seq1 = pF1KE4478.tfa, 1488 bp
seq2 = pF1KE4478/gi568815586r_7832817.tfa (gi568815586r:7832817_8033904), 201088 bp

>pF1KE4478 1488
>gi568815586r:7832817_8033904 (Chr12)

(complement)

14-108  (100001-100095)   100% ->
109-269  (100758-100918)   100% ->
270-510  (102420-102660)   100% ->
511-673  (103263-103425)   100% ->
674-861  (104034-104221)   100% ->
862-966  (107957-108061)   100% ->
967-1068  (109394-109495)   100% ->
1069-1272  (110881-111084)   100% ->
1273-1488  (112274-112489)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     14 AGGTCACCCCAGCTCTGATATTTGCCATCACAGTTGCTACAATCGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGTCACCCCAGCTCTGATATTTGCCATCACAGTTGCTACAATCGGCTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     64 TTCCAATTTGGCTACAACACTGGGGTCATCAATGCTCCTGAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100051 TTCCAATTTGGCTACAACACTGGGGTCATCAATGCTCCTGAGAAGGTG..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    109     ATCATAAAGGAATTTATCAATAAAACTTTGACGGACAAGGGAAATG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 .CAGATCATAAAGGAATTTATCAATAAAACTTTGACGGACAAGGGAAATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    155 CCCCACCCTCTGAGGTGCTGCTCACGTCTCTCTGGTCCTTGTCTGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100804 CCCCACCCTCTGAGGTGCTGCTCACGTCTCTCTGGTCCTTGTCTGTGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    205 ATATTTTCCGTCGGGGGTATGATCGGCTCCTTTTCCGTCGGACTCTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100854 ATATTTTCCGTCGGGGGTATGATCGGCTCCTTTTCCGTCGGACTCTTCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    255 CAACCGCTTTGGCAG         GCGCAATTCAATGCTGATTGTCAACC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100904 CAACCGCTTTGGCAGGTA...CAGGCGCAATTCAATGCTGATTGTCAACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    296 TGTTGGCTGTCACTGGTGGCTGCTTTATGGGACTGTGTAAAGTAGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102446 TGTTGGCTGTCACTGGTGGCTGCTTTATGGGACTGTGTAAAGTAGCTAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    346 TCGGTTGAAATGCTGATCCTGGGTCGCTTGGTTATTGGCCTCTTCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102496 TCGGTTGAAATGCTGATCCTGGGTCGCTTGGTTATTGGCCTCTTCTGCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    396 ACTCTGCACAGGTTTTGTGCCCATGTACATTGGAGAGATCTCGCCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102546 ACTCTGCACAGGTTTTGTGCCCATGTACATTGGAGAGATCTCGCCTACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    446 CCCTGCGGGGTGCCTTTGGCACTCTCAACCAGCTGGGCATCGTTGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102596 CCCTGCGGGGTGCCTTTGGCACTCTCAACCAGCTGGGCATCGTTGTTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    496 ATTCTGGTGGCCCAG         ATCTTTGGTCTGGAATTCATCCTTGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102646 ATTCTGGTGGCCCAGGTA...TAGATCTTTGGTCTGGAATTCATCCTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    537 GTCTGAAGAGCTATGGCCGCTGCTACTGGGTTTTACCATCCTTCCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103289 GTCTGAAGAGCTATGGCCGCTGCTACTGGGTTTTACCATCCTTCCTGCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    587 TCCTACAAAGTGCAGCCCTTCCATTTTGCCCTGAAAGTCCCAGATTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103339 TCCTACAAAGTGCAGCCCTTCCATTTTGCCCTGAAAGTCCCAGATTTTTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    637 CTCATTAACAGAAAAGAAGAGGAGAATGCTAAGCAGA         TCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103389 CTCATTAACAGAAAAGAAGAGGAGAATGCTAAGCAGAGTG...CAGTCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    678 CCAGCGGTTGTGGGGCACCCAGGATGTATCCCAAGACATCCAGGAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104038 CCAGCGGTTGTGGGGCACCCAGGATGTATCCCAAGACATCCAGGAGATGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    728 AAGATGAGAGTGCAAGGATGTCACAAGAAAAGCAAGTCACCGTGCTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104088 AAGATGAGAGTGCAAGGATGTCACAAGAAAAGCAAGTCACCGTGCTAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    778 CTCTTTAGAGTGTCCAGCTACCGACAGCCCATCATCATTTCCATTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104138 CTCTTTAGAGTGTCCAGCTACCGACAGCCCATCATCATTTCCATTGTGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    828 CCAGCTCTCTCAGCAGCTCTCTGGGATCAATGCT         GTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104188 CCAGCTCTCTCAGCAGCTCTCTGGGATCAATGCTGTG...TAGGTGTTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    869 ATTACTCAACAGGAATCTTCAAGGATGCAGGTGTTCAAGAGCCCATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107964 ATTACTCAACAGGAATCTTCAAGGATGCAGGTGTTCAAGAGCCCATCTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    919 GCCACCATCGGCGCGGGTGTGGTTAATACTATCTTCACTGTAGTTTCT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108014 GCCACCATCGGCGCGGGTGTGGTTAATACTATCTTCACTGTAGTTTCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    967        CTATTTCTGGTGGAAAGGGCAGGAAGAAGGACTCTGCATATGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108064 A...CAGCTATTTCTGGTGGAAAGGGCAGGAAGAAGGACTCTGCATATGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1010 TAGGCCTTGGAGGGATGGCTTTTTGTTCCACGCTCATGACTGTTTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109437 TAGGCCTTGGAGGGATGGCTTTTTGTTCCACGCTCATGACTGTTTCTTTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1060 TTATTAAAG         GATAACTATAATGGGATGAGCTTTGTCTGTAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109487 TTATTAAAGGTA...CAGGATAACTATAATGGGATGAGCTTTGTCTGTAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TGGGGCTATCTTGGTCTTTGTAGCCTTCTTTGAAATTGGACCAGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110913 TGGGGCTATCTTGGTCTTTGTAGCCTTCTTTGAAATTGGACCAGGCCCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TTCCCTGGTTTATTGTGGCCGAACTCTTCAGCCAGGGCCCCCGCCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110963 TTCCCTGGTTTATTGTGGCCGAACTCTTCAGCCAGGGCCCCCGCCCAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GCGATGGCAGTGGCCGGCTGCTCCAACTGGACCTCCAACTTCCTAGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111013 GCGATGGCAGTGGCCGGCTGCTCCAACTGGACCTCCAACTTCCTAGTCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 ATTGCTCTTCCCCTCCGCTGCT         CACTATTTAGGAGCCTACG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111063 ATTGCTCTTCCCCTCCGCTGCTGTA...TAGCACTATTTAGGAGCCTACG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TTTTTATTATCTTCACCGGCTTCCTCATTACCTTCTTGGCTTTTACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112293 TTTTTATTATCTTCACCGGCTTCCTCATTACCTTCTTGGCTTTTACCTTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TTCAAAGTCCCTGAGACCCGTGGCAGGACTTTTGAGGATATCACACGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112343 TTCAAAGTCCCTGAGACCCGTGGCAGGACTTTTGAGGATATCACACGGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CTTTGAAGGGCAGGCACACGGTGCAGATAGATCTGGAAAGGACGGCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112393 CTTTGAAGGGCAGGCACACGGTGCAGATAGATCTGGAAAGGACGGCGTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1442 TGGAGATGAACAGCATCGAGCCTGCTAAGGAGACCACCACCAATGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112443 TGGAGATGAACAGCATCGAGCCTGCTAAGGAGACCACCACCAATGTC