seq1 = pF1KE4413.tfa, 1278 bp
seq2 = pF1KE4413/gi568815597r_154607979.tfa (gi568815597r:154607979_154922186), 314208 bp

>pF1KE4413 1278
>gi568815597r:154607979_154922186 (Chr1)

(complement)

10-114  (99996-100098)   96% ->
115-533  (149794-150212)   100% ->
534-675  (189043-189184)   100% ->
676-786  (196161-196271)   100% ->
787-914  (207184-207311)   100% ->
915-984  (208654-208723)   100% ->
985-1278  (213915-214208)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     10 CCTATAAAGGACTCCATGTTTTCGTTGGCCCTGAAATGCCTTATCAGTCT
        |||  -|-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 CCTGC A GGACTCCATGTTTTCGTTGGCCCTGAAATGCCTTATCAGTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     60 GTCCACCATCATCCTTTTGGGCTTGATCATCGCCTACCACACACGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 GTCCACCATCATCCTTTTGGGCTTGATCATCGCCTACCACACACGTGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    110 TCCAG         CTCTTCGTGATCGACAATGGCGCGGATGACTGGCGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100094 TCCAGGTA...CAGCTCTTCGTGATCGACAATGGCGCGGATGACTGGCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATAGCCATGACCTACGAGCGCATCCTGTACATCAGCCTGGAGATGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149830 ATAGCCATGACCTACGAGCGCATCCTGTACATCAGCCTGGAGATGCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTGCGCCATCCACCCCATTCCTGGCGAGTACAAGTTCTTCTGGACGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149880 GTGCGCCATCCACCCCATTCCTGGCGAGTACAAGTTCTTCTGGACGGCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCTGGCCTTCTCCTACACACCCTCCCGGGCGGAGGCCGATGTGGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149930 GCCTGGCCTTCTCCTACACACCCTCCCGGGCGGAGGCCGATGTGGACATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCCTGTCTATCCCCATGTTCCTGCGCCTGTACCTGATCGCCCGAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149980 ATCCTGTCTATCCCCATGTTCCTGCGCCTGTACCTGATCGCCCGAGTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGCTGCACAGCAAGCTCTTCACCGATGCCTCGTCCCGCAGCATCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150030 GCTGCTGCACAGCAAGCTCTTCACCGATGCCTCGTCCCGCAGCATCGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCTCAACAAGATCAACTTCAACACCCGCTTTGTCATGAAGACGCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150080 CCCTCAACAAGATCAACTTCAACACCCGCTTTGTCATGAAGACGCTCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACCATCTGCCCTGGCACTGTGCTGCTCGTGTTCAGCATCTCTCTGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150130 ACCATCTGCCCTGGCACTGTGCTGCTCGTGTTCAGCATCTCTCTGTGGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CATTGCTGCCTGGACCGTCCGTGTCTGTGAAAG         GTACCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 150180 CATTGCTGCCTGGACCGTCCGTGTCTGTGAAAGGTA...CAGGTACCATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACCAGCAGGACGTAACTAGTAACTTTCTGGGTGCCATGTGGCTCATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189051 ACCAGCAGGACGTAACTAGTAACTTTCTGGGTGCCATGTGGCTCATCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATCACATTCCTTTCCATTGGTTATGGGGACATGGTGCCCCACACATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189101 ATCACATTCCTTTCCATTGGTTATGGGGACATGGTGCCCCACACATACTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGGGAAAGGTGTCTGTCTCCTCACTGGCATCATG         GGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 189151 TGGGAAAGGTGTCTGTCTCCTCACTGGCATCATGGTG...CAGGGTGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCTGCACTGCCCTTGTGGTGGCCGTGGTGGCCCGAAAGCTGGAACTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196168 GCTGCACTGCCCTTGTGGTGGCCGTGGTGGCCCGAAAGCTGGAACTCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAAGCGGAGAAGCACGTTCATAACTTCATGATGGACACTCAGCTCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196218 AAAGCGGAGAAGCACGTTCATAACTTCATGATGGACACTCAGCTCACCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCGG         ATCAAGAATGCTGCAGCCAATGTCCTTCGGGAAACAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196268 GCGGGTA...TAGATCAAGAATGCTGCAGCCAATGTCCTTCGGGAAACAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGTTAATCTATAAACACACAAAGCTGCTAAAGAAGATTGACCATGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207221 GGTTAATCTATAAACACACAAAGCTGCTAAAGAAGATTGACCATGCCAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GTGAGGAAACACCAGAGGAAGTTCCTCCAAGCTATCCACCA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 207271 GTGAGGAAACACCAGAGGAAGTTCCTCCAAGCTATCCACCAGTG...CAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GTTGAGGAGCGTCAAGATGGAACAGAGGAAGCTGAGTGACCAAGCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208654 GTTGAGGAGCGTCAAGATGGAACAGAGGAAGCTGAGTGACCAAGCCAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CTCTGGTGGACCTTTCCAAG         ATGCAGAATGTCATGTATGAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 208704 CTCTGGTGGACCTTTCCAAGGTG...CAGATGCAGAATGTCATGTATGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTAATCACAGAACTCAATGACCGGAGCGAAGACCTGGAGAAGCAGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213936 TTAATCACAGAACTCAATGACCGGAGCGAAGACCTGGAGAAGCAGATTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CAGCCTGGAGTCGAAGCTGGAGCATCTCACCGCCAGCTTCAACTCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213986 CAGCCTGGAGTCGAAGCTGGAGCATCTCACCGCCAGCTTCAACTCCCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CGCTGCTCATCGCCGACACCCTGCGCCAGCAGCAGCAGCAGCTCCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214036 CGCTGCTCATCGCCGACACCCTGCGCCAGCAGCAGCAGCAGCTCCTGTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GCCATCATCGAGGCCCGGGGTGTCAGCGTGGCAGTGGGCACCACCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214086 GCCATCATCGAGGCCCGGGGTGTCAGCGTGGCAGTGGGCACCACCCACAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CCCAATCTCCGATAGCCCCATTGGGGTCAGCTCCACCTCCTTCCCGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214136 CCCAATCTCCGATAGCCCCATTGGGGTCAGCTCCACCTCCTTCCCGACCC

   1300     .    :    .    :
   1256 CGTACACAAGTTCAAGCAGTTGC
        |||||||||||||||||||||||
 214186 CGTACACAAGTTCAAGCAGTTGC