seq1 = pF1KE4480.tfa, 1491 bp
seq2 = pF1KE4480/gi568815594f_156978025.tfa (gi568815594f:156978025_157270725), 292701 bp

>pF1KE4480 1491
>gi568815594f:156978025_157270725 (Chr4)

1-122  (100001-100122)   100% ->
123-229  (142532-142638)   100% ->
230-297  (144306-144373)   100% ->
298-527  (158445-158674)   100% ->
528-610  (158780-158862)   100% ->
611-751  (160785-160925)   100% ->
752-904  (165783-165935)   99% ->
905-1197  (174694-174986)   100% ->
1198-1491  (192408-192701)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTTTTTATTGACAACTGCCTTTTTAATTTTAATTTCCTTGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTTTTTATTGACAACTGCCTTTTTAATTTTAATTTCCTTGTGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGAAGCCTATTCTAAGGAAAAGTCTTCAAAGAAAGGGAAGGGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGAAGCCTATTCTAAGGAAAAGTCTTCAAAGAAAGGGAAGGGGAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAGCAGTATCTATGCCCATC         TCAGCAGTCAGCAGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100101 AGAAGCAGTATCTATGCCCATCGTA...TAGTCAGCAGTCAGCAGAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTGCCCGAGTACCTGCCAACTCCACTAGCAATATCTTGAACAGGTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142551 CTTGCCCGAGTACCTGCCAACTCCACTAGCAATATCTTGAACAGGTTATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTCAGTTATGATCCCAGGATAAGACCAAACTTCAAAG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 142601 GGTCAGTTATGATCCCAGGATAAGACCAAACTTCAAAGGTT...TAGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCCTGTTGATGTAGTAGTCAACATTTTTATTAACAGTTTTGGATCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144309 TTCCTGTTGATGTAGTAGTCAACATTTTTATTAACAGTTTTGGATCCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAGAAACAACAATG         GACTATAGAGTTAACATCTTCCTGAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 144359 CAAGAAACAACAATGGTA...CAGGACTATAGAGTTAACATCTTCCTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACAAAAATGGAATGACCCCAGGCTGAAGCTCCCCAGTGATTTTAGGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158471 ACAAAAATGGAATGACCCCAGGCTGAAGCTCCCCAGTGATTTTAGGGGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGATGCACTGACAGTGGATCCAACAATGTACAAGTGTTTATGGAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158521 CAGATGCACTGACAGTGGATCCAACAATGTACAAGTGTTTATGGAAACCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATTTATTTTTTGCAAATGAAAAAAGTGCCAATTTTCATGATGTGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158571 GATTTATTTTTTGCAAATGAAAAAAGTGCCAATTTTCATGATGTGACCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAAAACATCCTCCTCTTTATTTTTCGTGATGGAGATGTCCTTGTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158621 GGAAAACATCCTCCTCTTTATTTTTCGTGATGGAGATGTCCTTGTCAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGAG         GTTATCTATTACTCTTTCATGCCCTTTGGACTTGACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158671 TGAGGTA...CAGGTTATCTATTACTCTTTCATGCCCTTTGGACTTGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTGTTTCCCATGGATACACAACGTTGCAAGATGCAACTGGAGAGCT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 158817 TTGTTTCCCATGGATACACAACGTTGCAAGATGCAACTGGAGAGCTGTA.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    611      TTGGTTACACAACTGATGATTTACGATTTATCTGGCAGTCAGGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158867 ..TAGTTGGTTACACAACTGATGATTTACGATTTATCTGGCAGTCAGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATCCTGTGCAATTAGAAAAAATTGCCTTGCCTCAATTTGATATCAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160830 ATCCTGTGCAATTAGAAAAAATTGCCTTGCCTCAATTTGATATCAAAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAAGATATTGAATATGGTAACTGTACAAAATACTATAAAGGCACGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 160880 GAAGATATTGAATATGGTAACTGTACAAAATACTATAAAGGCACGGGTA.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752      GCTACTACACATGCGTGGAAGTCATCTTCACCCTGAGGAGGCAGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160930 ..AAGGCTACTACACATGCGTGGAAGTCATCTTCACCCTGAGGAGGCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCGGCTTTTACATGATGGGGGTCTACGCCCCAACCCTGCTCATTGTTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 165828 TCGGCTTTTACATGATGGGGGTCTACGCCCCAACTCTGCTCATTGTTGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTCTCCTGGCTTTCCTTCTGGATCAACCCGGACGCGAGTGCTGCCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165878 CTCTCCTGGCTTTCCTTCTGGATCAACCCGGACGCGAGTGCTGCCAGAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCCCCTGG         GTATCTTCTCAGTCCTCAGCTTGGCCTCTGAGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 165928 GCCCCTGGGTA...TAGGTATCTTCTCAGTCCTCAGCTTGGCCTCTGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCACAACCCTTGCCGCTGAGCTTCCCAAAGTTTCCTATGTGAAGGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174727 GCACAACCCTTGCCGCTGAGCTTCCCAAAGTTTCCTATGTGAAGGCTCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GATGTTTGGCTTATTGCTTGCCTTCTCTTTGGGTTTGCTTCCCTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174777 GATGTTTGGCTTATTGCTTGCCTTCTCTTTGGGTTTGCTTCCCTGGTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GTATGCAGTTGTCCAGGTGATGCTGAACAACCCCAAAAGGGTTGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174827 GTATGCAGTTGTCCAGGTGATGCTGAACAACCCCAAAAGGGTTGAAGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AAAAAGCCAGAATTGCTAAGGCTGAGCAAGCAGATGGAAAAGGTGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174877 AAAAAGCCAGAATTGCTAAGGCTGAGCAAGCAGATGGAAAAGGTGGAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTGGCTAAAAAGAATACTGTGAATGGAACAGGGACTCCTGTTCATATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174927 GTGGCTAAAAAGAATACTGTGAATGGAACAGGGACTCCTGTTCATATTAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CACTTTGCAG         GTTGGTGAGACCAGATGCAAAAAAGTTTGTA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 174977 CACTTTGCAGGTA...TAGGTTGGTGAGACCAGATGCAAAAAAGTTTGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTTCTAAGTCTGATCTGAGATCTAATGACTTCAGCATTGTTGGAAGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192439 CTTCTAAGTCTGATCTGAGATCTAATGACTTCAGCATTGTTGGAAGCTTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CCAAGAGATTTTGAACTATCCAATTATGACTGCTATGGAAAACCCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192489 CCAAGAGATTTTGAACTATCCAATTATGACTGCTATGGAAAACCCATTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AGTTAACAACGGACTTGGGAAATCTCAGGCTAAGAACAACAAGAAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192539 AGTTAACAACGGACTTGGGAAATCTCAGGCTAAGAACAACAAGAAGCCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCCCTGCGAAACCTGTTATTCCAACAGCAGCAAAGCGAATTGATCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192589 CCCCTGCGAAACCTGTTATTCCAACAGCAGCAAAGCGAATTGATCTTTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GCAAGAGCATTGTTTCCTTTCTGCTTCTTGTTCTTCAATGTTATATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192639 GCAAGAGCATTGTTTCCTTTCTGCTTCTTGTTCTTCAATGTTATATATTG

   1550     .    :
   1479 GTCTATATATTTA
        |||||||||||||
 192689 GTCTATATATTTA