seq1 = pF1KE4421.tfa, 1311 bp
seq2 = pF1KE4421/gi568815589r_19016251.tfa (gi568815589r:19016251_19226310), 210060 bp

>pF1KE4421 1311
>gi568815589r:19016251_19226310 (Chr9)

(complement)

1-30  (99885-99914)   100% ->
31-226  (100002-100197)   100% ->
227-309  (102664-102746)   100% ->
310-595  (105146-105431)   100% ->
596-777  (106480-106661)   100% ->
778-912  (107856-107990)   100% ->
913-1311  (109662-110060)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATCCGTTGCAGTTGATCCACAACCG         AGTGTGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  99885 ATGGCATCCGTTGCAGTTGATCCACAACCGGTA...CAGAGTGTGGTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCGGGTGGTCAACCTGCCCTTGGTGAGCTCCACGTATGACCTCATGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 TCGGGTGGTCAACCTGCCCTTGGTGAGCTCCACGTATGACCTCATGTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGCCTATCTCAGTACAAAGGACCAGTATCCCTACCTGAAGTCTGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100063 CAGCCTATCTCAGTACAAAGGACCAGTATCCCTACCTGAAGTCTGTGTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGATGGCAGAGAACGGTGTGAAGACCATCACCTCCGTGGCCATGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100113 GAGATGGCAGAGAACGGTGTGAAGACCATCACCTCCGTGGCCATGACCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCTCTGCCCATCATCCAGAAGCTAGAGCCGCAAA         TTGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100163 TGCTCTGCCCATCATCCAGAAGCTAGAGCCGCAAAGTG...TAGTTGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGCCAATACCTATGCCTGTAAGGGGCTAGACAGGATTGAGGAGAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102670 TTGCCAATACCTATGCCTGTAAGGGGCTAGACAGGATTGAGGAGAGACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTATTCTGAATCAGCCATCAACTCAG         ATTGTTGCCAATGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102720 CCTATTCTGAATCAGCCATCAACTCAGGTG...CAGATTGTTGCCAATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAAGGCGCTGTGACTGGGGCAAAAGATGCTGTGACGACTACTGTGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105160 CAAAGGCGCTGTGACTGGGGCAAAAGATGCTGTGACGACTACTGTGACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGGCCAAGGATTCTGTGGCCAGCACGATCACAGGGGTGATGGACAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105210 GGGCCAAGGATTCTGTGGCCAGCACGATCACAGGGGTGATGGACAAGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAGGGGCAGTGACTGGCAGTGTGGAGAAGACCAAGTCTGTGGTCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105260 AAAGGGGCAGTGACTGGCAGTGTGGAGAAGACCAAGTCTGTGGTCAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAGCATTAACACAGTCTTGGGGAGTCGGATGATGCAGCTCGTGAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105310 CAGCATTAACACAGTCTTGGGGAGTCGGATGATGCAGCTCGTGAGCAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCGTAGAAAATGCACTCACCAAATCAGAGCTGTTGGTAGAACAGTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105360 GCGTAGAAAATGCACTCACCAAATCAGAGCTGTTGGTAGAACAGTACCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCTCTCACTGAGGAAGAACTAG         AAAAAGAAGCAAAAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105410 CCTCTCACTGAGGAAGAACTAGGTA...CAGAAAAAGAAGCAAAAAAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGAAGGATTTGATCTGGTTCAGAAGCCAAGTTATTATGTTAGACTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106499 TGAAGGATTTGATCTGGTTCAGAAGCCAAGTTATTATGTTAGACTGGGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCCTGTCTACCAAGCTTCACTCCCGTGCCTACCAGCAGGCTCTCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106549 CCCTGTCTACCAAGCTTCACTCCCGTGCCTACCAGCAGGCTCTCAGCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTTAAAGAAGCTAAGCAAAAAAGCCAACAGACCATTTCTCAGCTCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106599 GTTAAAGAAGCTAAGCAAAAAAGCCAACAGACCATTTCTCAGCTCCATTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TACTGTTCACCTG         ATTGAATTTGCCAGGAAGAATGTGTATA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106649 TACTGTTCACCTGGTG...TAGATTGAATTTGCCAGGAAGAATGTGTATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTGCCAATCAGAAAATTCAGGATGCTCAGGATAAGCTCTACCTCTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107884 GTGCCAATCAGAAAATTCAGGATGCTCAGGATAAGCTCTACCTCTCATGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTAGAGTGGAAAAGGAGCATTGGATATGATGATACTGATGAGTCCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107934 GTAGAGTGGAAAAGGAGCATTGGATATGATGATACTGATGAGTCCCACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGCTGAG         CACATTGAGTCACGTACTCTTGCAATTGCCCGCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107984 TGCTGAGGTA...TAGCACATTGAGTCACGTACTCTTGCAATTGCCCGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACCTGACTCAGCAGCTCCAGACCACGTGCCACACCCTCCTGTCCAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109696 ACCTGACTCAGCAGCTCCAGACCACGTGCCACACCCTCCTGTCCAACATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAAGGTGTACCACAGAACATCCAAGATCAAGCCAAGCACATGGGGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109746 CAAGGTGTACCACAGAACATCCAAGATCAAGCCAAGCACATGGGGGTGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGCAGGCGACATCTACTCAGTGTTCCGCAATGCTGCCTCCTTTAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109796 GGCAGGCGACATCTACTCAGTGTTCCGCAATGCTGCCTCCTTTAAAGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGTCTGACAGCCTCCTCACTTCTAGCAAGGGGCAGCTGCAGAAAATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109846 TGTCTGACAGCCTCCTCACTTCTAGCAAGGGGCAGCTGCAGAAAATGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GAATCTTTAGATGACGTGATGGATTATCTTGTTAACAACACGCCCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109896 GAATCTTTAGATGACGTGATGGATTATCTTGTTAACAACACGCCCCTCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CTGGCTGGTAGGTCCCTTTTATCCTCAGCTGACTGAGTCTCAGAATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109946 CTGGCTGGTAGGTCCCTTTTATCCTCAGCTGACTGAGTCTCAGAATGCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGGACCAAGGTGCAGAGATGGACAAGAGCAGCCAGGAGACCCAGCGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109996 AGGACCAAGGTGCAGAGATGGACAAGAGCAGCCAGGAGACCCAGCGATCT

   1350     .    :    .
   1297 GAGCATAAAACTCAT
        |||||||||||||||
 110046 GAGCATAAAACTCAT