seq1 = pF1KE4360.tfa, 1137 bp
seq2 = pF1KE4360/gi568815589f_34546705.tfa (gi568815589f:34546705_34750446), 203742 bp

>pF1KE4360 1137
>gi568815589f:34546705_34750446 (Chr9)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-252  (100385-100554)   100% ->
253-328  (100788-100863)   100% ->
329-377  (100953-101001)   100% ->
378-507  (101128-101257)   100% ->
508-564  (101411-101467)   100% ->
565-687  (101630-101752)   100% ->
688-820  (102058-102190)   100% ->
821-904  (102294-102377)   100% ->
905-1059  (102706-102860)   99% ->
1060-1137  (103665-103742)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCGCAGTGGAACCGATCCTCAGCAACGCCAGCAGGCGTCAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGCGCAGTGGAACCGATCCTCAGCAACGCCAGCAGGCGTCAGAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACGCCGCAGCAGCAACCTTCCGGGCAAACG         ACCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 GGACGCCGCAGCAGCAACCTTCCGGGCAAACGGTA...CAGACCATCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATATCCGCTACAACCCGCTGCAGGATGAGTGGGTGCTGGTGTCAGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100394 ATATCCGCTACAACCCGCTGCAGGATGAGTGGGTGCTGGTGTCAGCTCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCATGAAGCGGCCCTGGCAGGGTCAAGTGGAGCCCCAGCTTCTGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100444 CGCATGAAGCGGCCCTGGCAGGGTCAAGTGGAGCCCCAGCTTCTGAAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTGCCCCGCCATGACCCTCTCAACCCTCTGTGTCCTGGGGCCATCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100494 AGTGCCCCGCCATGACCCTCTCAACCCTCTGTGTCCTGGGGCCATCCGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAACGGAGAG         GTGAATCCCCAGTACGATAGCACCTTCCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100544 CCAACGGAGAGGTA...TAGGTGAATCCCCAGTACGATAGCACCTTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTGACAACGACTTCCCAGCTCTGCAGCCTGATGCCCCCAGTCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100818 TTTGACAACGACTTCCCAGCTCTGCAGCCTGATGCCCCCAGTCCAGGTA.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    329      GACCCAGTGATCATCCCCTTTTCCAAGCAAAGTCTGCTCGAGGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100868 ..CAGGACCCAGTGATCATCCCCTTTTCCAAGCAAAGTCTGCTCGAGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTG         TAAGGTCATGTGCTTCCACCCCTGGTCGGATGTAACG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100998 TCTGGTA...CAGTAAGGTCATGTGCTTCCACCCCTGGTCGGATGTAACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGCCACTCATGTCGGTCCCTGAGATCCGGGCTGTTGTTGATGCATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101165 CTGCCACTCATGTCGGTCCCTGAGATCCGGGCTGTTGTTGATGCATGGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTCAGTCACAGAGGAGCTGGGTGCCCAGTACCCTTGGGTGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101215 CTCAGTCACAGAGGAGCTGGGTGCCCAGTACCCTTGGGTGCAGGTT...T

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    508   ATCTTTGAAAACAAAGGTGCCATGATGGGCTGTTCTAACCCCCACCCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101409 AGATCTTTGAAAACAAAGGTGCCATGATGGGCTGTTCTAACCCCCACCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CACTGCCAG         GTATGGGCCAGCAGTTTCCTGCCAGATATTGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101459 CACTGCCAGGTA...CAGGTATGGGCCAGCAGTTTCCTGCCAGATATTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCAGCGTGAGGAGCGATCTCAGCAGGCCTATAAGAGTCAGCATGGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101662 CCAGCGTGAGGAGCGATCTCAGCAGGCCTATAAGAGTCAGCATGGAGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCCTGCTAATGGAGTACAGCCGCCAGGAGCTACTCAGGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101712 CCCTGCTAATGGAGTACAGCCGCCAGGAGCTACTCAGGAAGGTG...TAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAACGTCTGGTCCTAACCAGTGAGCACTGGTTAGTACTGGTCCCCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102058 GAACGTCTGGTCCTAACCAGTGAGCACTGGTTAGTACTGGTCCCCTTCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGCAACATGGCCCTACCAGACACTGCTGCTGCCCCGTCGGCATGTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102108 GGCAACATGGCCCTACCAGACACTGCTGCTGCCCCGTCGGCATGTGCGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGCTACCTGAGCTGACCCCTGCTGAGCGTGATG         ATCTAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102158 GGCTACCTGAGCTGACCCCTGCTGAGCGTGATGGTC...CAGATCTAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TCCATCATGAAGAAGCTCTTGACCAAGTATGACAACCTCTTTGAGACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102302 TCCATCATGAAGAAGCTCTTGACCAAGTATGACAACCTCTTTGAGACGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTTTCCCTACTCCATGGGCTGGCATG         GGGCTCCCACAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102352 CTTTCCCTACTCCATGGGCTGGCATGGTG...CAGGGGCTCCCACAGGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CAGAGGCTGGGGCCAACTGGGACCATTGGCAGCTGCACGCTCATTACTAC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 102721 CAGAGGCTGGGGCCAACTGGAACCATTGGCAGCTGCACGCTCATTACTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCTCCGCTCCTGCGCTCTGCCACTGTCCGGAAATTCATGGTTGGCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102771 CCTCCGCTCCTGCGCTCTGCCACTGTCCGGAAATTCATGGTTGGCTACGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AATGCTTGCTCAGGCTCAGAGGGACCTCACCCCTGAGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102821 AATGCTTGCTCAGGCTCAGAGGGACCTCACCCCTGAGCAGGTC...CAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CTGCAGAGAGACTAAGGGCACTTCCTGAGGTTCATTACCACCTGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103666 CTGCAGAGAGACTAAGGGCACTTCCTGAGGTTCATTACCACCTGGGGCAG

   1200     .    :    .    :    .
   1111 AAGGACAGGGAGACAGCAACCATCGCC
        |||||||||||||||||||||||||||
 103716 AAGGACAGGGAGACAGCAACCATCGCC