seq1 = pF1KE4429.tfa, 1335 bp
seq2 = pF1KE4429/gi568815581f_39553532.tfa (gi568815581f:39553532_39762905), 209374 bp

>pF1KE4429 1335
>gi568815581f:39553532_39762905 (Chr17)

1-219  (100001-100219)   100% ->
220-297  (103477-103554)   100% ->
298-375  (104244-104321)   98% ->
376-429  (104442-104495)   100% ->
430-547  (104874-104991)   100% ->
548-646  (105191-105289)   100% ->
647-702  (105520-105575)   100% ->
703-795  (105930-106022)   100% ->
796-858  (106680-106742)   100% ->
859-954  (106900-106995)   100% ->
955-1034  (107279-107358)   100% ->
1035-1139  (107450-107554)   100% ->
1140-1233  (108720-108813)   100% ->
1234-1335  (109273-109374)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAAGCTGCCCAGGGAGCTGACCCGAGACTTGGAGCGCAGCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCAAGCTGCCCAGGGAGCTGACCCGAGACTTGGAGCGCAGCCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCGTGGCCTCCCTGGGCTCCTCACTGTCCCACAGCCAGAGCCTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCGTGGCCTCCCTGGGCTCCTCACTGTCCCACAGCCAGAGCCTCTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCACCTCCTTCCGCCGCCTGAGAAGCGAAGGGCCATCTCTGATGTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCACCTCCTTCCGCCGCCTGAGAAGCGAAGGGCCATCTCTGATGTCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCACCTTCTGTCTCTTCGTCACCTTCGACCTGCTCTTCATCTCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCACCTTCTGTCTCTTCGTCACCTTCGACCTGCTCTTCATCTCCCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGGATCATCGAACTGAAT         ACCAACACAGGCATCCGTAAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100201 CTGGATCATCGAACTGAATGTG...CAGACCAACACAGGCATCCGTAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTTGGAGCAGGAGATCATCCAGTACAACTTTAAAACTTCCTTCTTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103499 ACTTGGAGCAGGAGATCATCCAGTACAACTTTAAAACTTCCTTCTTCGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCTTT         GTCCTGGCCTTCTTCCGCTTCTCTGGACTGCTCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103549 ATCTTTGTG...CAGGTCCTGGCCTTCTTCCGCTTCTCTGGACTGCTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGCTATGCCGTGCTGCAGCTCCGGCACTGGTGGGTGATTGCG       
        ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104279 AGGCTATGCCGTGCTGCGGCTCCGGCACTGGTGGGTGATTGCGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    376   GTCACGACGCTGGTGTCCAGTGCATTCCTCATTGTCAAGGTCATCCTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104440 AGGTCACGACGCTGGTGTCCAGTGCATTCCTCATTGTCAAGGTCATCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCTGAG         CTGCTCAGCAAAGGGGCATTTGGCTACCTGCTCCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104490 TCTGAGGTC...CAGCTGCTCAGCAAAGGGGCATTTGGCTACCTGCTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATCGTCTCTTTTGTCCTCGCCTGGTTGGAGACCTGGTTCCTTGACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104909 CATCGTCTCTTTTGTCCTCGCCTGGTTGGAGACCTGGTTCCTTGACTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGTCCTACCCCAGGAAGCTGAAGAGGAGCGAT         GGTATCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104959 AAGTCCTACCCCAGGAAGCTGAAGAGGAGCGATGTG...CAGGGTATCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCCGCCCAGGTTGCTGTTGCCCGTGGACCCCTGCTGTTCTCCGGTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105199 GCCGCCCAGGTTGCTGTTGCCCGTGGACCCCTGCTGTTCTCCGGTGCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTCCGAGGGACAGTTCTATTCACCCCCAGAATCCTTTGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105249 GTCCGAGGGACAGTTCTATTCACCCCCAGAATCCTTTGCAGGTG...CAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGTCTGACAATGAATCAGATGAAGAAGTTGCTGGGAAGAAAAGTTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105520 GGTCTGACAATGAATCAGATGAAGAAGTTGCTGGGAAGAAAAGTTTCTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCTCAG         GAGCGGGAGTACATCCGCCAGGGGAAGGAGGCCAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105570 GCTCAGGTA...CAGGAGCGGGAGTACATCCGCCAGGGGAAGGAGGCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGCAGTGGTGGACCAGATCTTGGCCCAGGAAGAGAACTGGAAGTTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105965 GGCAGTGGTGGACCAGATCTTGGCCCAGGAAGAGAACTGGAAGTTTGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGAATAAT         GAATATGGGGACACCGTGTACACCATTGAAGTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106015 AGAATAATGTA...TAGGAATATGGGGACACCGTGTACACCATTGAAGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCCTTTCACGGCAAGACGTTTATCCTGAAG         ACCTTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106713 CCCTTTCACGGCAAGACGTTTATCCTGAAGGTG...CAGACCTTCCTGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CTGTCCTGCGGAGCTCGTGTACCAGGAGGTGATCCTGCAGCCCGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106911 CTGTCCTGCGGAGCTCGTGTACCAGGAGGTGATCCTGCAGCCCGAGAGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGGTGCTGTGGAACAAGACAGTGACTGCCTGCCAG         ATCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 106961 TGGTGCTGTGGAACAAGACAGTGACTGCCTGCCAGGTG...CAGATCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CAGCGAGTGGAAGACAACACCCTCATCTCCTATGACGTGTCTGCAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107285 CAGCGAGTGGAAGACAACACCCTCATCTCCTATGACGTGTCTGCAGGGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TGCGGGCGGCGTGGTCTCCCCAAG         GGACTTCGTGAATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107335 TGCGGGCGGCGTGGTCTCCCCAAGGTG...CAGGGACTTCGTGAATGTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 GGCGCATTGAGCGGCGCAGGGACCGATACTTGTCATCAGGGATCGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107467 GGCGCATTGAGCGGCGCAGGGACCGATACTTGTCATCAGGGATCGCCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TCACACAGTGCCAAGCCCCCGACGCACAAATATGTCCG         GGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107517 TCACACAGTGCCAAGCCCCCGACGCACAAATATGTCCGGTG...TAGGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 AGAGAATGGCCCTGGGGGCTTCATCGTGCTCAAGTCGGCCAGTAACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108723 AGAGAATGGCCCTGGGGGCTTCATCGTGCTCAAGTCGGCCAGTAACCCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GTGTTTGCACCTTTGTCTGGATTCTTAATACAGATCTCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108773 GTGTTTGCACCTTTGTCTGGATTCTTAATACAGATCTCAAGGTG...CAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GGCCGCCTGCCCCGGTACCTCATCCACCAGAGCCTCGCGGCCACCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109273 GGCCGCCTGCCCCGGTACCTCATCCACCAGAGCCTCGCGGCCACCATGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TGAATTTGCCTTTCACCTGCGACAGCGCATCAGCGAGCTGGGGGCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109323 TGAATTTGCCTTTCACCTGCGACAGCGCATCAGCGAGCTGGGGGCCCGGG

   1450 
   1334 CG
        ||
 109373 CG