seq1 = pF1KE4375.tfa, 1185 bp
seq2 = pF1KE4375/gi568815588r_80173784.tfa (gi568815588r:80173784_80389423), 215640 bp

>pF1KE4375 1185
>gi568815588r:80173784_80389423 (Chr10)

(complement)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-169  (103835-103912)   100% ->
170-292  (105386-105508)   100% ->
293-405  (108632-108744)   100% ->
406-549  (109108-109251)   99% ->
550-768  (112830-113048)   100% ->
769-951  (114225-114407)   98% ->
952-1085  (114771-114904)   100% ->
1086-1185  (115541-115640)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGGACCGGTGGATGGCTTGTGTGACCACTCTCTAAGTGAAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATGGACCGGTGGATGGCTTGTGTGACCACTCTCTAAGTGAAGGAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCATGTTCACATCGGAGTCTGTGGGAGAGGGACACCCGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 CTTCATGTTCACATCGGAGTCTGTGGGAGAGGGACACCCGGGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATAAGATCTGTGACCAGATCAGTGATGCAGTGCTGGATGCCCATCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103835 ATAAGATCTGTGACCAGATCAGTGATGCAGTGCTGGATGCCCATCTCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAAGACCCCAATGCCAAGGTGGCCTGTG         AGACAGTGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103885 CAAGACCCCAATGCCAAGGTGGCCTGTGGTA...CAGAGACAGTGTGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GACCGGCATGGTGCTGCTGTGTGGTGAGATCACCTCAATGGCCATGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105399 GACCGGCATGGTGCTGCTGTGTGGTGAGATCACCTCAATGGCCATGGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTACCAGCGGGTGGTGAGGGACACCATCAAGCACATCGGCTACGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105449 ACTACCAGCGGGTGGTGAGGGACACCATCAAGCACATCGGCTACGATGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCAGCCAAGG         GCTTTGACTTCAAGACTTGCAACGTGCTGGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 105499 TCAGCCAAGGGTG...TAGGCTTTGACTTCAAGACTTGCAACGTGCTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCTTTGGAGCAGCAATCCCCAGATATTGCCCAGTGCGTCCATCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108663 GGCTTTGGAGCAGCAATCCCCAGATATTGCCCAGTGCGTCCATCTGGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAAATGAGGAGGATGTGGGGGCAGGAGATCAG         GGTTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 108713 GAAATGAGGAGGATGTGGGGGCAGGAGATCAGGTA...CAGGGTTTGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCGGCTATGCCACCGACGAGACAGAGGAGTGCATGCCCCTCACCATCAT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109117 TTCGGCTATGCTACCGACGAGACAGAGGAGTGCATGCCCCTCACCATCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTTGCTCACAAGCTCAACGCCCGGATGGCAGACCTCAGGCGCTCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109167 CCTTGCTCACAAGCTCAACGCCCGGATGGCAGACCTCAGGCGCTCCGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCTCCCCTGGCTGCGGCCTGACTCTAAGACTCAG         GTGACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109217 TCCTCCCCTGGCTGCGGCCTGACTCTAAGACTCAGGTG...CAGGTGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTTCAGTACATGCAGGACAATGGCGCAGTCATCCCTGTGCGCATCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112836 GTTCAGTACATGCAGGACAATGGCGCAGTCATCCCTGTGCGCATCCACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATCGTCATCTCTGTGCAGCACAACGAAGACATCACGCTGGAGGAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112886 CATCGTCATCTCTGTGCAGCACAACGAAGACATCACGCTGGAGGAGATGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCAGGGCCCTGAAGGAGCAAGTCATCAGGGCCGTGGTGCCGGCCAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112936 GCAGGGCCCTGAAGGAGCAAGTCATCAGGGCCGTGGTGCCGGCCAAGTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGACGAAGACACCGTCTACCACCTGCAGCCCAGTGGGCGGTTTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112986 CTGGACGAAGACACCGTCTACCACCTGCAGCCCAGTGGGCGGTTTGTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGGAGGTCCCCAG         GGGGATGCGGGTGTCACTGGCCGTAAGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 113036 CGGAGGTCCCCAGGTG...CAGGGGGATGCGGGTGTCACTGGCCGTAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTATTGTGGACACCTATGGCGGCTGGGGGGCTCATGGTGGTGGGGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114253 TTATTGTGGACACCTATGGCGGCTGGGGGGCTCATGGTGGTGGGGCCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCTGGGAAGGACTACACCAAGGTGGACCGCTCAGCCGCTTATGCTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||
 114303 TCTGGGAAGGACTACACCAAGGTAGACCGCTCAGCTGCATATGCTGCCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTGGGTGGCCAAGTCTCTGGTGAAAGCAGGGCTCTGCCGGAGAGTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114353 CTGGGTGGCCAAGTCTCTGGTGAAAGCAGGGCTCTGCCGGAGAGTGCTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCCAG         GTTTCCTATGCCATTGGTGTGGCCGAGCCGCTGTCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114403 TCCAGGTA...AAGGTTTCCTATGCCATTGGTGTGGCCGAGCCGCTGTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATTTCCATCTTCACCTACGGAACCTCTCAGAAGACAGAGCGAGAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114807 ATTTCCATCTTCACCTACGGAACCTCTCAGAAGACAGAGCGAGAGCTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGATGTGGTGCATAAGAACTTCGACCTCCGGCCGGGCGTCATTGTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114857 GGATGTGGTGCATAAGAACTTCGACCTCCGGCCGGGCGTCATTGTCAGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1086        GGATTTGGACTTGAAGAAGCCCATCTACCAGAAGACAGCATGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114907 A...CAGGGATTTGGACTTGAAGAAGCCCATCTACCAGAAGACAGCATGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TACGGCCATTTCGGAAGAAGCGAGTTCCCATGGGAGGTTCCCAGGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115584 TACGGCCATTTCGGAAGAAGCGAGTTCCCATGGGAGGTTCCCAGGAAGCT

   1250     .
   1179 TGTATTT
        |||||||
 115634 TGTATTT