seq1 = pF1KE4407.tfa, 1263 bp
seq2 = pF1KE4407/gi568815581f_41868067.tfa (gi568815581f:41868067_42073921), 205855 bp

>pF1KE4407 1263
>gi568815581f:41868067_42073921 (Chr17)

1-676  (100000-100674)   99% ->
677-816  (103826-103965)   100% ->
817-1263  (105409-105855)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACAGAGGCTTCTCCCGAAAAAGCCACACATTCCTGCCCAAGATCTT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GAACAGAGGCTTCTCCCGAAAAAGCCACACATTCCTGCCCAAGATCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCCGCAAGATGTCATCCTCAGGGGCCAAGGACAAGCCTGAGCTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CTTCCGCAAGATGTCATCCTCAGGGGCCAAGGACAAGCCTGAGCTGCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCCCTTCCTTCAGGATGAGGACACAGTGGCCACGCTGCTAGAGTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 TTCCCTTCCTTCAGGATGAGGACACAGTGGCCACGCTGCTAGAGTGCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACGCTCTTCATCTTGCGCGGCCTGCCAGGAAGCGGCAAGTCCACGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 ACGCTCTTCATCTTGCGCGGCCTGCCAGGAAGCGGCAAGTCCACGCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACGGGTCATCGTGGACAAGTACCGTGATGGCACCAAGATGGTGTCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 ACGGGTCATCGTGGACAAGTACCGTGATGGCACCAAGATGGTGTCGGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACGCTTACAAGATCACCCCCGGCGCTCGAGGAGCCTTCTCCGAGGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100249 ACGCTTACAAGATCACCCCCGGCGCTCGAGGAGCCTTCTCCGAGGAGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGCGGCTCGATGAGGACCTGGCTGCCTACTGCCGCCGCCGGGACATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100299 AAGCGGCTCGATGAGGACCTGGCTGCCTACTGCCGCCGCCGGGACATCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AATTCTTGTGCTTGATGACACCAACCACGAACGGGAACGGCTGGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100349 AATTCTTGTGCTTGATGACACCAACCACGAACGGGAACGGCTGGAGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTTTGAAATGGCCGACCAGTACCAGTACCAGGTGGTGCTGGTGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100399 TCTTTGAAATGGCCGACCAGTACCAGTACCAGGTGGTGCTGGTGGAGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGACGGCGTGGCGGCTGGACTGTGCCCAGCTCAAGGAGAAGAACCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100449 AAGACGGCGTGGCGGCTGGACTGTGCCCAGCTCAAGGAGAAGAACCAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCAGCTGTCGGCTGATGACCTGAAGAAGCTGAAGCCTGGGCTGGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100499 GCAGCTGTCGGCTGATGACCTGAAGAAGCTGAAGCCTGGGCTGGAGAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACTTCCTGCCGCTCTACTTCGGCTGGTTCCTGACCAAGAAGAGCTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100549 ACTTCCTGCCGCTCTACTTCGGCTGGTTCCTGACCAAGAAGAGCTCTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACCCTCCGCAAAGCCGGCCAGGTCTTCCTGGAAGAGCTGGGGAACCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100599 ACCCTCCGCAAAGCCGGCCAGGTCTTCCTGGAAGAGCTGGGGAACCACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGCCTTCAAGAAGGAGCTGCGACAAT         TCGTCCCTGGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100649 GGCCTTCAAGAAGGAGCTGCGACAATGTA...CAGTCGTCCCTGGGGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGCCCAGGGAGAAGATGGACTTGGTCACCTACTTTGGAAAGAGACCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103841 AGCCCAGGGAGAAGATGGACTTGGTCACCTACTTTGGAAAGAGACCCCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGCGTGCTGCATTGCACAACCAAGTTTTGTGACTACGGGAAGGCTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103891 GGCGTGCTGCATTGCACAACCAAGTTTTGTGACTACGGGAAGGCTCCCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGCAGAGGAGTACGCTCAACAAGAT         GTGTTAAAGAAATCTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 103941 GGCAGAGGAGTACGCTCAACAAGATGTG...CAGGTGTTAAAGAAATCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACTCCAAGGCCTTCACGCTGACCATCTCTGCCCTCTTTGTGACACCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105425 ACTCCAAGGCCTTCACGCTGACCATCTCTGCCCTCTTTGTGACACCCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 ACGACTGGGGCCCGGGTGGAGTTAAGCGAGCAGCAACTGCAGTTGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105475 ACGACTGGGGCCCGGGTGGAGTTAAGCGAGCAGCAACTGCAGTTGTGGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GAGTGATGTGGACAAGCTGTCACCCACTGACAACCTGCCGCGGGGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105525 GAGTGATGTGGACAAGCTGTCACCCACTGACAACCTGCCGCGGGGGAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GCGCCCACATCACCCTCGGCTGTGCAGCTGACGTAGAGGCCGTGCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105575 GCGCCCACATCACCCTCGGCTGTGCAGCTGACGTAGAGGCCGTGCAGACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GGCCTTGACCTCTTAGAGATTCTGCGGCAGGAGAAGGGGGGCAGCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105625 GGCCTTGACCTCTTAGAGATTCTGCGGCAGGAGAAGGGGGGCAGCCGAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CGAGGAGGTGGGCGAGCTAAGCCGGGGCAAGCTCTATTCCTTGGGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105675 CGAGGAGGTGGGCGAGCTAAGCCGGGGCAAGCTCTATTCCTTGGGCAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GGCGCTGGATGCTGACCCTGGCCAAGAACATGGAGGTCAGGGCCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105725 GGCGCTGGATGCTGACCCTGGCCAAGAACATGGAGGTCAGGGCCATCTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 ACGGGGTACTACGGGAAAGGCAAACCTGTGCCCACGCAAGGTAGCCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105775 ACGGGGTACTACGGGAAAGGCAAACCTGTGCCCACGCAAGGTAGCCGGAA

   1250     .    :    .    :    .    :
   1233 GGGGGGCGCCTTGCAGTCCTGCACCATCATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 105825 GGGGGGCGCCTTGCAGTCCTGCACCATCATA