seq1 = pF1KE4336.tfa, 1041 bp
seq2 = pF1KE4336/gi568815586f_108785007.tfa (gi568815586f:108785007_109000532), 215526 bp

>pF1KE4336 1041
>gi568815586f:108785007_109000532 (Chr12)

1-194  (100001-100194)   100% ->
195-309  (102444-102558)   100% ->
310-386  (104463-104539)   100% ->
387-452  (105202-105267)   100% ->
453-507  (107976-108030)   100% ->
508-612  (109257-109361)   100% ->
613-695  (112000-112082)   100% ->
696-813  (113673-113790)   100% ->
814-912  (114371-114469)   100% ->
913-1041  (115398-115526)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGTGTGGTGGTGATTGGAGCAGGAGTCATCGGGCTGTCCACCGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGTGTGGTGGTGATTGGAGCAGGAGTCATCGGGCTGTCCACCGCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCATCCATGAGCGCTACCACTCAGTCCTGCAGCCACTGGACATAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCATCCATGAGCGCTACCACTCAGTCCTGCAGCCACTGGACATAAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTACGCGGACCGCTTCACCCCACTCACCACCACCGACGTGGCTGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTACGCGGACCGCTTCACCCCACTCACCACCACCGACGTGGCTGCCGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCTGGCAGCCCTACCTTTCTGACCCCAACAACCCACAGGAGGC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100151 CTCTGGCAGCCCTACCTTTCTGACCCCAACAACCCACAGGAGGCGTG...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    195    GGACTGGAGCCAACAGACCTTTGACTATCTCCTGAGCCATGTCCATT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102441 CAGGGACTGGAGCCAACAGACCTTTGACTATCTCCTGAGCCATGTCCATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCCCAACGCTGAAAACCTGGGCCTGTTCCTAATCTCGGGCTACAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102491 CTCCCAACGCTGAAAACCTGGGCCTGTTCCTAATCTCGGGCTACAACCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCCATGAAGCCATTCCG         GACCCTTCCTGGAAGGACACAGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102541 TTCCATGAAGCCATTCCGGTG...CAGGACCCTTCCTGGAAGGACACAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTGGGATTTCGGAAGCTGACCCCCAGAGAGCTGGATATGTTCCCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104486 TCTGGGATTTCGGAAGCTGACCCCCAGAGAGCTGGATATGTTCCCAGATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGG         CTATGGCTGGTTCCACACAAGCCTAATTCTGGAGGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104536 ACGGGTG...TAGCTATGGCTGGTTCCACACAAGCCTAATTCTGGAGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGAACTATCTACAGTGGCTGACTGAAAG         GTTAACTGAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105239 AAGAACTATCTACAGTGGCTGACTGAAAGGTG...CAGGTTAACTGAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGGAGTGAAGTTCTTCCAGCGGAAAGTGGAGTCTTTTGAGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107988 GGGAGTGAAGTTCTTCCAGCGGAAAGTGGAGTCTTTTGAGGAGGTG...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    508   GTGGCAAGAGAAGGCGCAGACGTGATTGTCAACTGCACTGGGGTATGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109255 AGGTGGCAAGAGAAGGCGCAGACGTGATTGTCAACTGCACTGGGGTATGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCTGGGGCGCTACAACGAGACCCCCTGCTGCAGCCAGGCCGGGGGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109305 GCTGGGGCGCTACAACGAGACCCCCTGCTGCAGCCAGGCCGGGGGCAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATGAAG         GTGGACGCCCCTTGGATGAAGCACTTCATTCTCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109355 CATGAAGGTG...CAGGTGGACGCCCCTTGGATGAAGCACTTCATTCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCCATGACCCAGAGAGAGGCATCTACAATTCCCCGTACATCATCCCAGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 112034 CCCATGACCCAGAGAGAGGCATCTACAATTCCCCGTACATCATCCCAGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    696         GACCCAGACAGTTACTCTTGGAGGCATCTTCCAGTTGGGAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112084 TA...TAGGACCCAGACAGTTACTCTTGGAGGCATCTTCCAGTTGGGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CTGGAGTGAACTAAACAATATCCAGGACCACAACACCATTTGGGAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113715 CTGGAGTGAACTAAACAATATCCAGGACCACAACACCATTTGGGAAGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCTGCAGACTGGAGCCCACACTGAAG         AATGCAAGAATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 113765 GCTGCAGACTGGAGCCCACACTGAAGGTA...CAGAATGCAAGAATTATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GGTGAACGAACTGGCTTCCGGCCAGTACGCCCCCAGATTCGGCTAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114386 GGTGAACGAACTGGCTTCCGGCCAGTACGCCCCCAGATTCGGCTAGAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGAACAGCTTCGCACTGGACCTTCAAACACAGAG         GTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 114436 AGAACAGCTTCGCACTGGACCTTCAAACACAGAGGTA...TAGGTCATCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ACAACTATGGCCATGGAGGCTACGGGCTCACCATCCACTGGGGATGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115405 ACAACTATGGCCATGGAGGCTACGGGCTCACCATCCACTGGGGATGTGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTGGAGGCAGCCAAGCTCTTTGGGAGAATCCTGGAAGAAAAGAAATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115455 CTGGAGGCAGCCAAGCTCTTTGGGAGAATCCTGGAAGAAAAGAAATTGTC

   1100     .    :    .    :
   1020 CAGAATGCCACCATCCCACCTC
        ||||||||||||||||||||||
 115505 CAGAATGCCACCATCCCACCTC