seq1 = pF1KE4419.tfa, 1296 bp
seq2 = pF1KE4419/gi568815578r_34181037.tfa (gi568815578r:34181037_34395586), 214550 bp

>pF1KE4419 1296
>gi568815578r:34181037_34395586 (Chr20)

(complement)

1-28  (92317-92344)   100% ->
29-219  (100002-100192)   100% ->
220-295  (101431-101506)   100% ->
296-445  (103080-103229)   100% ->
446-558  (104056-104168)   100% ->
559-766  (104649-104856)   100% ->
767-854  (104949-105036)   100% ->
855-972  (105138-105255)   100% ->
973-1167  (109953-110147)   100% ->
1168-1296  (114422-114550)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGACAAACTGCCCTACAAAGTCG         CCGACATCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  92317 ATGTCTGACAAACTGCCCTACAAAGTCGGTG...TAGCCGACATCGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGCTGCCTGGGGACGCAAGGCCCTGGACATTGCTGAGAACGAGATGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 GGCTGCCTGGGGACGCAAGGCCCTGGACATTGCTGAGAACGAGATGCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCTGATGCGTATGCGGGAGCGGTACTCGGCCTCCAAGCCACTGAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100065 GCCTGATGCGTATGCGGGAGCGGTACTCGGCCTCCAAGCCACTGAAGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCCGCATCGCTGGCTGCCTGCACATGACCGTGGAGACGGCCGTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100115 GCCCGCATCGCTGGCTGCCTGCACATGACCGTGGAGACGGCCGTCCTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAGACCCTCGTCACCCTGGGTGCTGAG         GTGCAGTGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100165 TGAGACCCTCGTCACCCTGGGTGCTGAGGTG...TAGGTGCAGTGGTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTGCAACATCTTCTCCACCCAGGACCATGCGGCGGCTGCCATTGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101444 GCTGCAACATCTTCTCCACCCAGGACCATGCGGCGGCTGCCATTGCCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTGGCATTCCGG         TGTATGCCTGGAAGGGCGAAACGGACGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101494 GCTGGCATTCCGGGTA...CAGTGTATGCCTGGAAGGGCGAAACGGACGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGTACCTGTGGTGCATTGAGCAGACCCTGTACTTCAAGGACGGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103108 GGAGTACCTGTGGTGCATTGAGCAGACCCTGTACTTCAAGGACGGGCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCAACATGATTCTGGACGACGGGGGCGACCTCACCAACCTCATCCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103158 TCAACATGATTCTGGACGACGGGGGCGACCTCACCAACCTCATCCACACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGTACCCGCAGCTTCTGCCAG         GCATCCGAGGCATCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103208 AAGTACCCGCAGCTTCTGCCAGGTG...TAGGCATCCGAGGCATCTCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGAGACCACGACTGGGGTCCACAACCTCTACAAGATGATGGCCAATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104075 GGAGACCACGACTGGGGTCCACAACCTCTACAAGATGATGGCCAATGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCTCAAGGTGCCTGCCATCAATGTCAATGACTCCGTCACCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104125 TCCTCAAGGTGCCTGCCATCAATGTCAATGACTCCGTCACCAAGGTG...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    559    AGCAAGTTTGACAACCTCTATGGCTGCCGGGAGTCCCTCATAGATGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104646 CAGAGCAAGTTTGACAACCTCTATGGCTGCCGGGAGTCCCTCATAGATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATCAAGCGGGCCACAGATGTGATGATTGCCGGCAAGGTAGCGGTGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104696 CATCAAGCGGGCCACAGATGTGATGATTGCCGGCAAGGTAGCGGTGGTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGGCTATGGTGATGTGGGCAAGGGCTGTGCCCAGGCCCTGCGGGGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104746 CAGGCTATGGTGATGTGGGCAAGGGCTGTGCCCAGGCCCTGCGGGGTTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGAGCCCGCGTCATCATCACCGAGATTGACCCCATCAACGCACTGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104796 GGAGCCCGCGTCATCATCACCGAGATTGACCCCATCAACGCACTGCAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGCCATGGAGG         GCTATGAGGTGACCACCATGGATGAGGCCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104846 TGCCATGGAGGGTA...CAGGCTATGAGGTGACCACCATGGATGAGGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTCAGGAGGGCAACATCTTTGTCACCACCACAGGCTGTATTGACATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104979 GTCAGGAGGGCAACATCTTTGTCACCACCACAGGCTGTATTGACATCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTTGGCCG         GCACTTTGAGCAGATGAAGGATGATGCCATTGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105029 CTTGGCCGGTA...CAGGCACTTTGAGCAGATGAAGGATGATGCCATTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTGTAACATTGGACACTTTGACGTGGAGATCGATGTCAAGTGGCTCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105171 GTGTAACATTGGACACTTTGACGTGGAGATCGATGTCAAGTGGCTCAACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGAACGCCGTGGAGAAGGTGAACATCAAGCCGCAG         GTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105221 AGAACGCCGTGGAGAAGGTGAACATCAAGCCGCAGGTG...TAGGTGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CGGTATCGGTTGAAGAATGGGCGCCGCATCATCCTGCTGGCCGAGGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109959 CGGTATCGGTTGAAGAATGGGCGCCGCATCATCCTGCTGGCCGAGGGTCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCTGGTCAACCTGGGTTGTGCCATGGGCCACCCCAGCTTCGTGATGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110009 GCTGGTCAACCTGGGTTGTGCCATGGGCCACCCCAGCTTCGTGATGAGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACTCCTTCACCAACCAGGTGATGGCGCAGATCGAGCTGTGGACCCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110059 ACTCCTTCACCAACCAGGTGATGGCGCAGATCGAGCTGTGGACCCATCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GACAAGTACCCCGTTGGGGTTCATTTCCTGCCCAAGAAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 110109 GACAAGTACCCCGTTGGGGTTCATTTCCTGCCCAAGAAGGTG...CAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGATGAGGCAGTGGCTGAAGCCCACCTGGGCAAGCTGAATGTGAAGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114424 GGATGAGGCAGTGGCTGAAGCCCACCTGGGCAAGCTGAATGTGAAGTTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCAAGCTAACTGAGAAGCAAGCCCAGTACCTGGGCATGTCCTGTGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114474 CCAAGCTAACTGAGAAGCAAGCCCAGTACCTGGGCATGTCCTGTGATGGC

   1350     .    :    .    :    .
   1270 CCCTTCAAGCCGGATCACTACCGCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||
 114524 CCCTTCAAGCCGGATCACTACCGCTAC