seq1 = pF1KE4371.tfa, 1170 bp
seq2 = pF1KE4371/gi568815583f_75248906.tfa (gi568815583f:75248906_75455031), 206126 bp

>pF1KE4371 1170
>gi568815583f:75248906_75455031 (Chr15)

1-434  (100001-100434)   100% ->
435-554  (103206-103325)   100% ->
555-618  (103419-103482)   100% ->
619-718  (103697-103796)   100% ->
719-846  (104834-104961)   98% ->
847-874  (105345-105372)   100% ->
875-936  (105526-105587)   100% ->
937-1102  (105748-105913)   100% ->
1103-1170  (106059-106126)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGAGGGCCCCGAGCTGCACCTGGCCAGCCAGTTTGTGAATGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGAGGGCCCCGAGCTGCACCTGGCCAGCCAGTTTGTGAATGAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCAGGGCGCTGGTGTTCGGCGGCTGCGTGGAGAAGTCCTCTGTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCAGGGCGCTGGTGTTCGGCGGCTGCGTGGAGAAGTCCTCTGTCAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAACCCTGAGGTGCCCTTTGAGAGCAGTGCCTACCGCATCTCAGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAACCCTGAGGTGCCCTTTGAGAGCAGTGCCTACCGCATCTCAGCTTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCCGCGGCAAGGAGCTGCGCCTGATACTGAGCCCTCTGCCTGGGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCCGCGGCAAGGAGCTGCGCCTGATACTGAGCCCTCTGCCTGGGGCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCCCAACAGGAGCCACTGGCCCTGGTCTTCCGCTTCGGCATGTCCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCCCAACAGGAGCCACTGGCCCTGGTCTTCCGCTTCGGCATGTCCGGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTTTTCAGCTGGTGCCCCGCGAGGAGCTGCCACGCCATGCCCACCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTTTTCAGCTGGTGCCCCGCGAGGAGCTGCCACGCCATGCCCACCTGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTTACACGGCCCCGCCTGGCCCCCGGCTCGCCCTATGTTTCGTGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTTACACGGCCCCGCCTGGCCCCCGGCTCGCCCTATGTTTCGTGGACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCGCCGGTTCGGCCGCTGGGACCTTGGGGGAAAGTGGCAGCCGGGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCGCCGGTTCGGCCGCTGGGACCTTGGGGGAAAGTGGCAGCCGGGCCGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGCCCTGTGTCTTGCAGGAGTACCAGCAGTTCAG         GGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100401 GGCCCTGTGTCTTGCAGGAGTACCAGCAGTTCAGGTA...CAGGGAGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTGCTACGAAACCTAGCGGATAAGGCCTTTGACCGGCCCATCTGCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103213 GTGCTACGAAACCTAGCGGATAAGGCCTTTGACCGGCCCATCTGCGAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTCCTGGACCAGAGGTTCTTCAATGGCATTGGCAACTATCTGCGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103263 CCTCCTGGACCAGAGGTTCTTCAATGGCATTGGCAACTATCTGCGGGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGATCCTGTACCG         GCTGAAGATCCCCCCCTTTGAGAAGGCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103313 AGATCCTGTACCGGTC...CAGGCTGAAGATCCCCCCCTTTGAGAAGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGCTCGGTCCTGGAGGCCCTGCAGCAGCACAGGCCG         AGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103447 CGCTCGGTCCTGGAGGCCCTGCAGCAGCACAGGCCGGTA...CAGAGCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGAGCTGACCCTGAGCCAGAAGATAAGGACCAAGCTGCAGAATCCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103702 GGAGCTGACCCTGAGCCAGAAGATAAGGACCAAGCTGCAGAATCCAGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGCTGGAGCTATGTCACTCAGTGCCCAAGGAAGTGGTCCAGTTGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103752 TGCTGGAGCTATGTCACTCAGTGCCCAAGGAAGTGGTCCAGTTGGGTG..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    719     GGGGCAGGGGCTACGGGTCAGAGAGCGGGGAGGAGGACTTTGCTGC
        .>>>||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103802 .CAGGGGGCAAAGGCTACGGGTCAGAGAGCGGGGAGGAGGACTTTGCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTTTCGAGCCTGGCTGCGCTGCTATGGCATGCCAGGCATGAGCTCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104880 CTTTCGAGCCTGGCTGCGCTGCTATGGCATGCCAGGCATGAGCTCCCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGGACCGGCATGGCCGTACCATCTGGTTCCAG         GGGGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104930 AGGACCGGCATGGCCGTACCATCTGGTTCCAGGTT...TAGGGGGATCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGACCGTTGGCACCCAAAG         GGCGCAAGTCCCGCAAAAAGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105354 GGACCGTTGGCACCCAAAGGTA...CAGGGCGCAAGTCCCGCAAAAAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATCCAAGGCCACACAGCTGAGTCCTGAGGACAGAGTGGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105548 ATCCAAGGCCACACAGCTGAGTCCTGAGGACAGAGTGGAGGTA...CAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACGCTTTGCCTCCAAGCAAGGCCCCTTCCAGGACACGAAGGGCAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105749 ACGCTTTGCCTCCAAGCAAGGCCCCTTCCAGGACACGAAGGGCAAAGAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GACCTTCCTAAGAGGACTGCAACCCAGCGGCCTGAGGGGACCAGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105799 GACCTTCCTAAGAGGACTGCAACCCAGCGGCCTGAGGGGACCAGCCTCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCAGGACCCAGAAGCTCCCACAGTGCCCAAGAAGGGGAGGAGGAAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105849 GCAGGACCCAGAAGCTCCCACAGTGCCCAAGAAGGGGAGGAGGAAGGGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GACAGGCAGCCTCTG         GCCACTGCAGACCCCGGAAGGTCAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105899 GACAGGCAGCCTCTGGTG...CAGGCCACTGCAGACCCCGGAAGGTCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCTGACATCCCATCCTTGGAACCAGAGGGGACCTCAGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106085 GCTGACATCCCATCCTTGGAACCAGAGGGGACCTCAGCCTCT