seq1 = pF1KE4354.tfa, 1113 bp
seq2 = pF1KE4354/gi568815575r_1090900.tfa (gi568815575r:1090900_1312634), 221735 bp

>pF1KE4354 1113
>gi568815575r:1090900_1312634 (ChrX)

(complement)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-182  (103727-103829)   100% ->
183-349  (106036-106202)   100% ->
350-483  (110100-110233)   100% ->
484-646  (113911-114073)   100% ->
647-767  (115735-115855)   100% ->
768-852  (119333-119417)   100% ->
853-1113  (121475-121735)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCGGCTGGTTCTGCTGTGGGGAGCTGCCGTCTTTCTGCTGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCGGCTGGTTCTGCTGTGGGGAGCTGCCGTCTTTCTGCTGGGAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGATGGCTTTGGGGCAAGGAGGAGCAG         CAGAAGGAGTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 CTGGATGGCTTTGGGGCAAGGAGGAGCAGGTA...TAGCAGAAGGAGTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGATTCAGATCATCTACTTCAATTTAGAAACCGTGCAGGTGACATGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103739 AGATTCAGATCATCTACTTCAATTTAGAAACCGTGCAGGTGACATGGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCAGCAAATACTCCAGGACCAACCTGACTTTCCACTACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103789 GCCAGCAAATACTCCAGGACCAACCTGACTTTCCACTACAGGTA...CAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATTCAACGGTGATGAGGCCTATGACCAGTGCACCAACTACCTTCTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106036 ATTCAACGGTGATGAGGCCTATGACCAGTGCACCAACTACCTTCTCCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGGTCACACTTCGGGGTGCCTCCTAGACGCAGAGCAGCGAGACGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106086 AAGGTCACACTTCGGGGTGCCTCCTAGACGCAGAGCAGCGAGACGACATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCTATTTCTCCATCAGGAATGGGACGCACCCCGTTTTCACCGCAAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106136 CTCTATTTCTCCATCAGGAATGGGACGCACCCCGTTTTCACCGCAAGTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGGATGGTTTATTACC         TGAAACCCAGTTCCCCGAAGCACG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106186 CTGGATGGTTTATTACCGTA...CAGTGAAACCCAGTTCCCCGAAGCACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGAGATTTTCGTGGCATCAGGATGCAGTGACGGTGACGTGTTCTGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110124 TGAGATTTTCGTGGCATCAGGATGCAGTGACGGTGACGTGTTCTGACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCCTACGGGGATCTCCTCTATGAGGTTCAGTACCGGAGCCCCTTCGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110174 TCCTACGGGGATCTCCTCTATGAGGTTCAGTACCGGAGCCCCTTCGACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGAGTGGCAG         TCCAAACAGGAAAATACCTGCAACGTCACCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 110224 CGAGTGGCAGGTG...CAGTCCAAACAGGAAAATACCTGCAACGTCACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TAGAAGGCTTGGATGCCGAGAAGTGTTACTCTTTCTGGGTCAGGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113942 TAGAAGGCTTGGATGCCGAGAAGTGTTACTCTTTCTGGGTCAGGGTGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCTATGGAGGATGTATATGGGCCAGACACATACCCAAGCGACTGGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113992 GCTATGGAGGATGTATATGGGCCAGACACATACCCAAGCGACTGGTCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGTGACATGCTGGCAGAGAGGCGAGATTCGGG         ATGCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 114042 GGTGACATGCTGGCAGAGAGGCGAGATTCGGGGTA...CAGATGCCTGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGAGACACCAACGCCTCCCAAACCAAAGCTGTCCAAATTTATTTTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115744 CAGAGACACCAACGCCTCCCAAACCAAAGCTGTCCAAATTTATTTTAATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCCAGCCTGGCCATCCTTCTGATGGTGTCTCTCCTCCTTCTGTCTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115794 TCCAGCCTGGCCATCCTTCTGATGGTGTCTCTCCTCCTTCTGTCTTTATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAAATTATGGAG         AGTGAAGAAGTTTCTCATTCCCAGCGTGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 115844 GAAATTATGGAGGTA...CAGAGTGAAGAAGTTTCTCATTCCCAGCGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAGACCCGAAATCCATCTTCCCCGGGCTCTTTGAGATACACCAAGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119362 CAGACCCGAAATCCATCTTCCCCGGGCTCTTTGAGATACACCAAGGGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTCCAG         GAGTGGATCACAGACACCCAGAACGTGGCCCACCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119412 TTCCAGGTA...TAGGAGTGGATCACAGACACCCAGAACGTGGCCCACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCACAAGATGGCAGGTGCAGAGCAAGAAAGTGGCCCTGAGGAGCCCCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 121510 CCACAAGATGGCAGGTGCAGAGCAAGAAAGTGGCCCCGAGGAGCCCCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGTCCAGTTGGCCAAGACTGAAGCCGAGTCTCCCAGGATGCTGGACCCA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121560 TAGTCCAGTTGGCCAAGACTGAAGCCGAGTCTCCCAGGATGCTGGACCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAGACCGAGGAGAAAGAGGCCTCTGGGGGATCCCTCCAGCTTCCCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121610 CAGACCGAGGAGAAAGAGGCCTCTGGGGGATCCCTCCAGCTTCCCCACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCCCCTCCAAGGTGGTGATGTGGTCACAATCGGGGGCTTCACCTTTGTGA
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121660 GCCCCTCCAAGGCGGTGATGTGGTCACAATCGGGGGCTTCACCTTTGTGA

   1150     .    :    .    :    .
   1088 TGAATGACCGCTCCTACGTGGCGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||
 121710 TGAATGACCGCTCCTACGTGGCGTTG