seq1 = pF1KE4420.tfa, 1305 bp
seq2 = pF1KE4420/gi568815595r_50200486.tfa (gi568815595r:50200486_50402956), 202471 bp

>pF1KE4420 1305
>gi568815595r:50200486_50402956 (Chr3)

(complement)

1-900  (100001-100900)   100% ->
901-990  (101880-101969)   100% ->
991-1305  (102157-102471)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCCCACCTGCTTCCCATCTGCGCCCTCTTCCTGACCTTACTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCCCACCTGCTTCCCATCTGCGCCCTCTTCCTGACCTTACTCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATGGCCCAAGGCTTTAGGGGCCCCTTGCTACCCAACCGGCCCTTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TATGGCCCAAGGCTTTAGGGGCCCCTTGCTACCCAACCGGCCCTTCACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGTCTGGAATGCAAACACCCAGTGGTGCCTGGAGAGGCACGGTGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGTCTGGAATGCAAACACCCAGTGGTGCCTGGAGAGGCACGGTGTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGATGTCAGTGTCTTCGATGTGGTAGCCAACCCAGGGCAGACCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGATGTCAGTGTCTTCGATGTGGTAGCCAACCCAGGGCAGACCTTCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGCCCTGACATGACAATTTTCTATAGCTCCCAGCTGGGCACCTACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGCCCTGACATGACAATTTTCTATAGCTCCCAGCTGGGCACCTACCCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTACACGCCCACTGGGGAGCCTGTGTTTGGTGGTCTGCCCCAGAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTACACGCCCACTGGGGAGCCTGTGTTTGGTGGTCTGCCCCAGAATGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCCTGATTGCCCACCTGGCCCGCACATTCCAGGACATCCTGGCTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCCTGATTGCCCACCTGGCCCGCACATTCCAGGACATCCTGGCTGCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACCTGCTCCTGACTTCTCAGGGCTGGCAGTCATCGACTGGGAGGCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACCTGCTCCTGACTTCTCAGGGCTGGCAGTCATCGACTGGGAGGCATGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCCACGCTGGGCCTTCAACTGGGACACCAAGGACATTTACCGGCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCCACGCTGGGCCTTCAACTGGGACACCAAGGACATTTACCGGCAGCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCACGGGCACTGGTACAGGCACAGCACCCTGATTGGCCAGCTCCTCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCACGGGCACTGGTACAGGCACAGCACCCTGATTGGCCAGCTCCTCAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGAGGCAGTAGCCCAGGACCAGTTCCAGGGAGCTGCACGGGCCTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGAGGCAGTAGCCCAGGACCAGTTCCAGGGAGCTGCACGGGCCTGGATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGGCACCCTCCAGCTGGGGCGGGCACTGCGTCCTCGCGGCCTCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAGGCACCCTCCAGCTGGGGCGGGCACTGCGTCCTCGCGGCCTCTGGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTCTATGGCTTCCCTGACTGCTACAACTATGACTTTCTAAGCCCCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTCTATGGCTTCCCTGACTGCTACAACTATGACTTTCTAAGCCCCAACTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CACCGGCCAGTGCCCATCAGGCATCCGTGCCCAAAATGACCAGCTAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CACCGGCCAGTGCCCATCAGGCATCCGTGCCCAAAATGACCAGCTAGGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGCTGTGGGGCCAGAGCCGTGCCCTCTATCCCAGCATCTACATGCCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGCTGTGGGGCCAGAGCCGTGCCCTCTATCCCAGCATCTACATGCCCGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTGCTGGAGGGCACAGGGAAGTCACAGATGTATGTGCAACACCGTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTGCTGGAGGGCACAGGGAAGTCACAGATGTATGTGCAACACCGTGTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGAGGCATTCCGTGTGGCTGTGGCTGCTGGTGACCCCAATCTGCCGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGAGGCATTCCGTGTGGCTGTGGCTGCTGGTGACCCCAATCTGCCGGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCCCTATGTCCAGATCTTCTATGACACGACAAACCACTTTCTGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCCCTATGTCCAGATCTTCTATGACACGACAAACCACTTTCTGCCCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901          GATGAGCTGGAGCACAGCCTGGGGGAGAGTGCGGCCCAGGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTG...CAGGATGAGCTGGAGCACAGCCTGGGGGAGAGTGCGGCCCAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGCAGCTGGAGTGGTGCTCTGGGTGAGCTGGGAAAATACAAGAACCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101921 GGCAGCTGGAGTGGTGCTCTGGGTGAGCTGGGAAAATACAAGAACCAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    991         GAATCATGTCAGGCCATCAAGGAGTATATGGACACTACACTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101971 TG...TAGGAATCATGTCAGGCCATCAAGGAGTATATGGACACTACACTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GGGCCCTTCATCCTGAACGTGACCAGTGGGGCCCTTCTCTGCAGTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102199 GGGCCCTTCATCCTGAACGTGACCAGTGGGGCCCTTCTCTGCAGTCAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CCTGTGCTCCGGCCATGGCCGCTGTGTCCGCCGCACCAGCCACCCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102249 CCTGTGCTCCGGCCATGGCCGCTGTGTCCGCCGCACCAGCCACCCCAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CCCTCCTCCTCCTTAACCCTGCCAGTTTCTCCATCCAGCTCACGCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102299 CCCTCCTCCTCCTTAACCCTGCCAGTTTCTCCATCCAGCTCACGCCTGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GGTGGGCCCCTGAGCCTGCGGGGTGCCCTCTCACTTGAAGATCAGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102349 GGTGGGCCCCTGAGCCTGCGGGGTGCCCTCTCACTTGAAGATCAGGCACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GATGGCTGTGGAGTTCAAATGTCGATGCTACCCTGGCTGGCAGGCACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102399 GATGGCTGTGGAGTTCAAATGTCGATGCTACCCTGGCTGGCAGGCACCGT

   1300     .    :    .    :
   1283 GGTGTGAGCGGAAGAGCATGTGG
        |||||||||||||||||||||||
 102449 GGTGTGAGCGGAAGAGCATGTGG