seq1 = pF1KE4441.tfa, 1374 bp
seq2 = pF1KE4441/gi568815590f_42597547.tfa (gi568815590f:42597547_42836615), 239069 bp

>pF1KE4441 1374
>gi568815590f:42597547_42836615 (Chr8)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-204  (111171-111322)   100% ->
205-249  (112844-112888)   100% ->
250-359  (133048-133157)   100% ->
360-1242  (134121-135003)   99% ->
1243-1374  (138938-139069)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCCCAGATTTTATGCTGGTTCTCATCGTCCTTGGCATCCCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCCCAGATTTTATGCTGGTTCTCATCGTCCTTGGCATCCCTTCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AG         CCACCACAGGTTTCAACTCAATCGCCGAAAATGAAGATG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTA...CAGCCACCACAGGTTTCAACTCAATCGCCGAAAATGAAGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTCCTCAGACATTTGTTCCAAGGTTATCAGAAATGGGTCCGCCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111210 CCCTCCTCAGACATTTGTTCCAAGGTTATCAGAAATGGGTCCGCCCTGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTACATTCTAATGACACCATAAAAGTATATTTTGGATTGAAAATATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111260 TTACATTCTAATGACACCATAAAAGTATATTTTGGATTGAAAATATCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTTGTAGATGTG         GATGAAAAGAATCAGCTGATGACAACCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111310 GCTTGTAGATGTGGTG...TAGGATGAAAAGAATCAGCTGATGACAACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGTGTGGCTCAAACAG         GAATGGACAGACCACAAGTTACGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 112872 ATGTGTGGCTCAAACAGGTA...CAGGAATGGACAGACCACAAGTTACGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TGGAATCCTGATGATTATGGTGGGATCCATTCCATTAAAGTTCCATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133072 TGGAATCCTGATGATTATGGTGGGATCCATTCCATTAAAGTTCCATCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATCTCTGTGGCTTCCTGACATAGTTCTCTTTGAAAA         TGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 133122 ATCTCTGTGGCTTCCTGACATAGTTCTCTTTGAAAAGTA...CAGTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACGGCCGCTTCGAAGGCTCCCTGATGACCAAGGTCATCGTGAAATCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134126 ACGGCCGCTTCGAAGGCTCCCTGATGACCAAGGTCATCGTGAAATCAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGAACTGTTGTCTGGACCCCTCCCGCCAGCTACAAAAGCTCCTGCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134176 GGAACTGTTGTCTGGACCCCTCCCGCCAGCTACAAAAGCTCCTGCACCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGACGTCACGTTTTTCCCGTTCGACCGACAGAACTGCTCCATGAAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134226 GGACGTCACGTTTTTCCCGTTCGACCGACAGAACTGCTCCATGAAGTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GATCCTGGACTTATGATGGCACCATGGTTGACCTCATTTTGATCAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134276 GATCCTGGACTTATGATGGCACCATGGTTGACCTCATTTTGATCAATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATGTCGACAGAAAAGACTTCTTCGATAACGGAGAATGGGAAATACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134326 AATGTCGACAGAAAAGACTTCTTCGATAACGGAGAATGGGAAATACTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGCAAAGGGGATGAAGGGGAACAGAAGGGACGGCGTGTACTCCTATCCCT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134376 CGCAAAGGGGATGAAGGGGAACAGAAGGGACGGCGTGTACTCCTATCCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTATCACGTATTCCTTCGTCCTGAGACGCCTGCCTTTATTCTATACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134426 TTATCACGTATTCCTTCGTCCTGAGACGCCTGCCTTTATTCTATACCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTCTCATCATCCCCTGCCTGGGGCTGTCTTTCCTAACAGTTCTTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134476 TTTCTCATCATCCCCTGCCTGGGGCTGTCTTTCCTAACAGTTCTTGTGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTATTTACCTTCGGATGAAGGAGAAAAACTTTCATTATCCACATCGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134526 CTATTTACCTTCGGATGAAGGAGAAAAACTTTCATTATCCACATCGGTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGGTTTCTCTGACAGTTTTCCTTTTAGTGATTGAAGAAATCATCCCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134576 TGGTTTCTCTGACAGTTTTCCTTTTAGTGATTGAAGAAATCATCCCATCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TCTTCCAAAGTCATTCCTCTCATTGGAGAGTACCTGCTGTTCATCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134626 TCTTCCAAAGTCATTCCTCTCATTGGAGAGTACCTGCTGTTCATCATGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTTTGTGACCCTGTCCATCATTGTTACCGTGTTTGTCATTAACGTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134676 TTTTGTGACCCTGTCCATCATTGTTACCGTGTTTGTCATTAACGTTCACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ACAGATCTTCTTCCACGTACCACCCCATGGCCCCCTGGGTTAAGAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134726 ACAGATCTTCTTCCACGTACCACCCCATGGCCCCCTGGGTTAAGAGGCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TTTCTGCAGAAACTTCCAAAATTACTTTGCATGAAAGATCATGTGGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134776 TTTCTGCAGAAACTTCCAAAATTACTTTGCATGAAAGATCATGTGGATCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CTACTCATCCCCAGAGAAAGAGGAGAGTCAACCAGTAGTGAAAGGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134826 CTACTCATCCCCAGAGAAAGAGGAGAGTCAACCAGTAGTGAAAGGCAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TCCTCGAAAAAAAGAAACAGAAACAGCTTAGTGATGGAGAAAAAGTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134876 TCCTCGAAAAAAAGAAACAGAAACAGCTTAGTGATGGAGAAAAAGTTCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GTTGCTTTTTTGGAAAAAGCTGCTGATTCCATTAGATACATTTCCAGACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 134926 GTTGCTTTTTTGGAAAAAGCTGCTGATTCCATTAGATACATTTCGAGACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TGTGAAGAAAGAACATTTTATCAGCCAG         GTAGTACAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 134976 TGTGAAGAAAGAACATTTTATCAGCCAGGTG...CAGGTAGTACAAGACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GGAAATTTGTAGCTCAAGTTCTTGACCGAATCTTCCTGTGGCTCTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138951 GGAAATTTGTAGCTCAAGTTCTTGACCGAATCTTCCTGTGGCTCTTTCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 ATAGTGTCAGTAACAGGCTCGGTTCTGATTTTTACCCCTGCTTTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139001 ATAGTGTCAGTAACAGGCTCGGTTCTGATTTTTACCCCTGCTTTGAAGAT

   1400     .    :    .
   1356 GTGGCTACATAGTTACCAT
        |||||||||||||||||||
 139051 GTGGCTACATAGTTACCAT