seq1 = pF1KE4380.tfa, 1200 bp
seq2 = pF1KE4380/gi568815589r_85927820.tfa (gi568815589r:85927820_86179317), 251498 bp

>pF1KE4380 1200
>gi568815589r:85927820_86179317 (Chr9)

(complement)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-306  (101727-101906)   100% ->
307-361  (126727-126781)   100% ->
362-464  (132746-132848)   100% ->
465-594  (138450-138579)   100% ->
595-754  (142811-142970)   100% ->
755-1012  (143693-143950)   100% ->
1013-1126  (145923-146036)   100% ->
1127-1200  (151425-151498)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTTGGGAAACGGGCGTCGCAGCATGAAGTCGCCGCCCCTCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTTGGGAAACGGGCGTCGCAGCATGAAGTCGCCGCCCCTCGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGCCCTGGTGGCCTGCATCATCGTCTTGGGCTTCAACTACTGGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGCCCTGGTGGCCTGCATCATCGTCTTGGGCTTCAACTACTGGATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGAGCTCCCGGAGCGTGGACCTCCAG         ACACGGATCATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 CGAGCTCCCGGAGCGTGGACCTCCAGGTG...TAGACACGGATCATGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGAAGGCAGGGTCCGCAGGGCGGCTGCAGAGAGAGGCGCCGTGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101742 CTGGAAGGCAGGGTCCGCAGGGCGGCTGCAGAGAGAGGCGCCGTGGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAGAAGAACGAGTTCCAGGGAGAGCTGGAGAAGCAGCGGGAGCAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101792 GAAGAAGAACGAGTTCCAGGGAGAGCTGGAGAAGCAGCGGGAGCAGCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAAAATCCAGTCCAGCCACAACTTCCAGCTGGAGAGCGTCAACAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101842 ACAAAATCCAGTCCAGCCACAACTTCCAGCTGGAGAGCGTCAACAAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TACCAGGACGAAAAG         GCGGTTTTGGTGAATAACATCACCAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101892 TACCAGGACGAAAAGGCA...CAGGCGGTTTTGGTGAATAACATCACCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGTGAGAGGCTCATCCGAGTGCTGCAAG         ACCAGTTAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 126753 AGGTGAGAGGCTCATCCGAGTGCTGCAAGGTA...TAGACCAGTTAAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCTGCAGAGGAATTACGGCAGGCTGCAGCAGGATGTCCTCCAGTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132758 CCCTGCAGAGGAATTACGGCAGGCTGCAGCAGGATGTCCTCCAGTTTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGAACCAGACCAACCTGGAGAGGAAGTTCTCCTACGACCT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 132808 AAGAACCAGACCAACCTGGAGAGGAAGTTCTCCTACGACCTGTG...AAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAGCCAGTGCATCAATCAGATGAAGGAGGTGAAGGAACAGTGTGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138450 GAGCCAGTGCATCAATCAGATGAAGGAGGTGAAGGAACAGTGTGAGGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAATAGAAGAGGTCACCAAAAAGGGGAATGAAGCTGTAGCTTCCAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138500 GAATAGAAGAGGTCACCAAAAAGGGGAATGAAGCTGTAGCTTCCAGAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGAGTGAAAACAACGACCAGAGACAGCAG         CTCCAAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 138550 CTGAGTGAAAACAACGACCAGAGACAGCAGGTA...CAGCTCCAAGCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAGTGAGCCTCAGCCCAGGCTGCAGGCAGCAGGCCTGCCACACACAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142822 CAGTGAGCCTCAGCCCAGGCTGCAGGCAGCAGGCCTGCCACACACAGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCCACAAGGGAAGGGAAACGTGCTTGGTAACAGCAAGTCCCAGACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142872 TGCCACAAGGGAAGGGAAACGTGCTTGGTAACAGCAAGTCCCAGACACCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCCCCCAGTTCCGAAGTGGTTTTGGATTCAAAGAGACAAGTTGAGAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 142922 GCCCCCAGTTCCGAAGTGGTTTTGGATTCAAAGAGACAAGTTGAGAAAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755         AGGAAACCAATGAGATCCAGGTGGTGAATGAGGAGCCTCAGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142972 TA...CAGAGGAAACCAATGAGATCCAGGTGGTGAATGAGGAGCCTCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGGACAGGCTGCCGCAGGAGCCAGGCCGGGAGCAGGTGGTGGAAGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143735 GGGACAGGCTGCCGCAGGAGCCAGGCCGGGAGCAGGTGGTGGAAGACAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCTGTAGGTGGAAGAGGCTTCGGGGGAGCCGGAGAACTGGGCCAGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143785 CCTGTAGGTGGAAGAGGCTTCGGGGGAGCCGGAGAACTGGGCCAGACCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACAGGTGCAGGCTGCCCTGTCAGTGAGCCAGGAAAATCCAGAGATGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143835 ACAGGTGCAGGCTGCCCTGTCAGTGAGCCAGGAAAATCCAGAGATGGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCCCTGAGCGAGACCAGCTTGTCATCCCCGACGGACAGGAGGAGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143885 GCCCTGAGCGAGACCAGCTTGTCATCCCCGACGGACAGGAGGAGGAGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAAGCTGCCGGGGAAG         GGAGAAACCAGCAGAAACTGAGAGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 143935 GAAGCTGCCGGGGAAGGTG...CAGGGAGAAACCAGCAGAAACTGAGAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGAAGATGACTACAACATGGATGAAAATGAAGCAGAATCTGAGACAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145948 AGAAGATGACTACAACATGGATGAAAATGAAGCAGAATCTGAGACAGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGCAAGCAGCCCTGGCAGGGAATGACAGAAACATAGATG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 145998 AGCAAGCAGCCCTGGCAGGGAATGACAGAAACATAGATGGTA...TAGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTTAATGTTGAAGATCAGAAAAGAGACACCATAAATTTACTTGATCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151427 TTTAATGTTGAAGATCAGAAAAGAGACACCATAAATTTACTTGATCAGCG

   1250     .    :    .    :
   1179 TGAAAAGCGGAATCATACACTC
        ||||||||||||||||||||||
 151477 TGAAAAGCGGAATCATACACTC