seq1 = pF1KE4430.tfa, 1344 bp
seq2 = pF1KE4430/gi568815579f_54563751.tfa (gi568815579f:54563751_54768016), 204266 bp

>pF1KE4430 1344
>gi568815579f:54563751_54768016 (Chr19)

1-34  (99284-99317)   100% ->
35-70  (99782-99817)   97% ->
71-355  (100004-100288)   100% ->
356-655  (100436-100735)   99% ->
656-706  (101049-101099)   100% ->
707-757  (101380-101430)   100% ->
758-874  (102065-102181)   100% ->
875-950  (102490-102565)   100% ->
951-988  (102649-102686)   100% ->
989-1041  (102947-102999)   100% ->
1042-1200  (103885-104043)   100% ->
1201-1344  (104123-104266)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCCCCACCTTCACGGCTCTGCTCTGCCTCG         GGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  99284 ATGATCCCCACCTTCACGGCTCTGCTCTGCCTCGGTG...CAGGGCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCTGGGCCCCAGGACCGACATGCAGGCAG         GGCCCCTCCCCA
        |||||||||||||||| ||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
  99789 TCTGGGCCCCAGGACCCACATGCAGGCAGGTG...CAGGGCCCCTCCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AACCCACCCTCTGGGCTGAGCCAGGCTCTGTGATCAGCTGGGGGAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 AACCCACCCTCTGGGCTGAGCCAGGCTCTGTGATCAGCTGGGGGAACTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTGACCATCTGGTGTCAGGGGACCCTGGAGGCTCGGGAGTACCGTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100066 GTGACCATCTGGTGTCAGGGGACCCTGGAGGCTCGGGAGTACCGTCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAAAGAGGAAAGCCCAGCACCCTGGGACAGACAGAACCCACTGGAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100116 TAAAGAGGAAAGCCCAGCACCCTGGGACAGACAGAACCCACTGGAGCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAACAAGGCCAGATTCTCCATCCCATCCATGACAGAGGACTATGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100166 AGAACAAGGCCAGATTCTCCATCCCATCCATGACAGAGGACTATGCAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGATACCGCTGTTACTATCGCAGCCCTGTAGGCTGGTCACAGCCCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100216 AGATACCGCTGTTACTATCGCAGCCCTGTAGGCTGGTCACAGCCCAGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCCCTGGAGCTGGTGATGACAG         GAGCCTACAGTAAACCCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100266 CCCCCTGGAGCTGGTGATGACAGGTG...TAGGAGCCTACAGTAAACCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCTTTCAGCCCTGCCGAGTCCTCTTGTGACCTCAGGAAAGAGCGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100454 CCCTTTCAGCCCTGCCGAGTCCTCTTGTGACCTCAGGAAAGAGCGTGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGCTGTGTCAGTCACGGAGCCCAATGGACACTTTCCTTCTGATCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100504 CTGCTGTGTCAGTCACGGAGCCCAATGGACACTTTTCTTCTGATCAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCGGGCAGCCCATCCCCTACTGCATCTGAGATCAGAGCACGGAGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100554 GCGGGCAGCCCATCCCCTACTGCATCTGAGATCAGAGCACGGAGCTCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCACCAGGCTGAATTCCCCATGAGTCCTGTGACCTCAGTGCACGGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100604 AGCACCAGGCTGAATTCCCCATGAGTCCTGTGACCTCAGTGCACGGGGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACCTACAGGTGCTTCAGCTCACACGGCTTCTCCCACTACCTGCTGTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100654 ACCTACAGGTGCTTCAGCTCACACGGCTTCTCCCACTACCTGCTGTCACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCCCAGTGACCCCCTGGAGCTCATAGTCTCAG         GATCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100704 CCCCAGTGACCCCCTGGAGCTCATAGTCTCAGGTG...CAGGATCCTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGGGTCCCAGGCCCTCACCCACAAGGTCCGTCTCAACAGCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101058 AGGGTCCCAGGCCCTCACCCACAAGGTCCGTCTCAACAGCTGGTG...CA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    707  CAGGCCCTGAGGACCAGCCCCTCATGCCTACAGGGTCAGTCCCCCACAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101379 GCAGGCCCTGAGGACCAGCCCCTCATGCCTACAGGGTCAGTCCCCCACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TG         GTCTGAGAAGGCACTGGGAGGTACTGATCGGGGTCTTGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101429 TGGTG...AAGGTCTGAGAAGGCACTGGGAGGTACTGATCGGGGTCTTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGTCTCCATCCTGCTTCTCTCCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102104 TGGTCTCCATCCTGCTTCTCTCCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCAACAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TGGCGTCAGGGAAAACACAGGACATTGG         CCCAGAGACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102154 TGGCGTCAGGGAAAACACAGGACATTGGGTA...CAGCCCAGAGACAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGATTTCCAACGTCCTCCAGGGGCTGCCGAGCCAGAGCCCAAGGACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102503 TGATTTCCAACGTCCTCCAGGGGCTGCCGAGCCAGAGCCCAAGGACGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCCTACAGAGGAG         GTCCAGCCCAGCTGCTGACGTCCAGGGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102553 GCCTACAGAGGAGGTA...CAGGTCCAGCCCAGCTGCTGACGTCCAGGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAAAACTTCT         GTGCTGCCGTGAAGAACACACAGCCTGAGGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102677 GAAAACTTCTGTG...CAGGTGCTGCCGTGAAGAACACACAGCCTGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CGGGGTGGAAATGGACACTCGG         CAGAGCCCACACGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102978 CGGGGTGGAAATGGACACTCGGGTG...CAGCAGAGCCCACACGATGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ACCCCCAGGCAGTGACGTATGCCAAGGTGAAACACTCCAGACCTAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103904 ACCCCCAGGCAGTGACGTATGCCAAGGTGAAACACTCCAGACCTAGGAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAAATGGCCTCTCCTCCCTCCCCACTGTCTGGGGAATTCCTGGACACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103954 GAAATGGCCTCTCCTCCCTCCCCACTGTCTGGGGAATTCCTGGACACAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGACAGACAGGCAGAAGAGGACAGACAGATGGACACTGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104004 GGACAGACAGGCAGAAGAGGACAGACAGATGGACACTGAGGTG...CAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CTGCTGCATCTGAAGCCCCCCAGGATGTGACCTACGCCCGGCTGCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104124 CTGCTGCATCTGAAGCCCCCCAGGATGTGACCTACGCCCGGCTGCACAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TTTACCCTCAGACAGAAGGCAACTGAGCCTCCTCCATCCCAGGAAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104174 TTTACCCTCAGACAGAAGGCAACTGAGCCTCCTCCATCCCAGGAAGGGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CTCTCCAGCTGAGCCCAGTGTCTATGCCACTCTGGCCATCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104224 CTCTCCAGCTGAGCCCAGTGTCTATGCCACTCTGGCCATCCAC