seq1 = pF1KE4389.tfa, 1224 bp
seq2 = pF1KE4389/gi568815595f_51884065.tfa (gi568815595f:51884065_52089072), 205008 bp

>pF1KE4389 1224
>gi568815595f:51884065_52089072 (Chr3)

1-94  (100001-100094)   100% ->
95-159  (101143-101207)   100% ->
160-264  (101297-101401)   100% ->
265-359  (101788-101882)   100% ->
360-436  (102191-102267)   100% ->
437-526  (102351-102440)   100% ->
527-583  (102541-102597)   100% ->
584-657  (102924-102997)   100% ->
658-707  (103083-103132)   100% ->
708-852  (103245-103389)   100% ->
853-921  (103492-103560)   100% ->
922-1001  (104460-104539)   100% ->
1002-1062  (104702-104762)   100% ->
1063-1224  (104847-105008)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCAGCAAGGGTCCCGAGGAGGAGCACCCATCGGTGACGCTCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCAGCAAGGGTCCCGAGGAGGAGCACCCATCGGTGACGCTCTTCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGTACCTGCGTATCCGCACTGTCCAGCCCAAGCCTGACTATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100051 CCAGTACCTGCGTATCCGCACTGTCCAGCCCAAGCCTGACTATGGTG...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     95    GAGCTGCTGTGGCTTTCTTTGAGGAGACAGCCCGCCAGCTGGGCCTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101140 CAGGAGCTGCTGTGGCTTTCTTTGAGGAGACAGCCCGCCAGCTGGGCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCTGTCAGAAAGTAGAG         GTGGCACCTGGCTATGTGGTGAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101190 GGCTGTCAGAAAGTAGAGGTG...CAGGTGGCACCTGGCTATGTGGTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGTGTTGACCTGGCCAGGCACCAACCCTACACTCTCCTCCATCTTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101320 CGTGTTGACCTGGCCAGGCACCAACCCTACACTCTCCTCCATCTTGCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTCCCACACGGATGTGGTGCCTGTCTTCAAG         GAACATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101370 ACTCCCACACGGATGTGGTGCCTGTCTTCAAGGTG...CAGGAACATTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGTCACGACCCCTTTGAGGCCTTCAAGGATTCTGAGGGCTACATCTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101797 AGTCACGACCCCTTTGAGGCCTTCAAGGATTCTGAGGGCTACATCTATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGGGGTGCCCAGGACATGAAGTGCGTCAGCATCCA         GTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101847 CAGGGGTGCCCAGGACATGAAGTGCGTCAGCATCCAGTG...CAGGTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGGAAGCTGTGAGGAGGCTGAAGGTGGAGGGCCACCGGTTCCCCAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102196 TGGAAGCTGTGAGGAGGCTGAAGGTGGAGGGCCACCGGTTCCCCAGAACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATCCACATGACCTTTGTGCCTG         ATGAGGAGGTTGGGGGTCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102246 ATCCACATGACCTTTGTGCCTGGTA...CAGATGAGGAGGTTGGGGGTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCAAGGCATGGAGCTGTTCGTGCAGCGGCCTGAGTTCCACGCCCTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102370 CCAAGGCATGGAGCTGTTCGTGCAGCGGCCTGAGTTCCACGCCCTGAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CAGGCTTTGCCCTGGATGAGG         GCATAGCCAATCCCACTGAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102420 CAGGCTTTGCCCTGGATGAGGGTG...CAGGCATAGCCAATCCCACTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCCTTCACTGTCTTTTATAGTGAGCGGAGTCCCTGGT         GGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102561 GCCTTCACTGTCTTTTATAGTGAGCGGAGTCCCTGGTGTA...CAGGGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GCGGGTTACCAGCACTGGGAGGCCAGGCCATGCCTCACGCTTCATGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102928 GCGGGTTACCAGCACTGGGAGGCCAGGCCATGCCTCACGCTTCATGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ACACAGCAGCAGAGAAGCTG         CACAAGGTTGTAAACTCCATC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102978 ACACAGCAGCAGAGAAGCTGGTA...TAGCACAAGGTTGTAAACTCCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CTGGCATTCCGGGAGAAGGAATGGCAGAG         GCTGCAGTCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103104 CTGGCATTCCGGGAGAAGGAATGGCAGAGGTG...CAGGCTGCAGTCAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 CCCCCACCTGAAAGAGGGGTCCGTGACCTCCGTGAACCTGACTAAGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103257 CCCCCACCTGAAAGAGGGGTCCGTGACCTCCGTGAACCTGACTAAGCTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AGGGTGGCGTGGCCTATAACGTGATACCTGCCACCATGAGCGCCAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103307 AGGGTGGCGTGGCCTATAACGTGATACCTGCCACCATGAGCGCCAGCTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GACTTCCGTGTGGCACCGGATGTGGACTTCAAG         GCTTTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103357 GACTTCCGTGTGGCACCGGATGTGGACTTCAAGGTG...TAGGCTTTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GGAGCAGCTGCAGAGCTGGTGCCAGGCAGCTGGCGAGGGGGTCACCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103500 GGAGCAGCTGCAGAGCTGGTGCCAGGCAGCTGGCGAGGGGGTCACCCTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 AGTTTGCTCAG         AAGTGGATGCACCCCCAAGTGACACCTACT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103550 AGTTTGCTCAGGTA...CAGAAGTGGATGCACCCCCAAGTGACACCTACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GATGACTCAAACCCTTGGTGGGCAGCTTTTAGCCGGGTCTGCAAGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104490 GATGACTCAAACCCTTGGTGGGCAGCTTTTAGCCGGGTCTGCAAGGATAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002          GAACCTCACTCTGGAGCCTGAGATCATGCCTGCTGCCACTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104540 GTG...CAGGAACCTCACTCTGGAGCCTGAGATCATGCCTGCTGCCACTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 ACAACCGCTATATCCGCGCG         GTGGGGGTCCCAGCTCTAGGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104743 ACAACCGCTATATCCGCGCGGTG...CAGGTGGGGGTCCCAGCTCTAGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 TTCTCACCCATGAACCGCACACCTGTGCTGCTGCACGACCACGATGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104868 TTCTCACCCATGAACCGCACACCTGTGCTGCTGCACGACCACGATGAACG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 GCTGCATGAGGCTGTGTTCCTCCGTGGGGTGGACATATATACACGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104918 GCTGCATGAGGCTGTGTTCCTCCGTGGGGTGGACATATATACACGCCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TGCCTGCCCTTGCCAGTGTGCCTGCCCTGCCCAGTGACAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104968 TGCCTGCCCTTGCCAGTGTGCCTGCCCTGCCCAGTGACAGC