seq1 = pF1KE4386.tfa, 1218 bp
seq2 = pF1KE4386/gi568815579f_8264322.tfa (gi568815579f:8264322_8473883), 209562 bp

>pF1KE4386 1218
>gi568815579f:8264322_8473883 (Chr19)

1-318  (100001-100318)   100% ->
319-429  (101633-101743)   100% ->
430-547  (101881-101998)   100% ->
548-661  (104898-105011)   100% ->
662-757  (106735-106830)   100% ->
758-1039  (106920-107201)   100% ->
1040-1218  (109384-109562)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGGTGCTCCGACGGCCGGGGCAGCCCTGATGCTCTGCGCCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGGTGCTCCGACGGCCGGGGCAGCCCTGATGCTCTGCGCCGCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGTGCTACTGAGCGCTCAGGGCGGACCCGTGCAGTCCAAGTCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGTGCTACTGAGCGCTCAGGGCGGACCCGTGCAGTCCAAGTCGCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTTGCGTCCTGGGACGAGATGAATGTCCTGGCGCACGGACTCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTTTGCGTCCTGGGACGAGATGAATGTCCTGGCGCACGGACTCCTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCGGCCAGGGGCTGCGCGAACACGCGGAGCGCACCCGCAGTCAGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCGGCCAGGGGCTGCGCGAACACGCGGAGCGCACCCGCAGTCAGCTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCGCTGGAGCGGCGCCTGAGCGCGTGCGGGTCCGCCTGTCAGGGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCGCTGGAGCGGCGCCTGAGCGCGTGCGGGTCCGCCTGTCAGGGAACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGGGTCCACCGACCTCCCGTTAGCCCCTGAGAGCCGGGTGGACCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGGGTCCACCGACCTCCCGTTAGCCCCTGAGAGCCGGGTGGACCCTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTCCTTCACAGCCTGCAG         ACACAACTCAAGGCTCAGAACAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100301 GTCCTTCACAGCCTGCAGGTA...CAGACACAACTCAAGGCTCAGAACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGGATCCAGCAACTCTTCCACAAGGTGGCCCAGCAGCAGCGGCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101656 CAGGATCCAGCAACTCTTCCACAAGGTGGCCCAGCAGCAGCGGCACCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGAAGCAGCACCTGCGAATTCAGCATCTGCAAAGCCAG         TTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101706 AGAAGCAGCACCTGCGAATTCAGCATCTGCAAAGCCAGGTA...TAGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGCCTCCTGGACCACAAGCACCTAGACCATGAGGTGGCCAAGCCTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101884 GGCCTCCTGGACCACAAGCACCTAGACCATGAGGTGGCCAAGCCTGCCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AAGAAAGAGGCTGCCCGAGATGGCCCAGCCAGTTGACCCGGCTCACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101934 AAGAAAGAGGCTGCCCGAGATGGCCCAGCCAGTTGACCCGGCTCACAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCAGCCGCCTGCACC         GGCTGCCCAGGGATTGCCAGGAGCTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101984 TCAGCCGCCTGCACCGTG...CAGGGCTGCCCAGGGATTGCCAGGAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTCCAGGTTGGGGAGAGGCAGAGTGGACTATTTGAAATCCAGCCTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104924 TTCCAGGTTGGGGAGAGGCAGAGTGGACTATTTGAAATCCAGCCTCAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTCTCCGCCATTTTTGGTGAACTGCAAGATGACCTCAG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104974 GTCTCCGCCATTTTTGGTGAACTGCAAGATGACCTCAGGTA...CAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAGGCTGGACAGTAATTCAGAGGCGCCACGATGGCTCAGTGGACTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106738 GAGGCTGGACAGTAATTCAGAGGCGCCACGATGGCTCAGTGGACTTCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGGCCCTGGGAAGCCTACAAGGCGGGGTTTGGGGATCCCCACG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106788 CGGCCCTGGGAAGCCTACAAGGCGGGGTTTGGGGATCCCCACGGTA...C

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    758   GCGAGTTCTGGCTGGGTCTGGAGAAGGTGCATAGCATCACGGGGGACC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106918 AGGCGAGTTCTGGCTGGGTCTGGAGAAGGTGCATAGCATCACGGGGGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCAACAGCCGCCTGGCCGTGCAGCTGCGGGACTGGGATGGCAACGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106968 GCAACAGCCGCCTGGCCGTGCAGCTGCGGGACTGGGATGGCAACGCCGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTGCTGCAGTTCTCCGTGCACCTGGGTGGCGAGGACACGGCCTATAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107018 TTGCTGCAGTTCTCCGTGCACCTGGGTGGCGAGGACACGGCCTATAGCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCAGCTCACTGCACCCGTGGCCGGCCAGCTGGGCGCCACCACCGTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107068 GCAGCTCACTGCACCCGTGGCCGGCCAGCTGGGCGCCACCACCGTCCCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCAGCGGCCTCTCCGTACCCTTCTCCACTTGGGACCAGGATCACGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107118 CCAGCGGCCTCTCCGTACCCTTCTCCACTTGGGACCAGGATCACGACCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CGCAGGGACAAGAACTGCGCCAAGAGCCTCTCTG         GAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107168 CGCAGGGACAAGAACTGCGCCAAGAGCCTCTCTGGTG...CAGGAGGCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GTGGTTTGGCACCTGCAGCCATTCCAACCTCAACGGCCAGTACTTCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109391 GTGGTTTGGCACCTGCAGCCATTCCAACCTCAACGGCCAGTACTTCCGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCATCCCACAGCAGCGGCAGAAGCTTAAGAAGGGAATCTTCTGGAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109441 CCATCCCACAGCAGCGGCAGAAGCTTAAGAAGGGAATCTTCTGGAAGACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TGGCGGGGCCGCTACTACCCACTGCAGGCCACCACCATGTTGATCCAGCC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 109491 TGGCGGGGCCGCTACTACCCGCTGCAGGCCACCACCATGTTGATCCAGCC

   1250     .    :    .    :
   1197 CATGGCAGCAGAGGCAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||
 109541 CATGGCAGCAGAGGCAGCCTCC