seq1 = pF1KE4425.tfa, 1320 bp
seq2 = pF1KE4425/gi568815596r_10684261.tfa (gi568815596r:10684261_10902641), 218381 bp

>pF1KE4425 1320
>gi568815596r:10684261_10902641 (Chr2)

(complement)

1-19  (89946-89964)   100% ->
20-161  (100002-100143)   100% ->
162-219  (104885-104942)   100% ->
220-346  (105435-105561)   100% ->
347-453  (109440-109546)   100% ->
454-584  (110717-110847)   100% ->
585-699  (111809-111923)   100% ->
700-840  (112753-112893)   100% ->
841-925  (113661-113745)   100% ->
926-998  (113873-113945)   100% ->
999-1157  (115203-115361)   100% ->
1158-1254  (117612-117708)   100% ->
1255-1320  (118316-118381)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTCCTGGTGCTCG         GTCTGGTGAGCTGTACCTTCTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  89946 ATGGCTCTCCTGGTGCTCGGTA...CAGGTCTGGTGAGCTGTACCTTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCTGGCAGTGAATGGTCTGTATTCCTCTAGTGATGATGTGATCGAATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100024 TCTGGCAGTGAATGGTCTGTATTCCTCTAGTGATGATGTGATCGAATTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCCATCGAATTTCAACCGAGAAGTTATTCAGAGTGATAGTTTGTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100074 CTCCATCGAATTTCAACCGAGAAGTTATTCAGAGTGATAGTTTGTGGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTAGAATTCTATGCTCCATG         GTGTGGTCACTGTCAAAGATT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100124 GTAGAATTCTATGCTCCATGGTA...AAGGTGTGGTCACTGTCAAAGATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AACACCAGAATGGAAGAAAGCAGCAACTGCATTAAAA         GATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104906 AACACCAGAATGGAAGAAAGCAGCAACTGCATTAAAAGTA...CAGGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTGTCAAAGTTGGTGCAGTTGATGCAGATAAGCATCATTCCCTAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105439 TTGTCAAAGTTGGTGCAGTTGATGCAGATAAGCATCATTCCCTAGGAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAGTATGGTGTTCAGGGATTTCCTACCATTAAGATTTTTGGATCCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105489 CAGTATGGTGTTCAGGGATTTCCTACCATTAAGATTTTTGGATCCAACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAACAGACCAGAAGATTACCAAG         GTGGCAGAACTGGTGAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 105539 AAACAGACCAGAAGATTACCAAGGTA...TAGGTGGCAGAACTGGTGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCATTGTAGATGCTGCGCTGAGTGCTCTGCGCCAGCTCGTGAAGGATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109458 CCATTGTAGATGCTGCGCTGAGTGCTCTGCGCCAGCTCGTGAAGGATCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTCGGGGGACGGAGCGGAGGATACAGTTCTGGAAAACAA         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 109508 CTCGGGGGACGGAGCGGAGGATACAGTTCTGGAAAACAAGTA...CAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAGAAGTGATAGTTCAAGTAAGAAGGATGTGATTGAGCTGACAGACGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110719 CAGAAGTGATAGTTCAAGTAAGAAGGATGTGATTGAGCTGACAGACGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCTTTGATAAGAATGTTCTGGACAGTGAAGATGTTTGGATGGTTGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110769 GCTTTGATAAGAATGTTCTGGACAGTGAAGATGTTTGGATGGTTGAGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TATGCTCCTTGGTGTGGACACTGCAAAAA         CCTAGAGCCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 110819 TATGCTCCTTGGTGTGGACACTGCAAAAAGTA...TAGCCTAGAGCCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GTGGGCTGCCGCAGCTTCAGAAGTAAAAGAGCAGACGAAAGGAAAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111821 GTGGGCTGCCGCAGCTTCAGAAGTAAAAGAGCAGACGAAAGGAAAAGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AACTGGCAGCTGTGGATGCTACAGTCAATCAGGTTCTGGCCTCCCGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111871 AACTGGCAGCTGTGGATGCTACAGTCAATCAGGTTCTGGCCTCCCGATAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGG         ATTAGAGGATTTCCTACAATCAAGATATTTCAGAAAGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111921 GGGGTG...TAGATTAGAGGATTTCCTACAATCAAGATATTTCAGAAAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGAGTCTCCTGTGGATTATGACGGTGGGCGGACAAGATCCGACATCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112791 CGAGTCTCCTGTGGATTATGACGGTGGGCGGACAAGATCCGACATCGTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCCGGGCCCTTGATTTGTTTTCTGATAACGCCCCACCTCCTGAGCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112841 CCCGGGCCCTTGATTTGTTTTCTGATAACGCCCCACCTCCTGAGCTGCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAG         ATTATCAACGAGGACATTGCCAAGAGGACGTGTGAGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112891 GAGGTA...CAGATTATCAACGAGGACATTGCCAAGAGGACGTGTGAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCACCAGCTCTGTGTTGTGGCTGTGCTGCCCCATATCCTTGATACTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 113699 GCACCAGCTCTGTGTTGTGGCTGTGCTGCCCCATATCCTTGATACTGGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    926       GAGCTGCAGGCAGAAATTCTTATCTGGAAGTTCTTCTGAAGTTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113749 ...CAGGAGCTGCAGGCAGAAATTCTTATCTGGAAGTTCTTCTGAAGTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GCAGACAAATACAAAAAGAAAATGTGGGG         GTGGCTGTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 113917 GCAGACAAATACAAAAAGAAAATGTGGGGGTA...TAGGTGGCTGTGGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AGAAGCTGGAGCCCAGTCTGAACTTGAGACCGCGTTGGGGATTGGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115215 AGAAGCTGGAGCCCAGTCTGAACTTGAGACCGCGTTGGGGATTGGAGGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TTGGGTACCCCGCCATGGCCGCCATCAATGCACGCAAGATGAAATTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115265 TTGGGTACCCCGCCATGGCCGCCATCAATGCACGCAAGATGAAATTTGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTGCTAAAAGGCTCCTTCAGTGAGCAAGGCATCAACGAGTTTCTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115315 CTGCTAAAAGGCTCCTTCAGTGAGCAAGGCATCAACGAGTTTCTCAGGTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1158       GGAGCTCTCTTTTGGGCGTGGCTCCACGGCACCTGTAGGAGGCG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115365 ...AAGGGAGCTCTCTTTTGGGCGTGGCTCCACGGCACCTGTAGGAGGCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GGGCTTTCCCTACCATCGTTGAGAGAGAGCCTTGGGACGGCAGGGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117656 GGGCTTTCCCTACCATCGTTGAGAGAGAGCCTTGGGACGGCAGGGATGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GAG         CTTCCCGTGGAGGATGACATTGACCTCAGTGATGTGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117706 GAGGTG...CAGCTTCCCGTGGAGGATGACATTGACCTCAGTGATGTGGA

   1400     .    :    .    :    .
   1293 GCTTGATGACTTAGGGAAAGATGAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 118354 GCTTGATGACTTAGGGAAAGATGAGTTG