seq1 = pF1KE4345.tfa, 1083 bp
seq2 = pF1KE4345/gi568815587f_118988254.tfa (gi568815587f:118988254_119193280), 205027 bp

>pF1KE4345 1083
>gi568815587f:118988254_119193280 (Chr11)

1-33  (96781-96813)   100% ->
34-87  (100002-100055)   100% ->
88-160  (100382-100454)   100% ->
161-210  (100829-100878)   100% ->
211-266  (100964-101019)   100% ->
267-344  (101430-101507)   100% ->
345-422  (101737-101814)   100% ->
423-498  (101937-102012)   100% ->
499-612  (103160-103273)   100% ->
613-651  (103872-103910)   100% ->
652-771  (104151-104270)   100% ->
772-825  (104505-104558)   100% ->
826-912  (104682-104768)   100% ->
913-1083  (104857-105027)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGGTAACGGCAATGCGGCTGCAACGGCG         GAAGAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  96781 ATGTCTGGTAACGGCAATGCGGCTGCAACGGCGGTG...CAGGAAGAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAGCCCAAAGATGAGAGTGATTCGCGTGGGTACCCGCAAGAGCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100010 CAGCCCAAAGATGAGAGTGATTCGCGTGGGTACCCGCAAGAGCCAGGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     88      CTTGCTCGCATACAGACGGACAGTGTGGTGGCAACATTGAAAGCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100060 ..CAGCTTGCTCGCATACAGACGGACAGTGTGGTGGCAACATTGAAAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCGTACCCTGGCCTGCAGTTTGAAATCA         TTGCTATGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100427 TCGTACCCTGGCCTGCAGTTTGAAATCAGTG...CAGTTGCTATGTCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CACAGGGGACAAGATTCTTGATACTGCACTCTCTAAG         ATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100842 CACAGGGGACAAGATTCTTGATACTGCACTCTCTAAGGTA...CAGATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 GAGAGAAAAGCCTGTTTACCAAGGAGCTTGAACATGCCCTGGAGAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100968 GAGAGAAAAGCCTGTTTACCAAGGAGCTTGAACATGCCCTGGAGAAGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GA         AGTGGACCTGGTTGTTCACTCCTTGAAGGACCTGCCCAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101018 GAGTA...TAGAGTGGACCTGGTTGTTCACTCCTTGAAGGACCTGCCCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 TGTGCTTCCTCCTGGCTTCACCATCGGAGCCATCTGCAA         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101469 TGTGCTTCCTCCTGGCTTCACCATCGGAGCCATCTGCAAGTA...CAGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347 GGGAAAACCCTCATGATGCTGTTGTCTTTCACCCAAAATTTGTTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101739 GGGAAAACCCTCATGATGCTGTTGTCTTTCACCCAAAATTTGTTGGGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 ACCCTAGAAACCCTGCCAGAGAAGAG         TGTGGTGGGAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101789 ACCCTAGAAACCCTGCCAGAGAAGAGGTA...CAGTGTGGTGGGAACCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    438 CTCCCTGCGAAGAGCAGCCCAGCTGCAGAGAAAGTTCCCGCATCTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101952 CTCCCTGCGAAGAGCAGCCCAGCTGCAGAGAAAGTTCCCGCATCTGGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 TCAGGAGTATT         CGGGGAAACCTCAACACCCGGCTTCGGAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102002 TCAGGAGTATTGTA...CAGCGGGGAAACCTCAACACCCGGCTTCGGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529 CTGGACGAGCAGCAGGAGTTCAGTGCCATCATCCTGGCAACAGCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103190 CTGGACGAGCAGCAGGAGTTCAGTGCCATCATCCTGGCAACAGCTGGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 GCAGCGCATGGGCTGGCACAACCGGGTGGGGCAG         ATCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103240 GCAGCGCATGGGCTGGCACAACCGGGTGGGGCAGGTA...CAGATCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 ACCCTGAGGAATGCATGTATGCTGTGGGCCAG         GGGGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103879 ACCCTGAGGAATGCATGTATGCTGTGGGCCAGGTA...CAGGGGGCCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661 GGCGTGGAAGTGCGAGCCAAGGACCAGGACATCTTGGATCTGGTGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104160 GGCGTGGAAGTGCGAGCCAAGGACCAGGACATCTTGGATCTGGTGGGTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 GCTGCACGATCCCGAGACTCTGCTTCGCTGCATCGCTGAAAGGGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104210 GCTGCACGATCCCGAGACTCTGCTTCGCTGCATCGCTGAAAGGGCCTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 TGAGGCACCTG         GAAGGAGGCTGCAGTGTGCCAGTAGCCGTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104260 TGAGGCACCTGGTA...CAGGAAGGAGGCTGCAGTGTGCCAGTAGCCGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 CATACAGCTATGAAGGATGGGCAA         CTGTACCTGACTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104535 CATACAGCTATGAAGGATGGGCAAGTA...CAGCTGTACCTGACTGGAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    843 AGTCTGGAGTCTAGACGGCTCAGATAGCATACAAGAGACCATGCAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104699 AGTCTGGAGTCTAGACGGCTCAGATAGCATACAAGAGACCATGCAGGCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 CCATCCATGTCCCTGCCCAG         CATGAAGATGGCCCTGAGGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104749 CCATCCATGTCCCTGCCCAGGTA...CAGCATGAAGATGGCCCTGAGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    934 GACCCACAGTTGGTAGGCATCACTGCTCGTAACATTCCACGAGGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104878 GACCCACAGTTGGTAGGCATCACTGCTCGTAACATTCCACGAGGGCCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    984 GTTGGCTGCCCAGAACTTGGGCATCAGCCTGGCCAACTTGTTGCTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104928 GTTGGCTGCCCAGAACTTGGGCATCAGCCTGGCCAACTTGTTGCTGAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 AAGGAGCCAAAAACATCCTGGATGTTGCACGGCAGCTTAACGATGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104978 AAGGAGCCAAAAACATCCTGGATGTTGCACGGCAGCTTAACGATGCCCAT