCAGTTTAATGTCCAGGCTCTTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCGGTGGGAGACCATGCAAGCAAGCAGATGGTTAAATTTGCTGCCAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 124027 GCGGTGGGAGACCATGCAAGCAAGCAGATGGTTAAATTTGCTGCCAAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    321       CATCAACAAAGAGAGCATTGTGGATGTAGAAGGTGTTGTGAGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124077 ...CAGCATCAACAAAGAGAGCATTGTGGATGTAGAAGGTGTTGTGAGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAGTGAATCAGAAAATTGGAAGCTGTACACAGCAAGACGTTGAGTTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142033 AAGTGAATCAGAAAATTGGAAGCTGTACACAGCAAGACGTTGAGTTACAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTTCAGAAG         ATTTATGTGATCAGTTTGGCTGAACCCCGTCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 142083 GTTCAGAAGGTA...CAGATTTATGTGATCAGTTTGGCTGAACCCCGTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCCCCTGCAGCTGGATGATGCTGTTCGGCCTGAGGCAGAAGGAGAAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 151511 GCCCCTGCAGCTGGATGATGCTGTTCGGCCTGAGGCAGAAGGAGAAGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    505         GAAGGAAGAGCTACTGTTAACCAGGATACAAGATTAGACAAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151561 TA...TAGGAAGGAAGAGCTACTGTTAACCAGGATACAAGATTAGACAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AGAGTCATTGATCTTAGG         ACATCAACTAGTCAGGCAGTCTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 152669 AGAGTCATTGATCTTAGGGTA...TAGACATCAACTAGTCAGGCAGTCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CCGTCTCCAGTCTGGCATCTGCCATCTCTTCCGAGAAACTTTAATTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160994 CCGTCTCCAGTCTGGCATCTGCCATCTCTTCCGAGAAACTTTAATTAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAGGTTTTGTGGAAATCCAAACTCCTAAAATTATTTCAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 161044 AAGGTTTTGTGGAAATCCAAACTCCTAAAATTATTTCAGGTA...CAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GCCAGTGAAGGAGGAGCCAATGTTTTTACTGTGTCATATTTTAAAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162553 GCCAGTGAAGGAGGAGCCAATGTTTTTACTGTGTCATATTTTAAAAATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGCATACCTGGCTCAGTCCCCACAGCTATATAAGCAAATGTGCATTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162603 TGCATACCTGGCTCAGTCCCCACAGCTATATAAGCAAATGTGCATTTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CTGATTTTGAGAAGGTTTTCTCTATTGGACCAG         TATTCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 162653 CTGATTTTGAGAAGGTTTTCTCTATTGGACCAGGTA...CAGTATTCAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GCGGAAGACTCTAATACCCATAGACATCTAACTGAGTTTGTTGGTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164877 GCGGAAGACTCTAATACCCATAGACATCTAACTGAGTTTGTTGGTTTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CATTGAAATGGCTTTTAATTACCATTACCACGAAGTTATGGAAGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164927 CATTGAAATGGCTTTTAATTACCATTACCACGAAGTTATGGAAGAAATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTGACACCATGGTACAAATATTCAAAGGACTTCAAGAAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 164977 CTGACACCATGGTACAAATATTCAAAGGACTTCAAGAAAGGTA...TAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 TTTCAGACTGAAATTCAAACAGTGAATAAACAGTTCCCATGTGAGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169098 TTTCAGACTGAAATTCAAACAGTGAATAAACAGTTCCCATGTGAGCCATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CAAATTTTTGGAGCCAACTCTAAGACTAGAATATTGTGAAGCATTGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169148 CAAATTTTTGGAGCCAACTCTAAGACTAGAATATTGTGAAGCATTGGCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGCTTAGGGAAGCTGGAGTCGAAATGGGAGATGAAGACGATCTGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 169198 TGCTTAGGGAAGCTGGAGTCGAAATGGGAGATGAAGACGATCTGAGGTT.

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1107      CACACCAAATGAAAAGCTGTTGGGTCATTTGGTAAAGGAAAAG  
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 169248 ..CAGCACACCAAATGAAAAGCTGTTGGGTCATTTGGTAAAGGAAAAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1150        TATGATACAGATTTTTATATTCTTGATAAATATCCATTGGCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171003 A...TAGTATGATACAGATTTTTATATTCTTGATAAATATCCATTGGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TAAGACCTTTCTATACCATGCCTGACCCAAGAAATCCC         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 172946 TAAGACCTTTCTATACCATGCCTGACCCAAGAAATCCCGTA...CAGAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CAGTCCAACTCTTACGATATGTTCATGAGAGGAGAAGAAATATTGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173979 CAGTCCAACTCTTACGATATGTTCATGAGAGGAGAAGAAATATTGTCAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 AGCTCAAAGAATACATGATCCTCAACTGCTAACAGAGAGAGCTTTACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174029 AGCTCAAAGAATACATGATCCTCAACTGCTAACAGAGAGAGCTTTACATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 ATGGAATTG         ATTTGGAGAAAATTAAGGCTTACATTGATTCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 174079 ATGGAATTGGTA...CAGATTTGGAGAAAATTAAGGCTTACATTGATTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 TTCCGCTTTGGAGCCCCTCCTCATGCTGGTGGAGGCATTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 174291 TTCCGCTTTGGAGCCCCTCCTCATGCTGGTGGAGGCATTGGTA...CAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 ATTGGAACGAGTTACTATGCTGTTTCTGGGATTGCATAATGTTCGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178063 ATTGGAACGAGTTACTATGCTGTTTCTGGGATTGCATAATGTTCGTCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .
   1466 CCTCCATGTTCCCTCGTGATCCCAAACGACTCACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178113 CCTCCATGTTCCCTCGTGATCCCAAACGACTCACTCCT