seq1 = pF1KE4418.tfa, 1293 bp
seq2 = pF1KE4418/gi568815578f_56295553.tfa (gi568815578f:56295553_56503724), 208172 bp

>pF1KE4418 1293
>gi568815578f:56295553_56503724 (Chr20)

1-169  (100001-100169)   100% ->
170-447  (101655-101932)   100% ->
448-645  (102092-102289)   100% ->
646-1036  (103415-103805)   100% ->
1037-1293  (107916-108172)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACAGAACCAAAGTGGGCTTGAAGGACCGCCAGCAGCTCTACAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACAGAACCAAAGTGGGCTTGAAGGACCGCCAGCAGCTCTACAAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCATTAGCCAGCTGCTATATGACGGCTACATCAGCATCGCCAATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCATTAGCCAGCTGCTATATGACGGCTACATCAGCATCGCCAATGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATCAATGAAATCAAGCCTCAGTCTGTGTGTGCACCCTCGGAGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCATCAATGAAATCAAGCCTCAGTCTGTGTGTGCACCCTCGGAGCAGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCATCTCATCAAACTCG         GAATGGAAAACGATGACACCGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCATCTCATCAAACTCGGTA...CAGGAATGGAAAACGATGACACCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTTCAGTATGCAATTGGTCGTTCAGATACTGTTGCCCCTGGCACAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101677 AGTTCAGTATGCAATTGGTCGTTCAGATACTGTTGCCCCTGGCACAGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGACCTGGAATTTGATGCAGATGTTCAGACTATGTCCCCAGAGGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101727 TTGACCTGGAATTTGATGCAGATGTTCAGACTATGTCCCCAGAGGCTTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGTACGAAACATGCTATGTCACATCACATAAAGGACCATGCCGTGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101777 GAGTACGAAACATGCTATGTCACATCACATAAAGGACCATGCCGTGTAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TACCTATAGTAGAGATGGACAGTTAATAGCTACTGGGTCTGCTGATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101827 TACCTATAGTAGAGATGGACAGTTAATAGCTACTGGGTCTGCTGATGCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CGATAAAGATACTTGACACAGAGAGGATGTTGGCCAAAAGTGCCATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101877 CGATAAAGATACTTGACACAGAGAGGATGTTGGCCAAAAGTGCCATGCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATAGAG         GTCATGATGAATGAGACCGCACAACAAAATATGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101927 ATAGAGGTA...TAGGTCATGATGAATGAGACCGCACAACAAAATATGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AAACCACCCAGTGATTCGAACTCTTTATGACCATGTGGATGAAGTCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102127 AAACCACCCAGTGATTCGAACTCTTTATGACCATGTGGATGAAGTCACGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCCTTGCTTTCCACCCAACAGAACAGATCCTGGCTTCTGGTTCAAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102177 GCCTTGCTTTCCACCCAACAGAACAGATCCTGGCTTCTGGTTCAAGGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TATACTCTTAAATTATTTGATTATTCCAAACCATCAGCAAAAAGAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102227 TATACTCTTAAATTATTTGATTATTCCAAACCATCAGCAAAAAGAGCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAAATACATTCAG         GAAGCTGAAATGTTACGTTCCATCTCTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102277 CAAATACATTCAGGTA...CAGGAAGCTGAAATGTTACGTTCCATCTCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTCATCCTTCTGGAGACTTTATACTTGTCGGAACTCAGCATCCTACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103443 TTCATCCTTCTGGAGACTTTATACTTGTCGGAACTCAGCATCCTACTCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CGCCTTTATGATATCAACACCTTTCAATGTTTTGTCTCTTGCAATCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103493 CGCCTTTATGATATCAACACCTTTCAATGTTTTGTCTCTTGCAATCCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGATCAACACACCGATGCTATATGTTCCGTTAATTACAATTCTAGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103543 AGATCAACACACCGATGCTATATGTTCCGTTAATTACAATTCTAGTGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ATATGTACGTAACTGGAAGCAAGGACGGCTGCATCAAATTATGGGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103593 ATATGTACGTAACTGGAAGCAAGGACGGCTGCATCAAATTATGGGATGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GTTTCAAATCGATGCATCACAACTTTTGAGAAAGCACATGACGGTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103643 GTTTCAAATCGATGCATCACAACTTTTGAGAAAGCACATGACGGTGCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 AGTTTGTTCTGCCATTTTTTCCAAAAATTCTAAATACATTCTCTCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103693 AGTTTGTTCTGCCATTTTTTCCAAAAATTCTAAATACATTCTCTCAAGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GAAAAGACTCTGTAGCTAAACTTTGGGAAATATCAACGGGACGAACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103743 GAAAAGACTCTGTAGCTAAACTTTGGGAAATATCAACGGGACGAACACTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GTCAGATACACGG         GCGCGGGTTTAAGTGGACGCCAGGTGCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103793 GTCAGATACACGGGTA...CAGGCGCGGGTTTAAGTGGACGCCAGGTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CCGGACACAGGCTGTGTTTAACCACACCGAGGACTATGTGTTGCTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107944 CCGGACACAGGCTGTGTTTAACCACACCGAGGACTATGTGTTGCTGCCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ACGAGAGGACGATCAGTCTTTGCTGCTGGGACTCGAGGACAGCCGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107994 ACGAGAGGACGATCAGTCTTTGCTGCTGGGACTCGAGGACAGCCGAGCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 AGAAACCTGCTGTCGTTGGGGCACAACAATATTGTACGCTGCATAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108044 AGAAACCTGCTGTCGTTGGGGCACAACAATATTGTACGCTGCATAGTGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CTCCCCCACCAACCCCGGGTTCATGACGTGCAGCGATGACTTCAGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108094 CTCCCCCACCAACCCCGGGTTCATGACGTGCAGCGATGACTTCAGAGCGC

   1300     .    :    .    :    .
   1265 GGTTTTGGTACCGGAGATCGACCACTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 108144 GGTTTTGGTACCGGAGATCGACCACTGAC