seq1 = pF1KE4373.tfa, 1173 bp
seq2 = pF1KE4373/gi568815597r_88882657.tfa (gi568815597r:88882657_89083826), 201170 bp

>pF1KE4373 1173
>gi568815597r:88882657_89083826 (Chr1)

(complement)

1-1173  (100001-101170)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTGAAGCAGATCGCCCAGGAAAGCTCTTCATTGGTGGGCTTAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTGAAGCAGATCGCCCAGGAAAGCTCTTCATTGGTGGGCTTAATAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAACAAATGAGAAAGCTCTTGAAGCAGTATTTGGCAAATATGGACGAA
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAACAAATGAGAAAGCTCTTGAAACAGTATTTGGCAAATATGGACGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGTGGAAGTACTCTTGATGAAAGACCGTGAAACCAACAAATCAAGAGGA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAGTGGAAGTACTCTTGATAAAAGACCGTGAAACCAACAAATCAAGAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTGCTTTTGTCACCTTTGAAAGCCCAGCAGACGCTAAGGATGCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTGCTTTTGTCACCTTTGAAAGCCCAGCAGACGCTAAGGATGCAGCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGACATGAATGGAAAGTCATTAGATGGAAAAGCCATCAAGGTGGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGACATGAATGGAAAGTCATTAGATGGAAAAGCCATCAAGGTGGAACAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCACCAAACCATCATTTGAAAGTGGTAGACGTGGACCGCCTCCACCTCCA
        |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||
 100251 CCACCAAACCATCATTTGAAAGAGGTAGACATGGACCGCCCCCACCTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGAAGTAGAGGCCCTCCAAGAGGTCTTAGAGGTGGAAGAGGAGGAAGTGG
        ||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||
 100301 AGAAGTAGAGGTCCTCCAAGAGGTTTTGGAGCTGGAAGAGGAGGAAGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGGAACCAGGGGACCTCCCTCACGGGGAGGACACATGGATGACGGTGGAT
        |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||
 100351 AGGAACCAGGGGACCTCCTTCACGAGGAGGACACATGGATGATGGTGGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATTCCATGAATTTTAACATGAGTTCTTCCAGGGGACCACTCCCAGTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATTCCATGAATTTTAACATGAGTTCTTCCAGGGGACCACTCCCAGTAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGAGGACCACCACCAAGAAGTGGGGGTCCTCCTCCTAAGAGATCTGCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100451 AGAGGACCACCACCAAGAAGTGGGGGTCCTTCTCCTAAGAGATCTGCACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTCAGGACCAGTTCGCAGTAGCAGTGGAATGGGAGGAAGAGCTCCTGTAT
        |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
 100501 TTCAGGACTAGTTCGCAGCAGCAGTGGAATGGGAGGAAGAGCTCCTCTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CACGTGGAAGAGATAGTTATGGAGGTCCACCTCGAAGGGAACCGCTGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100551 CACGTGGAAGAGATAGTTATGGAGGTCCACCTCGAAGGGAACCGCTCCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCTCGTAGAGATGTTTATTTGTCCCCAAGAGATGATGGGTATTCTACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCTCGTAGAGATGTTTATTTGTCCCCAAGAGATGATGGGTATTCTACTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGACAGCTATTCAAGCAGAGATTACCCAAGTTCTCGTGATACTAGAGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100651 AGACAGCTATTCAAGCAGAGATTACCCAAGTTCTCGTGATACAAGAGATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATGCACCACCACCACGAGATTATACTTACCGTGATTATGGTCATTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATGCACCACCACCACGAGATTATACTTACCGTGATTATGGTCATTCCAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCACGTGATGACTATCCATCAAGAGGATATAGCGATAGAGATGGATATGG
        |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
 100751 TCACGTGATGACTATCCATCAAGAGGCTATGGCGATAGAGATGGATATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCGTGATCGTGACTATTCAGATCATCCAAGTGGAGGTTCCTACAGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCGTGATCGTGACTATTCAGATCATCCAAGTGGAGGTTCCTACAGAGATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CATATGAGAGTTATGGTAACTCACGTAGTGCTCCACCTACACGAGGGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100851 CATATGAGAGTTATGGTAACTCACGTAGTGCTCCACTTACACGAGGGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CCGCCATCTTATGGTGGAAGCAGTCGCTATGATGATTACAGCAGCTCACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100901 CCGCCATCTTATGGTGGAAGCAGTCGCTATGATGATTATAGCAGCTCACG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGACGGATATGGTGGAAGTCGAGACAGTTACTCAAGCAGCCGAAGTGATC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGATGGATATGGTGGAAGTCGAGACAGTTACTCAAGCAGCCGAAGTGATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TCTACTCAAGTGGTCGTGATCGGGTTGGCAGACAAGAAAGAGGGCTTCCC
        |||||||||||--|-||||  |||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TCTACTCAAGT  T GTGACAGGGTTGGCAGACAAGAAAGAGGGCTTCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CCTTCTATGGAAAGGGGGTACCCTCCTCCACGTGATTCCTACAGCAGTTC
        |||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
 101048 CCTTCTGTAGAAAGGGGGTACCCTTCTTCACGTGATTCCTACAGCAGTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AAGCCGCGGAGCACCAAGAGGTGGTGGCCGTGGAGGAAGCCGATCTGATA
        ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
 101098 AAGCCGCGGAGCACCAAGAGGTGCTGGCCCTGGAGGAAGCCGATCTGATA

   1150     .    :    .    :
   1151 GAGGGGGAGGCAGAAGCAGATAC
        |||||||||||||||||||||||
 101148 GAGGGGGAGGCAGAAGCAGATAC