seq1 = pF1KE4431.tfa, 1350 bp
seq2 = pF1KE4431/gi568815581r_42710763.tfa (gi568815581r:42710763_42923877), 213115 bp

>pF1KE4431 1350
>gi568815581r:42710763_42923877 (Chr17)

(complement)

1-130  (100001-100130)   100% ->
131-198  (103037-103104)   100% ->
199-260  (104269-104330)   100% ->
261-351  (105001-105091)   100% ->
352-488  (105198-105334)   100% ->
489-683  (105463-105657)   100% ->
684-830  (107824-107970)   100% ->
831-980  (109205-109354)   100% ->
981-1041  (109870-109930)   100% ->
1042-1184  (112081-112223)   100% ->
1185-1350  (112950-113115)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGGGTCTAAGACGTCCAACAACAGCACCATGCAGGTGAGCTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGGGTCTAAGACGTCCAACAACAGCACCATGCAGGTGAGCTTCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGCCAGCGCTGCAGCCAGCCCCTGAAACTGGACACGAGTTTCAAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGCCAGCGCTGCAGCCAGCCCCTGAAACTGGACACGAGTTTCAAGATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGACCGTGTCACCATCCAGGAACTCACAG         CTCCATTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100101 TGGACCGTGTCACCATCCAGGAACTCACAGGTC...TAGCTCCATTACTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCACAGCCCAGGCGAAACCAGGAGAGACCCAGGAGGAAGAGACTAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103048 ACCACAGCCCAGGCGAAACCAGGAGAGACCCAGGAGGAAGAGACTAACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGAGAG         GAGCCATTTATTGAAACTCCTCGCCAGGATGGTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103098 AGGAGAGGTA...CAGGAGCCATTTATTGAAACTCCTCGCCAGGATGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTCTCGCAGATTCATCCCCCCAGCCAG         GATGATGTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104303 TCTCTCGCAGATTCATCCCCCCAGCCAGGTG...CAGGATGATGTCCACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAAGTGCCAACAGCTTCACTCTGATTGGGGAGGCATCTGATGGCGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105014 GAAAGTGCCAACAGCTTCACTCTGATTGGGGAGGCATCTGATGGCGGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATGGAGAACCTCAGCCGAAGACTGAAG         GTCACTGGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105064 CATGGAGAACCTCAGCCGAAGACTGAAGGCA...CAGGTCACTGGGGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTTTTGACATCATGTCGGGCCAGACAGATGTGGATCACCCACTCTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105211 TTTTTGACATCATGTCGGGCCAGACAGATGTGGATCACCCACTCTGTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAATGCACAGATACTCTTTTAGACCAGCTGGACACTCAGCTCAACGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105261 GAATGCACAGATACTCTTTTAGACCAGCTGGACACTCAGCTCAACGTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGAAAATGAGTGTCAGAACTACAA         ACGCTGTTTGGAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105311 TGAAAATGAGTGTCAGAACTACAAGTG...CAGACGCTGTTTGGAGATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TAGAGCAAATGAATGAGGATGACAGTGAACAGTTACAGATGGAGCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105480 TAGAGCAAATGAATGAGGATGACAGTGAACAGTTACAGATGGAGCTAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGCTGGCACTAGAGGAGGAGAGGCTGATCCAGGAGCTGGAAGACGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105530 GAGCTGGCACTAGAGGAGGAGAGGCTGATCCAGGAGCTGGAAGACGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAAGAACCGCAAGATAGTGGCAGAAAATCTCGAGAAGGTCCAGGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105580 AAAGAACCGCAAGATAGTGGCAGAAAATCTCGAGAAGGTCCAGGCTGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGAGAGACTGGATCAGGAGGAAGCTCA         GTATCAGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105630 CTGAGAGACTGGATCAGGAGGAAGCTCAGTG...CAGGTATCAGAGAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TACAGTGAATTTAAACGACAGCAGCTGGAGCTGGATGATGAGCTGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107837 TACAGTGAATTTAAACGACAGCAGCTGGAGCTGGATGATGAGCTGAAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGTTGAAAACCAGATGCGTTATGCCCAGACGCAGCTGGATAAGCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107887 TGTTGAAAACCAGATGCGTTATGCCCAGACGCAGCTGGATAAGCTGAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAACCAACGTCTTTAATGCAACCTTCCACATCTG         GCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107937 AAACCAACGTCTTTAATGCAACCTTCCACATCTGGTA...TAGGCACAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGACAGTTTGGCACAATCAATAACTTCAGGCTGGGTCGCCTGCCCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109212 GGACAGTTTGGCACAATCAATAACTTCAGGCTGGGTCGCCTGCCCAGTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCCCGTGGAATGGAATGAGATTAATGCTGCTTGGGGCCAGACTGTGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109262 TCCCGTGGAATGGAATGAGATTAATGCTGCTTGGGGCCAGACTGTGTTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGCTCCATGCTCTGGCCAATAAGATGGGTCTGAAATTTCAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 109312 TGCTCCATGCTCTGGCCAATAAGATGGGTCTGAAATTTCAGAGGTA...T

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    981   ATACCGACTTGTTCCTTACGGAAACCATTCATATCTGGAGTCTCTGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109868 AGATACCGACTTGTTCCTTACGGAAACCATTCATATCTGGAGTCTCTGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGACAAATCTAAG         GAGCTGCCGTTATACTGTTCTGGGGGGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109918 AGACAAATCTAAGGTA...CAGGAGCTGCCGTTATACTGTTCTGGGGGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGCGGTTTTTCTGGGACAACAAGTTTGACCATGCAATGGTGGCTTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112109 TGCGGTTTTTCTGGGACAACAAGTTTGACCATGCAATGGTGGCTTTCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GACTGTGTGCAGCAGTTCAAAGAAGAGGTTGAGAAAGGCGAGACACGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112159 GACTGTGTGCAGCAGTTCAAAGAAGAGGTTGAGAAAGGCGAGACACGTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TTGTCTTCCCTACAG         GATGGATGTGGAGAAAGGCAAGATTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112209 TTGTCTTCCCTACAGGTC...CAGGATGGATGTGGAGAAAGGCAAGATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAGACACAGGAGGCAGTGGCGGCTCCTATTCCATCAAAACCCAGTTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112976 AAGACACAGGAGGCAGTGGCGGCTCCTATTCCATCAAAACCCAGTTTAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCTGAGGAGCAGTGGACAAAAGCTCTCAAGTTCATGCTGACGAATCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113026 TCTGAGGAGCAGTGGACAAAAGCTCTCAAGTTCATGCTGACGAATCTTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GTGGGGTCTTGCTTGGGTGTCCTCACAATTTTATAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113076 GTGGGGTCTTGCTTGGGTGTCCTCACAATTTTATAACAAA