seq1 = pF1KE4483.tfa, 1500 bp
seq2 = pF1KE4483/gi568815580f_49462309.tfa (gi568815580f:49462309_49686850), 224542 bp

>pF1KE4483 1500
>gi568815580f:49462309_49686850 (Chr18)

1-97  (100001-100097)   100% ->
98-279  (103009-103190)   100% ->
280-459  (105134-105313)   100% ->
460-571  (107129-107240)   100% ->
572-793  (113061-113282)   100% ->
794-1036  (119107-119349)   100% ->
1037-1157  (120054-120174)   100% ->
1158-1376  (121248-121466)   99% ->
1377-1481  (124438-124542)   99% ->
1482-1500  (128193-128211)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAACTCCGTTCCTCTGCTCTGTTTCTGGAGCCTCTGCTATTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCAACTCCGTTCCTCTGCTCTGTTTCTGGAGCCTCTGCTATTGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCTGCGGGGAGCCCCGTACCTTTTGGTCCAGAGGGACGGCTGGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 TGCTGCGGGGAGCCCCGTACCTTTTGGTCCAGAGGGACGGCTGGAAGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       ATAAGCTCCACAAACCCAAAGCTACACAGACTGAGGTCAAACCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ...CAGATAAGCTCCACAAACCCAAAGCTACACAGACTGAGGTCAAACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTGTGAGGTTTAACCTCCGCACCTCCAAGGACCCAGAGCATGAAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103053 TCTGTGAGGTTTAACCTCCGCACCTCCAAGGACCCAGAGCATGAAGGATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACCTCTCCGTCGGCCACAGCCAGCCCTTAGAAGACTGCAGTTTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103103 CTACCTCTCCGTCGGCCACAGCCAGCCCTTAGAAGACTGCAGTTTCAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGACAGCTAAAACCTTTTTCATCATTCACGGATGGACG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103153 TGACAGCTAAAACCTTTTTCATCATTCACGGATGGACGGTG...CAGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCGGTATCTTTGAAAACTGGCTGCACAAACTCGTGTCAGCCCTGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105137 AGCGGTATCTTTGAAAACTGGCTGCACAAACTCGTGTCAGCCCTGCACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAGAGAGAAAGACGCCAATGTAGTTGTGGTTGACTGGCTCCCCCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105187 AAGAGAGAAAGACGCCAATGTAGTTGTGGTTGACTGGCTCCCCCTGGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACCAGCTTTACACGGATGCGGTCAATAATACCAGGGTGGTGGGACACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105237 ACCAGCTTTACACGGATGCGGTCAATAATACCAGGGTGGTGGGACACAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTGCCAGGATGCTCGACTGGCTGCAG         GAGAAGGACGATTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 105287 ATTGCCAGGATGCTCGACTGGCTGCAGGTA...TAGGAGAAGGACGATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTCTCTCGGGAATGTCCACTTGATCGGCTACAGCCTCGGAGCGCACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107143 TTCTCTCGGGAATGTCCACTTGATCGGCTACAGCCTCGGAGCGCACGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGGGTATGCAGGCAACTTCGTGAAAGGAACGGTGGGCCGAATCACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 107193 CCGGGTATGCAGGCAACTTCGTGAAAGGAACGGTGGGCCGAATCACAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    572        GTTTGGATCCTGCCGGGCCCATGTTTGAAGGGGCCGACATCCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107243 G...CAGGTTTGGATCCTGCCGGGCCCATGTTTGAAGGGGCCGACATCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAAGAGGCTCTCTCCGGACGATGCAGATTTTGTGGATGTCCTCCACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113104 CAAGAGGCTCTCTCCGGACGATGCAGATTTTGTGGATGTCCTCCACACCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACACGCGTTCCTTCGGCTTGAGCATTGGTATTCAGATGCCTGTGGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113154 ACACGCGTTCCTTCGGCTTGAGCATTGGTATTCAGATGCCTGTGGGCCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATTGACATCTACCCCAATGGGGGTGACTTCCAGCCAGGCTGTGGACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113204 ATTGACATCTACCCCAATGGGGGTGACTTCCAGCCAGGCTGTGGACTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGATGTCTTGGGATCAATTGCATATGGAA         CAATCACAGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 113254 CGATGTCTTGGGATCAATTGCATATGGAAGTG...CAGCAATCACAGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGTAAAATGTGAGCATGAGCGAGCCGTCCACCTCTTTGTTGACTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119119 TGGTAAAATGTGAGCATGAGCGAGCCGTCCACCTCTTTGTTGACTCTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTGAATCAGGACAAGCCGAGTTTTGCCTTCCAGTGCACTGACTCCAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119169 GTGAATCAGGACAAGCCGAGTTTTGCCTTCCAGTGCACTGACTCCAATCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTTCAAAAAGGGGATCTGTCTGAGCTGCCGCAAGAACCGTTGTAATAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119219 CTTCAAAAAGGGGATCTGTCTGAGCTGCCGCAAGAACCGTTGTAATAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTGGCTACAATGCCAAGAAAATGAGGAACAAGAGGAACAGCAAAATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119269 TTGGCTACAATGCCAAGAAAATGAGGAACAAGAGGAACAGCAAAATGTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTAAAAACCCGGGCAGGCATGCCTTTCAGAG         TTTACCATTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 119319 CTAAAAACCCGGGCAGGCATGCCTTTCAGAGGTA...CAGTTTACCATTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCAGATGAAAATCCATGTCTTCAGTTACAAGAACATGGGAGAAATTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120064 TCAGATGAAAATCCATGTCTTCAGTTACAAGAACATGGGAGAAATTGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCACCTTTTACGTCACCCTTTATGGCACTAATGCAGATTCCCAGACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120114 CCACCTTTTACGTCACCCTTTATGGCACTAATGCAGATTCCCAGACTCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCACTGGAAAT         AGTGGAGCGGATCGAGCAGAATGCCACCAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 120164 CCACTGGAAATGTA...TAGAGTGGAGCGGATCGAGCAGAATGCCACCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CACCTTCCTGGTCTACACCGAGGAGGACTTGGGAGACCTCTTGAAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121278 CACCTTCCTGGTCTACACCGAGGAGGACTTGGGAGACCTCTTGAAGATCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGCTCACCTGGGAGGGGGCCTCTCAGTCTTGGTACAACCTGTGGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121328 AGCTCACCTGGGAGGGGGCCTCTCAGTCTTGGTACAACCTGTGGAAGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TTTCGCAGCTACCTGTCTCAACCCCGCAACCCCGGACGGGAGCCGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 121378 TTTCGCAGCTACCTGTCTCAACCCCGCAACCCCGGACGGGAGCTGAATAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CAGGCGCATCCGGGTGAAGTCTGGGGAAACCCAGCGGAA         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 121428 CAGGCGCATCCGGGTGAAGTCTGGGGAAACCCAGCGGAAGTA...TAGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGACATTTTGTACAGAAGACCCTGAGAACACCAGCATATCCCCAGGCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 124440 TGACATTTTGTACAGAAGACCCTGAGAACACCAGCATATCCCCAGGCCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GAGCTCTGGTTTCGCAAGTGTCGGGATGGCTGGAGGATGAAAAACGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124490 GAGCTCTGGTTTCGCAAGTGTCGGGATGGCTGGAGGATGAAAAACGAAAC

   1550     .    :    .    :    .    :
   1479 CAG         TCCCACTGTGGAGCTTCCC
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 124540 CAGGTA...CAGTCCCACTGTGGAGCTTCCC