seq1 = pF1KE4440.tfa, 1371 bp
seq2 = pF1KE4440/gi568815584f_92823360.tfa (gi568815584f:92823360_93034881), 211522 bp

>pF1KE4440 1371
>gi568815584f:92823360_93034881 (Chr14)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-93  (100840-100886)   100% ->
94-187  (103246-103339)   100% ->
188-256  (104191-104259)   100% ->
257-355  (106358-106456)   100% ->
356-808  (107891-108343)   100% ->
809-1290  (109011-109492)   100% ->
1291-1371  (111442-111522)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCTCCGCCGCTGTCCTGGCTCTTCTGCTCTGCGCCGGGCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGCGCTCCGCCGCTGTCCTGGCTCTTCTGCTCTGCGCCGGGCAAGGTG.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      TCACTGCGCTCCCTGTGAACAGCCCTATGAATAAAGGGGATACCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGTCACTGCGCTCCCTGTGAACAGCCCTATGAATAAAGGGGATACCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AG         GTGATGAAATGCATCGTTGAGGTCATCTCCGACACACTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100885 AGGTA...CAGGTGATGAAATGCATCGTTGAGGTCATCTCCGACACACTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCCAAGCCCAGCCCCATGCCTGTCAGCCAGGAATGTTTTGAGACACTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103285 TCCAAGCCCAGCCCCATGCCTGTCAGCCAGGAATGTTTTGAGACACTCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGGAG         ATGAACGGATCCTTTCCATTCTGAGACATCAGAATT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103335 AGGAGGTA...CAGATGAACGGATCCTTTCCATTCTGAGACATCAGAATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TACTGAAGGAGCTCCAAGACCTCGCTCTCCAAG         GCGCCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104227 TACTGAAGGAGCTCCAAGACCTCGCTCTCCAAGGTA...CAGGCGCCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GAGAGGGCACATCAGCAGAAGAAACACAGCGGTTTTGAAGATGAACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106366 GAGAGGGCACATCAGCAGAAGAAACACAGCGGTTTTGAAGATGAACTCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGAGGTTCTTGAGAACCAGAGCAGCCAGGCCGAGCTGAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106416 AGAGGTTCTTGAGAACCAGAGCAGCCAGGCCGAGCTGAAAGGTC...CAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 AGGCGGTGGAAGAGCCATCATCCAAGGATGTTATGGAGAAAAGAGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107891 AGGCGGTGGAAGAGCCATCATCCAAGGATGTTATGGAGAAAAGAGAGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TCCAAGGAGGCAGAGAAAAGTGGTGAAGCCACAGACGGAGCCAGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107941 TCCAAGGAGGCAGAGAAAAGTGGTGAAGCCACAGACGGAGCCAGGCCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGCCCTCCCGGAGCCCATGCAGGAGTCCAAGGCTGAGGGGAACAATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107991 GGCCCTCCCGGAGCCCATGCAGGAGTCCAAGGCTGAGGGGAACAATCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCCCTGGGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGCCACCAACACCCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108041 CCCCTGGGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGCCACCAACACCCACCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCAGCCAGCCTCCCCAGCCAGAAATACCCAGGCCCACAGGCCGAGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108091 CCAGCCAGCCTCCCCAGCCAGAAATACCCAGGCCCACAGGCCGAGGGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAGTGAGGGCCTCTCTCAGGGTCTGGTGGACAGAGAGAAGGGCCTGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108141 CAGTGAGGGCCTCTCTCAGGGTCTGGTGGACAGAGAGAAGGGCCTGAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGAGCCAGGGTGGCAGGCAAAGAGAGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108191 CAGAGCCAGGGTGGCAGGCAAAGAGAGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGGCTGAGGCTGGAGAGGAGGCTGTCCCCGAGGAAGAAGGCCCCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108241 GAGGCTGAGGCTGGAGAGGAGGCTGTCCCCGAGGAAGAAGGCCCCACTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGTGCTGAACCCCCACCCGAGCCTTGGCTACAAGGAGATCCGGAAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108291 AGTGCTGAACCCCCACCCGAGCCTTGGCTACAAGGAGATCCGGAAAGGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGA         GTCGGTCGGAGGCTCTGGCTGTGGATGGAGCTGGGAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108341 AGAGTA...CAGGTCGGTCGGAGGCTCTGGCTGTGGATGGAGCTGGGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCTGGGGCTGAGGAGGCTCAGGACCCCGAAGGGAAGGGAGAACAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109049 CCTGGGGCTGAGGAGGCTCAGGACCCCGAAGGGAAGGGAGAACAGGAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTCCCAGCAGAAAGAGGAGGAGGAGGAGATGGCAGTGGTCCCGCAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109099 CTCCCAGCAGAAAGAGGAGGAGGAGGAGATGGCAGTGGTCCCGCAAGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCTTCCGGGGTGGGAAGAGCGGAGAGCTGGAGCAGGAGGAGGAGCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109149 TCTTCCGGGGTGGGAAGAGCGGAGAGCTGGAGCAGGAGGAGGAGCGGCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCCAAGGAGTGGGAGGACTCCAAACGCTGGAGCAAGATGGACCAGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109199 TCCAAGGAGTGGGAGGACTCCAAACGCTGGAGCAAGATGGACCAGCTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAAGGAGCTGACGGCTGAGAAGCGGCTGGAGGGGCAGGAGGAGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109249 CAAGGAGCTGACGGCTGAGAAGCGGCTGGAGGGGCAGGAGGAGGAGGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACAACCGGGACAGTTCCATGAAGCTCTCCTTCCGGGCCCGGGCCTACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109299 ACAACCGGGACAGTTCCATGAAGCTCTCCTTCCGGGCCCGGGCCTACGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TTCAGGGGCCCTGGGCCGCAGCTGCGACGAGGCTGGAGGCCATCCTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109349 TTCAGGGGCCCTGGGCCGCAGCTGCGACGAGGCTGGAGGCCATCCTCCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGAGGACAGCCTTGAGGCGGGCCTGCCCCTCCAGGTCCGAGGCTACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109399 GGAGGACAGCCTTGAGGCGGGCCTGCCCCTCCAGGTCCGAGGCTACCCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGGAGAAGAAAGAGGAGGAGGGCAGCGCAAACCGCAGACCAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109449 AGGAGAAGAAAGAGGAGGAGGGCAGCGCAAACCGCAGACCAGAGGTT...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1291    GACCAGGAGCTGGAGAGCCTGTCGGCCATTGAGGCAGAGCTGGAGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 111439 TAGGACCAGGAGCTGGAGAGCCTGTCGGCCATTGAAGCAGAGCTGGAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :
   1338 AGTGGCCCACCAGCTGCAGGCACTACGGCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111489 AGTGGCCCACCAGCTGCAGGCACTACGGCGGGGC