seq1 = pF1KE4464.tfa, 1458 bp
seq2 = pF1KE4464/gi568815589r_125338890.tfa (gi568815589r:125338890_125772574), 433685 bp

>pF1KE4464 1458
>gi568815589r:125338890_125772574 (Chr9)

(complement)

1-259  (100001-100259)   100% ->
260-349  (102668-102757)   100% ->
350-498  (114776-114924)   100% ->
499-671  (186848-187020)   100% ->
672-848  (212766-212942)   100% ->
849-958  (229407-229516)   100% ->
959-1099  (287992-288132)   100% ->
1100-1237  (304466-304603)   100% ->
1238-1335  (327977-328074)   100% ->
1336-1458  (333563-333685)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTTCTTGGACAATCCAACTATCATTCTAGCTCATATTCGACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTTCTTGGACAATCCAACTATCATTCTAGCTCATATTCGACAGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACATGTGACCAGTGATGACACGGGAATGTGTGAGATGGTTCTCATTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACATGTGACCAGTGATGACACGGGAATGTGTGAGATGGTTCTCATTGATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGATGTTGACCTAGAGAAGATTCATCCTCCTTCAATGCCTGGAGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGATGTTGACCTAGAGAAGATTCATCCTCCTTCAATGCCTGGAGACAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGTCAGAAATTCAGGGAAGCAATGGTGAGACTCAGGGCTATGTATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGTCAGAAATTCAGGGAAGCAATGGTGAGACTCAGGGCTATGTATATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAGTCAGTCGATATTACCTCAAGTTGGGACTTTGGTATTAGAAGACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAGTCAGTCGATATTACCTCAAGTTGGGACTTTGGTATTAGAAGACGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAAACACAG         CTCAAAGATTAGAACGACTCCGAAAAGAGAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAAACACAGGTA...AAGCTCAAAGATTAGAACGACTCCGAAAAGAGAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAAAACCAGATCAAATGCAAAAATATTCAGTGGAAAGAAAGAAATTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102700 CAAAACCAGATCAAATGCAAAAATATTCAGTGGAAAGAAAGAAATTCTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCAATCAG         CCCAGGAGTTAAAGTCACTGTTTGAAAAAAAAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102750 GCAATCAGGTA...CAGCCCAGGAGTTAAAGTCACTGTTTGAAAAAAAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTCTCAAAGAGAAGCCTCCAATTTCTGGGAAGCAGTCGATATTATCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114809 CTCTCAAAGAGAAGCCTCCAATTTCTGGGAAGCAGTCGATATTATCTGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGCCTAGAACAGTGCCCTCTGCAGCTGAATAACCCTTTTAACGAGTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114859 CGCCTAGAACAGTGCCCTCTGCAGCTGAATAACCCTTTTAACGAGTATTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAATTTGATGGCAAG         GGTCATGTAGGTACAACAGCAACCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114909 CAAATTTGATGGCAAGGTA...CAGGGTCATGTAGGTACAACAGCAACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGAAGATCGATGTCTACCTCCCTCTGCACTCGAGCCAGGACAGACTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186873 AGAAGATCGATGTCTACCTCCCTCTGCACTCGAGCCAGGACAGACTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCAATGACCGTGGTGACAATGGCCAGCGCCAGGGTGCAGGACCTGATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186923 CCAATGACCGTGGTGACAATGGCCAGCGCCAGGGTGCAGGACCTGATCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCTCATCTGCTGGCAGTATACAAGCGAAGGACGGGAGCCGAAGCTCAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 186973 GCTCATCTGCTGGCAGTATACAAGCGAAGGACGGGAGCCGAAGCTCAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    672        TGACAATGTCAGTGCCTACTGCCTGCATATTGCTGAGGATGAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187023 A...CAGTGACAATGTCAGTGCCTACTGCCTGCATATTGCTGAGGATGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGGGAGGTGGACACCGATTTCCCCCCGCTGGATTCCAATGAGCCCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212809 GGGGAGGTGGACACCGATTTCCCCCCGCTGGATTCCAATGAGCCCATTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TAAGTTTGGCTTCAGTACTTTGGCCCTGGTTGAAAAGTACTCATCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212859 TAAGTTTGGCTTCAGTACTTTGGCCCTGGTTGAAAAGTACTCATCTCCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTCTGACATCCAAAGAGTCACTCTTTGTTCGAAT         AAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 212909 GTCTGACATCCAAAGAGTCACTCTTTGTTCGAATGTG...CAGAAATGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCTCATGGATTCTCCCTTATTCAGGTGGACAACACAAAGGTTACCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229414 GCTCATGGATTCTCCCTTATTCAGGTGGACAACACAAAGGTTACCATGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGAAATCTTACTGAAGGCAGTGAAGCGAAGAAAAGGATCCCAGAAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229464 GGAAATCTTACTGAAGGCAGTGAAGCGAAGAAAAGGATCCCAGAAAGTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CAG         GTTCAAGGGCAGACGGGGTTTTTGAGGAGGATTCGCAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229514 CAGGTG...CAGGTTCAAGGGCAGACGGGGTTTTTGAGGAGGATTCGCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATTGACATAGCCACAGTACAGGATATGCTTAGCAGCCACCATTACAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288030 ATTGACATAGCCACAGTACAGGATATGCTTAGCAGCCACCATTACAAGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ATTCAAAGTCAGCATGATCCACAGACTGCGATTCACAACCGACGTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288080 ATTCAAAGTCAGCATGATCCACAGACTGCGATTCACAACCGACGTACAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TAG         GTATCTCTGGAGACAAAGTAGAGATAGACCCTGTTACG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288130 TAGGTA...CAGGTATCTCTGGAGACAAAGTAGAGATAGACCCTGTTACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AATCAGAAAGCCAGCACTAAGTTTTGGATTAAGCAGAAACCCATCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304504 AATCAGAAAGCCAGCACTAAGTTTTGGATTAAGCAGAAACCCATCTCAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CGATTCCGACCTGCTCTGTGCCTGTGACCTTGCTGAAGAGAAAAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304554 CGATTCCGACCTGCTCTGTGCCTGTGACCTTGCTGAAGAGAAAAGCCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238          GTCACGCAATATTTAAACTCACGTATCTAAGCAATCACGAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304604 GTG...CAGGTCACGCAATATTTAAACTCACGTATCTAAGCAATCACGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TATAAACACCTCTACTTTGAATCGGACGCTGCTACCGTCAATGAAATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328018 TATAAACACCTCTACTTTGAATCGGACGCTGCTACCGTCAATGAAATTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GCTCAAG         GTTAACTACATCCTGGAATCGCGAGCTAGCACTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328068 GCTCAAGGTG...TAGGTTAACTACATCCTGGAATCGCGAGCTAGCACTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CCCGGGCTGACTACTTTGCTCAAAAACAAAGAAAACTGAACAGACGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333597 CCCGGGCTGACTACTTTGCTCAAAAACAAAGAAAACTGAACAGACGTACG

   1500     .    :    .    :    .    :    .
   1420 AGCTTCAGCTTCCAGAAGGAGAAGAAATCCGGGCAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333647 AGCTTCAGCTTCCAGAAGGAGAAGAAATCCGGGCAGCAG