seq1 = pF1KE4339.tfa, 1053 bp
seq2 = pF1KE4339/gi568815584f_74902991.tfa (gi568815584f:74902991_75109185), 206195 bp

>pF1KE4339 1053
>gi568815584f:74902991_75109185 (Chr14)

1-163  (100001-100163)   100% ->
164-284  (100285-100405)   100% ->
285-433  (100561-100709)   99% ->
434-597  (101747-101910)   100% ->
598-693  (102876-102971)   100% ->
694-831  (103587-103724)   100% ->
832-898  (104732-104798)   100% ->
899-1053  (106041-106195)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGGATCCGCAGCGAAGGGCTCGGAGTTGTCAGAGAGGATCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGGATCCGCAGCGAAGGGCTCGGAGTTGTCAGAGAGGATCGAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCGTGGAGACCCTGAAGCGGGGTGGTGGGCCGCGCAGCTCCGAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCGTGGAGACCCTGAAGCGGGGTGGTGGGCCGCGCAGCTCCGAGGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCTCGGGAGACCCTAGGGTTGCTGCGCCAGATCATCACGGACCACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGCTCGGGAGACCCTAGGGTTGCTGCGCCAGATCATCACGGACCACCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGAGCAACGCGG         GGGAGCTGATGGAGCTGATCCGCAGAGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGAGCAACGCGGGTG...TAGGGGAGCTGATGGAGCTGATCCGCAGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGCAGGAGGATGACGGCCGCTCAGCCCTCCGAGACCACCGTGGGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100313 GGGCAGGAGGATGACGGCCGCTCAGCCCTCCGAGACCACCGTGGGCAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGTGCGGAGAGTGCTCAAGATTATCCGGGAGGAGTATGGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100363 TGGTGCGGAGAGTGCTCAAGATTATCCGGGAGGAGTATGGCAGGTC...T

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    285   ACTCCATGGACGCACCGACGAGAGTGATCAGCAGGAGTCCCTGCACAA
        >>|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100559 AGACTCCATGGACGCAGCGACGAGAGTGATCAGCAGGAGTCCCTGCACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTGTTGACATCCGGAGGCCTAAACGAGGATTTCAGCTTCCATTATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100609 ACTGTTGACATCCGGAGGCCTAAACGAGGATTTCAGCTTCCATTATGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACTCCAGTCCAACATCATTGAGGCGATTAATGAGCTGCTAGTGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100659 AACTCCAGTCCAACATCATTGAGGCGATTAATGAGCTGCTAGTGGAGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 G         AAGGGACAATGGAGAACATTGCAGCCCAGGCTCTGGAGCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100709 GGTA...CAGAAGGGACAATGGAGAACATTGCAGCCCAGGCTCTGGAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATTCACTCCAATGAGGTGATCATGACCATTGGCTTCTCCCGAACAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101787 CATTCACTCCAATGAGGTGATCATGACCATTGGCTTCTCCCGAACAGTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGCCTTCCTCAAAGAGGCTGCCCGAAAGAGGAAATTCCATGTCATTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101837 AGGCCTTCCTCAAAGAGGCTGCCCGAAAGAGGAAATTCCATGTCATTGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCAGAGTGTGCTCCTTTCTGCCAG         GGTCATGAAATGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101887 GCAGAGTGTGCTCCTTTCTGCCAGGTA...CAGGGTCATGAAATGGCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAATTTGTCCAAAGCAGGTATTGAGACAACTGTCATGACTGATGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102893 GAATTTGTCCAAAGCAGGTATTGAGACAACTGTCATGACTGATGCTGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTTTTGCCGTTATGTCAAGAGTCAACAAG         GTGATCATTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102943 TTTTTGCCGTTATGTCAAGAGTCAACAAGGTG...AAGGTGATCATTGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACGAAGACCATCCTGGCCAATGGGGCCCTGAGAGCTGTGACAGGAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103599 ACGAAGACCATCCTGGCCAATGGGGCCCTGAGAGCTGTGACAGGAACTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACTCTGGCACTGGCAGCAAAACACCATTCCACCCCACTCATCGTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103649 CACTCTGGCACTGGCAGCAAAACACCATTCCACCCCACTCATCGTCTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CACCTATGTTCAAACTTTCTCCACAG         TTCCCCAATGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103699 CACCTATGTTCAAACTTTCTCCACAGGTA...TAGTTCCCCAATGAAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACTCATTTCATAAGTTTGTGGCTCCTGAAGAAGTCCTGCCATTCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104747 GACTCATTTCATAAGTTTGTGGCTCCTGAAGAAGTCCTGCCATTCACAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AG         GGGACATTCTGGAGAAGGTCAGCGTGCATTGCCCTGTGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104797 AGGTA...CAGGGGACATTCTGGAGAAGGTCAGCGTGCATTGCCCTGTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGACTACGTTCCCCCAGAGCTCATTACCCTCTTTATCTCCAACATTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106080 TTGACTACGTTCCCCCAGAGCTCATTACCCTCTTTATCTCCAACATTGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGGAATTCACCTTCCTACATCTACCGCCTGATGAGTGAACTCTACCATCC
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106130 GGGAATGCACCTTCCTACATCTACCGCCTGATGAGTGAACTCTACCATCC

   1100     .    :    .
   1038 TGATGATCATGTTTTA
        ||||||||||||||||
 106180 TGATGATCATGTTTTA