seq1 = pF1KE4361.tfa, 1140 bp
seq2 = pF1KE4361/gi568815592r_31852304.tfa (gi568815592r:31852304_32058446), 206143 bp

>pF1KE4361 1140
>gi568815592r:31852304_32058446 (Chr6)

(complement)

1-75  (100001-100075)   100% ->
76-145  (101437-101506)   100% ->
146-291  (101609-101754)   100% ->
292-366  (103154-103228)   100% ->
367-404  (103351-103388)   100% ->
405-742  (103555-103892)   100% ->
743-887  (104005-104149)   100% ->
888-942  (104313-104367)   100% ->
943-1045  (104616-104718)   100% ->
1046-1140  (106049-106143)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGGTGATACCCCCCGGACTGAGCGAGGAAGAGGAGGCTCTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGGTGATACCCCCCGGACTGAGCGAGGAAGAGGAGGCTCTGCAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAATTCAACAAGCTCAAGAAAAAG         AAAAAGGCATTGCTGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 GAAATTCAACAAGCTCAAGAAAAAGGTG...CAGAAAAAGGCATTGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCTGAAGAAGCAAAGTAGCAGCAGCACAACCAGCCAAGGTGGTGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101453 CTCTGAAGAAGCAAAGTAGCAGCAGCACAACCAGCCAAGGTGGTGTCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCT         CACTATCAGAGCAGCCTGTCATGGACACAGCCACAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101503 CGCTGTG...CAGCACTATCAGAGCAGCCTGTCATGGACACAGCCACAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AACAGAGCAGGCAAAGCAGCTGGTGAAGTCAGGAGCCATCAGTGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101646 AACAGAGCAGGCAAAGCAGCTGGTGAAGTCAGGAGCCATCAGTGCCATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGCTGAGACCAAGAACTCAGGCTTCAAGCGTTCTCGAACCCTTGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101696 AGGCTGAGACCAAGAACTCAGGCTTCAAGCGTTCTCGAACCCTTGAGGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGTTAAAG         GACCCCGAGAAGGGACCAGTCCCCACTTTCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101746 AAGTTAAAGGTG...CAGGACCCCGAGAAGGGACCAGTCCCCACTTTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCCGTTCCAGAGGAGCATATCTGCTGATGATGACCTGCAAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103186 GCCGTTCCAGAGGAGCATATCTGCTGATGATGACCTGCAAGAGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367   TCATCCAGACGTCCCCAGAGGAAATCTCTGTATGAGAG         C
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103349 AGTCATCCAGACGTCCCCAGAGGAAATCTCTGTATGAGAGGTT...CAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TTTGTGTCTTCTAGTGATCGACTTCGAGAACTAGGACCAGATGGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103556 TTTGTGTCTTCTAGTGATCGACTTCGAGAACTAGGACCAGATGGAGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGCAGAGGGCCCAGGGGCTGGTGATGGTCCCCCTCGAAGCTTTGACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103606 GGCAGAGGGCCCAGGGGCTGGTGATGGTCCCCCTCGAAGCTTTGACTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCTATGAAGAACGCAGTGGTGCCCACTCCTCAGCCTCCCCTCCCCGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103656 GCTATGAAGAACGCAGTGGTGCCCACTCCTCAGCCTCCCCTCCCCGAAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGCAGCCGGGACCGCAGCCATGAGAGGAACCGGGACAGAGACCGAGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103706 CGCAGCCGGGACCGCAGCCATGAGAGGAACCGGGACAGAGACCGAGATCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGAGCGGGATCGAGACCGGGATCGAGACAGAGACAGAGAGCGGGACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103756 GGAGCGGGATCGAGACCGGGATCGAGACAGAGACAGAGAGCGGGACAGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATCGGGATCGGGATCGAGATCGAGACCGGGAACGGGACAGGGATCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103806 ATCGGGATCGGGATCGAGATCGAGACCGGGAACGGGACAGGGATCGGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGGGATCGAGACCGAGACCGAGAGGGTCCTTTCCGCA         GGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103856 CGGGATCGAGACCGAGACCGAGAGGGTCCTTTCCGCAGTG...AAGGGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGATTCATTCCCTGAACGGCGAGCCCCTAGGAAAGGGAATACTCTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104009 GGATTCATTCCCTGAACGGCGAGCCCCTAGGAAAGGGAATACTCTCTATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TATATGGAGAAGACATGACACCCACCCTTCTCCGTGGGGCCTTCTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104059 TATATGGAGAAGACATGACACCCACCCTTCTCCGTGGGGCCTTCTCTCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTGGAAACATCATTGACCTCTCCATGGACCCACCCAGAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104109 TTTGGAAACATCATTGACCTCTCCATGGACCCACCCAGAAAGTA...CAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTGTGCCTTCGTCACCTATGAAAAGATGGAGTCAGCAGATCAGGCCGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104313 CTGTGCCTTCGTCACCTATGAAAAGATGGAGTCAGCAGATCAGGCCGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGAG         CTCAACGGGACCCAGGTGGAGTCTGTACAGCTCAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104363 CTGAGGTT...CAGCTCAACGGGACCCAGGTGGAGTCTGTACAGCTCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTCAACATAGCCCGAAAACAGCCCATGCTGGATGCCGCTACTGGCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104652 GTCAACATAGCCCGAAAACAGCCCATGCTGGATGCCGCTACTGGCAAGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGTCTGGGGCTCCCTCG         CTGTCCAGAACAGCCCTAAGGGTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104702 TGTCTGGGGCTCCCTCGGTA...TAGCTGTCCAGAACAGCCCTAAGGGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCCACCGGGACAAGAGGACCCAGATTGTCTACAGTGATGACGTCTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106073 GCCACCGGGACAAGAGGACCCAGATTGTCTACAGTGATGACGTCTACAAG

   1200     .    :    .    :
   1120 GAAAACCTTGTGGATGGCTTC
        |||||||||||||||||||||
 106123 GAAAACCTTGTGGATGGCTTC