seq1 = pF1KE4448.tfa, 1389 bp
seq2 = pF1KE4448/gi568815597f_161102386.tfa (gi568815597f:161102386_161314190), 211805 bp

>pF1KE4448 1389
>gi568815597f:161102386_161314190 (Chr1)

1-95  (100001-100095)   100% ->
96-202  (101052-101158)   100% ->
203-393  (104022-104212)   100% ->
394-514  (106808-106928)   100% ->
515-627  (107098-107210)   100% ->
628-702  (107472-107546)   100% ->
703-780  (107726-107803)   100% ->
781-866  (107919-108004)   100% ->
867-986  (108206-108325)   100% ->
987-1116  (109966-110095)   100% ->
1117-1212  (110995-111090)   100% ->
1213-1296  (111264-111347)   100% ->
1297-1354  (111479-111536)   100% ->
1355-1389  (111771-111805)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGCTGAGGGCTTTGTGCGGCTTCCGGGGCGTCGCGGCCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGCTGAGGGCTTTGTGCGGCTTCCGGGGCGTCGCGGCCCAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCGGCCTGGGGCTGGAGTCCGATTGCCGATTCAGCCCAGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100051 GCTGCGGCCTGGGGCTGGAGTCCGATTGCCGATTCAGCCCAGCAGGTG..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96     AGGTGTTCGGCAGTGGCAGCCAGATGTGGAATGGGCACAGCAGTTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 .CAGAGGTGTTCGGCAGTGGCAGCCAGATGTGGAATGGGCACAGCAGTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGGGAGCTGTTATGTACCCAAGCAAAGAAACAGCCCACTGGAAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101098 GGGGGAGCTGTTATGTACCCAAGCAAAGAAACAGCCCACTGGAAGCCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCTTGGAATG         ATGTGGACCCTCCAAAGGACACAATTGTGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101148 ACCTTGGAATGGTG...CAGATGTGGACCCTCCAAAGGACACAATTGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAACATTACCCTGAACTTTGGGCCCCAACACCCAGCAGCGCATGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104052 AGAACATTACCCTGAACTTTGGGCCCCAACACCCAGCAGCGCATGGTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGCGACTAGTGATGGAATTGAGTGGGGAGATGGTGCGGAAGTGTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104102 CTGCGACTAGTGATGGAATTGAGTGGGGAGATGGTGCGGAAGTGTGATCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCACATCGGGCTCCTGCACCGAGGCACTGAGAAGCTCATTGAATACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104152 TCACATCGGGCTCCTGCACCGAGGCACTGAGAAGCTCATTGAATACAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCTATCTTCAG         GCCCTTCCATACTTTGACCGGCTAGACTAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104202 CCTATCTTCAGGTG...CAGGCCCTTCCATACTTTGACCGGCTAGACTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGTCCATGATGTGTAACGAACAGGCCTATTCTCTAGCTGTGGAGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106838 GTGTCCATGATGTGTAACGAACAGGCCTATTCTCTAGCTGTGGAGAAGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTAAACATCCGGCCTCCTCCTCGGGCACAGTGGATCCGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106888 GCTAAACATCCGGCCTCCTCCTCGGGCACAGTGGATCCGAGGTA...CAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCTGTTTGGAGAAATCACACGTTTGTTGAACCACATCATGGCTGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107098 TGCTGTTTGGAGAAATCACACGTTTGTTGAACCACATCATGGCTGTGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACACATGCCCTGGACCTTGGGGCCATGACCCCTTTCTTCTGGCTGTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107148 ACACATGCCCTGGACCTTGGGGCCATGACCCCTTTCTTCTGGCTGTTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGAAAGGGAGAAG         ATGTTTGAGTTCTACGAGCGAGTGTCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107198 AGAAAGGGAGAAGGTA...AAGATGTTTGAGTTCTACGAGCGAGTGTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GAGCCCGAATGCATGCTGCTTATATCCGGCCAGGAGGAGTGCACCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107500 GAGCCCGAATGCATGCTGCTTATATCCGGCCAGGAGGAGTGCACCAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703       GACCTACCCCTTGGGCTTATGGATGACATTTATCAGTTTTCTAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107550 ...TAGGACCTACCCCTTGGGCTTATGGATGACATTTATCAGTTTTCTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAACTTCTCTCTTCGGCTTGATGAGTTGGAGGAG         TTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107770 GAACTTCTCTCTTCGGCTTGATGAGTTGGAGGAGGTA...TAGTTGCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCAACAATAGGATCTGGCGAAATCGGACAATTGACATTGGGGTTGTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107926 CCAACAATAGGATCTGGCGAAATCGGACAATTGACATTGGGGTTGTAACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCAGAAGAAGCACTTAACTATGGTTTTAG         TGGAGTGATGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107976 GCAGAAGAAGCACTTAACTATGGTTTTAGGTG...CAGTGGAGTGATGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCGGGGCTCAGGCATCCAGTGGGACCTGCGGAAGACCCAGCCCTATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108218 TCGGGGCTCAGGCATCCAGTGGGACCTGCGGAAGACCCAGCCCTATGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTTACGACCAGGTTGAGTTTGATGTTCCTGTTGGTTCTCGAGGGGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108268 TTTACGACCAGGTTGAGTTTGATGTTCCTGTTGGTTCTCGAGGGGACTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TATGATAG         GTACCTGTGCCGGGTGGAGGAGATGCGCCAGTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108318 TATGATAGGTA...GAGGTACCTGTGCCGGGTGGAGGAGATGCGCCAGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCTGAGAATTATCGCACAGTGTCTAAACAAGATGCCTCCTGGGGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109999 CCTGAGAATTATCGCACAGTGTCTAAACAAGATGCCTCCTGGGGAGATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGGTTGATGATGCCAAAGTGTCTCCACCTAAGCGAGCAGAGATGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 110049 AGGTTGATGATGCCAAAGTGTCTCCACCTAAGCGAGCAGAGATGAAGGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1117       ACTTCCATGGAGTCACTGATTCATCACTTTAAGTTGTATACTGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110099 ...CAGACTTCCATGGAGTCACTGATTCATCACTTTAAGTTGTATACTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGGCTACCAAGTTCCTCCAGGAGCCACATATACTGCCATTGAGGCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111039 GGGCTACCAAGTTCCTCCAGGAGCCACATATACTGCCATTGAGGCTCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AG         GGAGAGTTTGGGGTGTACCTGGTGTCTGATGGCAGCAGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111089 AGGTA...CAGGGAGAGTTTGGGGTGTACCTGGTGTCTGATGGCAGCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CGCCCTTATCGATGCAAGATCAAGGCTCCTGGTTTTGCCCATCTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 111303 CGCCCTTATCGATGCAAGATCAAGGCTCCTGGTTTTGCCCATCTGGTA..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297     GCTGGTTTGGACAAGATGTCTAAGGGACACATGTTGGCAGATGTCG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111353 .TAGGCTGGTTTGGACAAGATGTCTAAGGGACACATGTTGGCAGATGTCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TTGCCATCATAG         GTACCCAAGATATTGTATTTGGAGAAGTA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111525 TTGCCATCATAGGTA...TAGGTACCCAAGATATTGTATTTGGAGAAGTA

   1500     .
   1384 GATCGG
        ||||||
 111800 GATCGG